中国军工企协最高权力机构为会员代表大会,执行机构为理事会。理事会设正、副理事长和正、副秘书长。理事会成员由国防科工委和有关部委、中国核工业集团公司、中国核工业建设集团公司、中国航天科技集团公司、中国航天科工集团公司、中国航空工业集团公司、中国船舶工业集团公司、中国船舶重工集团公司、中国兵器工业集团公司、中国兵器装备集团公司、中国电子科技集团公司和其他有关单位的领导担任。协会的日常办事机构是秘书处，负责协会的日常工作。
《国防科技工业》杂志是国防科技工业局主管，由国防科工局新闻宣传中心主办的本系统最具权威媒体，是报道国防科技工业成就政策与信息动态的唯一权威刊物。《国防科技工业》杂志宣传党和国家发展国防科技工业的方针政策，报道国防科技工业的改革发展，研究探讨国防科技工业所面临的新问题，发布国防科技工业行业政策和信息，介绍国内外国防科技动态，传播国防科技知识等。杂志面向我国核工业、航天、航空、船舶、兵器、军工电子等相关行业，重点国防院校及社会各界热心读者，是集指导性、学术性、综合性、信息性于一体的权威媒体，是国防级主管部门、各企事业单位管理者、决策者及科研人员、基层干部了解信息，开阔视野，指导工作的重要途径。
中华人民共和国国防科学技术工业委员会（简称国防科工委，COSTIND）是原国务院组成部门之一，主要负责组织管理国防科技工业计划、政策、标准及法规的制定与执行情况监督。已撤销，其大部分职能归于现在的工业和信息化部。中华人民共和国国防科学技术工业委员会（简称“国防科工委”）作为国务院29个部委之一，主要负责组织管理国防科技工业计划、政策、标准及法规的制定与执行情况监督。根据2008年3月15日第十一届全国人民代表大会第一次会议通过的《关于国务院机构改革的决定》，不再保留“国防科学技术工业委员会”的机构设置；将原国防科工委除核电管理以外的职责都纳入到新成立的中华人民共和国工业和信息化部；同时，成立国家国防科技工业局，由工业和信息化部管理。
根据主要职能，国防科学技术工业委员会内设17个职能机构（司、局）：（一）办公厅组织协调机关的政务工作；负责国防科工委新闻宣传、出版工作的行政管理；组织起草重要综合性文件。（二）政策法规司研究拟定国防科技工业发展和军转民的方针、政策；制定行政规章；指导军工行业的法制建设。（三）体制改革司组织研究和实施国防科技工业体制改革；组织国防科技工业的结构、布局、能力调整工作。（四）综合计划司组织编制行业发展规划和计划；安排相关投资项目。（五）经济协调司（民口配套办公室）组织科研生产资格审查和许可；指导军转民科技开发和技术改造工作。（六）财务司编制各项费用的年度预算、决算；负责国有资产管理、财务监督。（七）科技与质量司组织科研成果、专利的保护和推广；制定质量、计量标准和安全、技术规范并监督检查；组织质量保证体系认证。（八）系统工程一司（国家航天局）组织实施航天工业军转民发展规划和重大民品项目；指导军工电子的行业管理。（九）系统工程二司（国家原子能机构、国家核事故应急办公室、核电办公室）组织核电建设；组织实施核、兵器工业军转民发展规划和重大民品项目；承办国家核事故应急协调委员会的日常工作。（十）系统工程三司（船舶行业管理办公室）组织实施航空、船舶工业军转民发展规划和重大民品项目。（十一）安全生产监督管理局（民爆器材监督管理局）承担重点企事业单位安全生产的监督管理；负责民用爆破器材生产、流通的行业管理；负责民用爆破器材生产、经销的安全生产监督管理和产品质量的监督管理；负责民爆器材行政许可项目的审批。（十二）安全保密局组织管理国防科技工业保密工作，指导协调国防科技工业的国家安全、保卫工作。（十三）国际合作司组织管理对外交流与国际合作。（十四）人事教育司组织人才教育、培训和交流；归口管理社会团体。（十五）机关党委负责机关和在京直属单位的党群工作。（十六）离退休干部局负责机关离退休干部的管理工作；对直属单位和军工集团公司离退休干部工作进行指导。（十七）机关服务中心(机关服务局)负责国防科工委相关办公条件保障和后勤服务工作。
中国国防科技工业企业管理协会（简称“中国军工企协”）是以国防科技工业企事业单位、企业家(经营管理者)为主体，由从事国防科技工业生产、经营、建筑、科研、教学、出版等方面的管理工作者，以及热心研究改革与管理的骨干人员自愿组成的非营利性的行业性企业管理组织，是研究、交流、推广管理科学和管理经验的社会团体，是沟通企事业单位与政府系统的桥梁和纽带，也是国防科技工业企事业管理方面的咨询参谋机构。2003年3月1日经原国务院国防科学技术工业委员会和民政部批准成立的。2014年11月经民政部批准，更名为中国国防工业企业协会（简称“国防企协”）。
