《中国中医基础医学杂志》1995年创刊，是由国家中医药管理局主管，中国中医科学院中医基础理论研究所主办，以集中、快速反映我国中医基础理论研究最新成果、最新进展为特色的全国唯一一家中医理论研究期刊。杂志依托中国中医科学（研究）院和中医基础理论研究所雄厚的专业人才队伍，在导向中医基础理论研究，坚守中医理论阵地方面发挥了重要作用，成为中医理论研究、教学、科研、临床工作者认真关注的理论性研究期刊。对我国中医基础理论研究受重视程度的提高和研究队伍的扩大，起到了积极的促进作用。2011年版中文核心期刊。是中文核心期刊·中国医学类核心期刊，中国学术期刊数据库全文检索期刊，中国科学引文数据库扩展库期刊，中国生物学文摘和文献数据库期刊。2014年收录为”中国科技核心期刊“（中国科技论文统计源期刊）。
《中国中医基础医学杂志》以树立推动中医基础理论研究，促进中医学术发展的办刊宗旨，逐渐形成并张扬自己的学术风格。立足于中医基础理论研究前沿，坚持继承与发展并重，探索新理论，研究新方法，提倡理论研究带动实验研究，基础研究结合应用研究。鼓励探索争鸣反思，支持继承发扬创新。尤其在理论探讨方面，颇多发表思考深刻、见地独特、启迪性强的研究性论文。愿意在引领与启迪中医基础理论研究与发展走向上，能够起到《中国中医基础医学杂志》应有的影响与作用。
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