《湖泊科学》已经被国内所有数据库（机构）列为核心期刊，并被数10家国际专业数据库收录：中国科学引文数据库核心期刊(CSCD) ;中国科技论文统计源期刊(中国科技核心期刊) (中国科技信息研究所，万方数据)；《中文核心期刊要目总览》核心期刊(第 4版、第5版)(北京大学图书馆)；中文科技期刊数据库（维普）；中国学术期刊综合评价数据库(清华光盘)；“万方数据——数字化期刊群”；中国期刊网、中国学术期刊 (光盘版 )全文收录期刊 ;中国地理与资源文摘；中国生物学文摘；古生物学文摘；水文水资源文摘；中国学术期刊文摘等.
微藻类的中文核心期刊有中国海洋大学学报、湖泊科学等。根据查询相关公开信息显示，微藻类病毒与宿主之间微生态关系一文收录在中国海洋大学学报（自然科学版），除此之外湖泊科学也是微藻类的中文核心期刊之一，收录相关文章有片状微囊藻(Microcystispanniformis)——中国微囊藻属的一个新记录种。
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