proceedings of the national academy of sciences of the united states of america。
2008年的影响因子为9.38,2009年影响因子为9.432, 2010年影响因子为9.771。
《美国科学院院报》(PNAS)是与Nature、Science齐名,被引用次数最多的综合学科文献之一,周刊。自1914年创刊至今,PNAS提供具有高水平的前沿研究报告、学术评论、学科回顾及前瞻、学术论文以及美国国PNAS:美国科学院院报。ProceedingsoftheNationalAcademyofSciencesoftheUnitedStatesofAmerica(ISSN:0027-8424。它作为一种权威综合性科技期刊,是为大家所熟知的。 PNAS收录的文献涵盖生物、物理和社会科学,2008年的影响因子为9.38,2009年影响因子为9.432。在SCI综合科学类排名第三位,因而已成为全球科研人员不可缺少的科研资料。 二:PNAS的投稿 PNAS的稿源有三类(TrackI,II,III)。细心的读者会发现PNAS文章在作者通讯地址的下方都会有一行以“Communicatedby...”、“Editedby...”或“Contributedby...”字样开头的文字。这是区分三类稿件的最直接方式。 其中“CommunicatedbyXXX”属于第一类稿件(TrackI),这类文章通常是由作者交与一个美国科学院院士(含外籍院士)交流,然后该院士再向PNAS推荐发表,这个XXX就是院士的大名。在推荐之前,该院士需要请两位论文相关研究领域内的专家进行审稿,并像所有的编辑部编辑一样处理审稿人与作者之间的联系,包括将审稿意见反馈给作者和将作者的回复、辩驳以及修改稿再返回给审稿人。按PNAS规定是不能将审稿人的身份透漏给作者的,但我们知道这通常是很难做到的。审稿结束之后院士必须将通过的稿件以及所有审稿人与作者之间联系的记录一起作为推荐材料交到编辑部,最终接收与否由编辑部决定。相比较与Nature、Science,国内还是又不少好的研究结果会发在PNAS上的,其中大都是生物类的文章,谈家桢老先生作为美国科学院外籍院士就曾经推荐过不少国内的文章。此类文章每位院士每年最多只能推荐2篇。 第二种途径是大家所熟知的自由投稿方式,但与其它杂志还是略有不同的。投稿时作者需要推荐3个编委,3个NAS院士和5个审稿人。杂志社收到稿件后,先由编委阅读并定性稿件是否属于前10%文章,这一关大约会有2/3的文章直接不送审而被拒掉。然后编辑部会给挑剩下的1/3文章指定一个NAS院士作为member-editor,这个院士也有决定文章是否值得送审的权利,通过之后就会找审稿人评审。接下来程序跟其它大多数杂志雷同,这一关会再拒掉一半,剩下的1/2,也就是整个TrackII途径稿件的1/6会被幸运录用。这个院士editor是何许人只有等到文章被接收并发表才会为作者所知晓。据PNAS网站说该类投稿占所有稿件的80%左右,但录用却只占40%。 第三类稿源属院士自己署名的文章(Contributedby)。此类稿件与TrackI的不同之处在于院士直接作为作者之一邀请2位审稿人给与评审意见并作修改,最后所有记录一并交于编委,并由编辑部决定录用与否。每位院士此类文章不得超过4篇/年。 三:投稿策略: 从上面的介绍看来PNAS沿用了早期学术论文发表的一些策略,即一些大牛尤其是诺奖获得者享有发表文章的优先权,不仅如此,其拥有的学术权威和声望也可以让其推荐的文章分量加重,从而获得发表的机会。以这些美国科学院院士的学识和眼力,他们投稿或推荐的文章应该算是上乘之作。但也不尽然。 一些学术界前辈的学术成就确实让人高山仰止,我们不盲目反对权威,但历史告诉我们绝对权威的存在不是什么好事。依我阅读文献的经历,PNAS文章看的多了,反而对PNAS越来越不感冒了,因为我发现我的研究领域内发表在该刊上的很多院士的文章往往并不特别突出,至少在我看来并没有给人眼前一亮、耳目一新的感觉,有些甚至是滥竽充数。说到这一点,我想跟PNAS这种特殊的稿件处理策略或许不无联系。院士可以通过TrackI和II投稿和处理审稿,这之间难免会出现猫腻。虽然PNAS对此两种途径审稿人的选择有要求,但不难想象院士们自己找审稿人还会给自己惹麻烦吗?熟人是必须的,熟人不添麻烦也是必须的,除了来点’a’改成’an’式的小意见,自然是溢美之词,尽数奉上,嗯嗯哈哈,一团和气。这样一来文章自然达不到水平,与TrakcII文章相去甚远了。情况大体就是这么个情况。 大多数院士会选择用满自己的4次投稿机会和2次推荐机会,这些文章是不是都被接收了呢?用上面提到的几个数据做个简单的计算吧:PNAS每期文章数大约在80-100篇,以100篇记,TrackII接收文章数应该是40篇左右,接受率为1/6,那么投稿数是240,这个数占总投稿数的80%,那么总投稿数为300,TrackI和II投稿数和为60篇(20%),这正好是文章总数与TrackII接收数的差值,也就是说院士们的文章100%悉数被接收,即使被拒也是六十分之一二。100%有时候就是绝对的代名词,美国人眼里院士的地位和绝对权威可见一斑。有人开玩笑说PNAS是PassedoverbyNatureAndScience或PapersNotAcceptedinScience,不知道是赞还是骂。家科学学会学术动态的报道和出版。
全球有大约有180万种已经被命名的真核生物(具有细胞核结构的生物,一般较为高等),2018年11月启动的地球生物基因组计划(Earth BioGenome Project, EBP)旨在对所有的这些已知的真核生物进行基因组测序,以基因组数据和基因组学研究促进全球生物多样性的保护和利用。
这个雄伟的计划由加州大学戴维斯分校基因组学家哈瑞斯·莱文等人和华大集团的基因组学家杨焕明、徐讯、张国捷等联合倡议启动。 EBP的前两年(即2018-2020年)为项目的启动阶段,从2020年底项目第一阶段开始,过去的一年是项目的起步之年,也是取得重要进展的一年。
近日,《美国科学院院刊》( PNAS )发布了EBP特别专辑,其中收录了两篇华大参与的文章, 重点回顾了EBP项目在起步之年取得的重大进展和未来面临的挑战,以及绿色植物基因组研究的现状 。
PNAS 官网截图
对于项目的前两年而言,核心任务是推动国际合作,吸纳更多团队和合作方加入,同时,制订一系列的标准和规范,各方在约定的规范下,有计划地完成更多的基因组测序工作。
为此, EBP项目完善了整体的组织和管理,建立了包括样本收集和凭证中心、基因组技术中心、附属专项中心等国际交流组织,并制定了多项标准规范, 内容涉及项目参与、数据分享、知识产权获取及分享等,并以此来促进项目参与者的多元化、公平性、包容性、正义性。
在制订项目合作框架的基础上,目前43个EBP附属项目,涵盖了大多数主要的真核生物类群,对博物馆藏品和野外生物学家提供的数万个高质量样本进行了存取。成员机构和附属项目的地理多样性,则涵盖了除南极洲外,其余所有大陆的21个国家。作为非洲生物基因组计划的一部分,第一批非洲生物多样性基因组项目在2021年上线。 未来,EBP还计划将成员机构和附属项目进一步扩展到世界其他生物多样性地区,包括印度次大陆、东南亚和南美洲。 EBP的最终成功,需要在发展中国家建立科学能力。
在启动阶段,基因组测序工作已经有条不紊地开展起来,完成了对1,719个真核生物物种的基因组测序。所有这些物种的基因组组合,都存放在公共的数据库中。其中,有316个达到了“参考基因组”水平,即符合EBP制订的“参考基因组”标准。
这些基因组代表了分类学上200多个不同的非冗余的科。在此之外,还有3,021个科级别的参考基因组在2021年完成。因此, 到2021年底,即项目的第一个完整年度,大约有3,200个科级分类至少有一个参考基因组被采样,这相当于完成了项目第一阶段目标的34% 。
随着项目的推进,其他具有互补性目标的大规模倡议也加入了项目中,成为附属项目,包括BIOSCAN和全球病毒组计划(Global Virome Project)等。BIOSCAN的目标是获取地球上的每一个真核生物物种的DNA标签(DNA barcode),这对EBP的样本可靠性验证和获取稀有样本进行测序至关重要。与全球病毒组计划的合作,则创造了一个令人兴奋的途径,以确定与其宿主物种相关的潜在致病病毒,并为生物监测战略的开发提供了可能。 这些项目之间的高度协调,将对生物多样性研究和 社会 成果产生协同效应。
然而, 项目在取得重大进展的同时,也面临着极大的挑战。其中,最大的挑战在于难以获得样本。 虽然大约50%分类学上科级别的样本,可以从全球基因组多样性网络(Global Genome Biopersity Network)的现有样本中获得,但是从许多国家获得样本可能需要不同的许可程序,少则持续数周,多则持续数年。此外,还有更多的样本需要重新采集,这也带来了样本鉴定、保存和运输等方面的巨大挑战。
与此同时,在获得样本的基础上,对如此众多的物种进行测序,其工作量也是巨大的。按照项目计划,第一阶段,每年必须生产近3,000个基因组,即在3年内完成大约一万个基因组测序,这同样给样本采集、运输、测序,以及后续的数据分析,带来了极大的挑战。
此外,完成项目所需的经费也是巨大的,当前的组织方式是让更多的附属项目自行筹措经费,后续进一步协助各个附属项目申请经费,并获得更多项目整体执行的经费,这都将是重要的挑战。
鉴于地球生物多样性的不稳定状况,地球生物基因组计划及其附属项目必须实现其宏伟的目标。用大卫·艾登堡的话说:“ 灭绝即永恒,我们必须马上行动。 ”(Extinction is forever—so our action must be immediate.)
每个真核生物物种都是数百万年进化的产物。它们的基因组中记录的秘密,可以从根本上改变我们对地球上生命进化的理解—它的存在和本质—并可能带来全新的方法,以 减轻气候变化对生物多样性的影响,改善农业,发展可持续的全球生物经济,拯救物种和修复生态系统,以及预防未来的大流行病 。地球生物基因组项目的开展,意义重大。
Pnas投稿需求是:涵盖科学各领域,包括物理学、社会科学、生物学等,所有文章皆需“能让科研大众读者理解”。
PNAS是美国国家科学院的院刊,亦是公认的世界四大名刊(Cell,Nature,Science,PNAS)之一,百年经典期刊。
自1914年创刊至今,PNAS提供具有高水平的前沿研究报告、学术评论、学科回顾及前瞻、学术论文以及美国国家科学学会学术动态的报道和出版。
PNAS发表标准:
PNAS发表“前沿研究”以及“具有特殊科研重要性”的论文。
PNAS发表的论文需归属于下列类别其中之一,研究报告、信函 (letter)、前辅页 (front matter)、评述文章 (commentary)、前瞻性文章 (perspective) 和研讨会文章,其中前两项仅接受由编辑部邀请的投稿。
PNAS论文审稿流程:
每一篇投稿都会指派给编辑部31个分支或期刊定义的领域中的成员,如果稿件通过初步审查,会再交给另一位编辑成员,负责寻找专家审稿人并评估审稿建议,最后的决策在编辑部成员手上。
PNAS良好发表实践:
PNAS有相当快速的审稿周期大约 40 天就可以出结果,论文接收至见刊约为一个月,自投稿到发表(包含印刷版)期间不到六个月。
PNAS的文章可在发表六个月后免费获取,许多其他不同类型的内容可以在更短的时间内开放。