《微生物学报》在我国生物类期刊中的地位在“中文核心期刊要目总览”中，排生物类核心期刊第4～6位（1992、1996、2000、2004年的4个版本）2004年最新版中，位居第6位。在“中国科技期刊引文数据库” 2001年中国主要生物学期刊15名排行表中，总被引频次为470，排在第9位；影响因子为0.443，排在第13位；基金论文比为81%排在第9名。入选前100 名。在“中国科学引文数据库”排出的前500名核心期刊中，本刊居第63位。
算是国内自然科学类核心期刊，1.2+的影响因子,大学科类生物类核心刊物，小学科微生物类最牛刊物。不过没有被SCI或EI收录。
《微生物学报》杂志是基础性、高科技学术刊物，是以微生物学基础研究和应用基础研究以及高技术创新为主的综合性学术刊物，反映微生物学研究领域中最新成果，促进国内外学术交流。
《微生物学报》是我国微生物学领域综合性学报级期刊和中国自然科学核心期刊。被国内外一些著名的文摘刊物和数据库收录，是我国最早被世界最大医学文献数据库“MEDLARS”作为医学主题词标引的五个中文期刊之一，发行和交换到40多个国家和地区。多次被评为优秀科技期刊，深受国内外广大读者的好评。
报道内容：普通微生物学，工业 、农业、医学、兽医微生物学，病毒学，免疫学以及与微生物学有关的生物工程等等方面的研究成果。应用机理的研究涉及到农业、食品、医药、化工轻工和能源环保等领域。
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根据主管单位级别期刊等级，基本全是国家级：
1.《生态学报》国家级，主管：中国科学技术协会
2.《生物化学与生物物理学报（英文）》国家级，主管：中国科学院
3.《遗传学报(英文版)》国家级，主管：中国科学院
4.《中国生物化学与分子生物学报》国家级别，主管：中国科学技术协会
5.《生物化学与生物物理进展》国家级，主管：中国科学院
6.《微生物学报》国家级，主管：中国科学院
7.《生物物理学报》国家级别，主管：中国科学技术协会
8.《遗传》国家级，主管：中国科学院
9.《生物工程学报》国家级，主管：中国科学院
10.《应用生态学报》国家级，主管：中国科学院
11.《中国科学院》国家级，主管：中国科学院
12.《中国科学.C辑》国家级，主管：中国科学院
13.《古生物学报》国家级，主管：中国科学院
14.《微生物学通报》国家级，主管：中国科学院
15.《水生生物学报》国家级，主管：中国科学院出版图书情报委员会
16.《菌物系统（改名为：菌物学报）》国家级，主管：中国科学院
17.《生物多样性》国家级，主管：中国科学院
18.《生物工程进展（改名为：中国生物工程杂志）》国家级，主管：中国科学院
19.《实验生物学报》新闻出版总署未查到，应该属于停刊或改名期刊
20.《生命的化学》国家级别，主管：中国科学技术协会
21.《古脊椎动物学报》国家级，主管：中国科学院
22.《微体古生物学报》国家级，主管：中国科学院
23.《生态学杂志》国家级别，主管：中国科学技术协会
24.《生物数学学报》新闻出版总署未查到，应该属于停刊或改名期刊
