民办杂志归国家新闻出版广电总局管。根据第十二届全国人民代表大会第一次会议批准的《国务院机构改革和职能转变方案》和《国务院关于机构设置的通知》显示，设立的新闻、出版、广播、和电视领域的部门归国家新闻出版广电总局管辖。
所有学术期刊都归国家新闻出版总署监督的
市级期刊属于省级期刊的一种。省级期刊和国家级期刊有3点不同：
一、两者的主办单位不同：
1、省级期刊的主办单位：省级期刊是由各省、自治区、直辖市的各部门、委办、厅、局、所，省级社会团体和机构以及各高等院校主办。
2、国家级期刊的主办单位：由党中央、国务院及所属各部门，或中国科学院、中国社会科学院、各民主党派和全国性人民团体主办。
二、两者的性质不同：
1、省级期刊的性质：国内外公开发行的学术期刊。
2、国家级期刊的性质：国家级重点刊物。
三、两者的主管单位不同：
1、省级期刊的主管单位：省单位主管期刊为省级期刊。
2、国家级期刊的主管单位：国家单位主管国家期刊。
参考资料来源：百度百科-国家级期刊
参考资料来源：百度百科-省级期刊
