截至2014年6月，学校有4个国家重点实验室，国家中医药管理局三级科研实验室1个，2个省部共建重点实验室，12个广东省重点实验室，4个广东省教育厅重点实验室，校级研究所17个。 国家重点实验室国家中医药管理局三级科研实验室省部共建国家重点实验室省部共建重点实验室器官衰竭防治国家重点实验室急症中药制剂实验室器官衰竭防治国家重点实验室广东省医学生物力学重点实验室模式识别国家重点实验室 南方医科大学功能蛋白质组学实验室广东省胃肠疾病重点实验室CAD&CG国家重点实验室 国家慢性肾病临床医学研究中心 广东省重点实验室南方医科大学医学生物力学实验室南方医科大学蛋白质组学重点实验室南方医科大学卫生部肿瘤蛋白质组学重点实验室南方医科大学分子肿瘤病理重点实验室南方医科大学医学图像重点实验室广东省重大精神疾病防治重点实验室南方医科大学功能蛋白质组学实验室南方医科大学组织构建与检测实验室中药新药研究室南方医科大学新药筛选实验室南方医科大学病毒性肝炎研究实验室南方医科大学肾功能衰竭研究实验室广东省教育厅重点实验室南方医科大学抗体工程实验室南方医科大学重大疾病的转录组与蛋白质组学（部省共建）脑功能修复与再生重点实验室骨与软骨再生医学重点实验室南方医科大学校级研究所生物力学实验室医学图像实验室休克微循环实验室功能蛋白质组学实验室组织构建与检测实验室中药制剂实验室病毒性肝炎研究实验室分子肿瘤病理实验室学生物芯片实验室新药筛选实验室肾功能衰竭研究实验室热带病研究所消化内科研究所肾脏病研究所神经医学研究所中医药研究所优生优育研究所 （表格参考资料： ） “十五”以来，先后承担了包括国家“十五”、“十一五”教育科学规划项目和“世行贷款”项目在内的国家、军队和广东省教育研究课题93项。在多科性医科大学办学模式、实验教学改革、创新教育、教学质量保障、教学管理信息化建设、医学教育技术研究、科研促进教学、医学人文教育等方面进行了深入探索和改革实践。获得省部级以上优秀教学成果奖49项，研制的《医学通用题库》，获得军队优秀教学成果二等奖，在全国50多家院校推广使用。学校开发的教务管理软件《军队院校学籍管理系统》，被指定为全军和武警院校的教务管理系统。73项省部级二等奖以上科研成果（占“十五”以来总成果的58.87%）已经转化为教学资源直接服务本科教学；主编出版“十一五”规划等高水平教材11部，58项多媒体教材获省部级以上成果奖；建有6门国家精品课程、19门广东省精品课程、2个国家实验教学中心、9个广东省实验教学示范中心；建设了44门PBL课程、54门双语课程、33个本科生创新教育基地。 “十五”以来，先后承担各类课题2139项，获得纵向课题经费5.13亿元，主持“973”课题3项、国家自然科学基金重点项目12项；作为第一完成单位获国家技术发明二等奖1项，国家科技进步二等奖7项，省部级科技成果一等奖24项。2000年以来，我校有5项科研成果7次入选国家公布的年度科技十大新闻。2004年~2008年，国家科技部公布的Medline 收录论文排名中，我校连续5年在全国1000余所高校中位居前16名；2006年，侯凡凡教授的原创论文在国际顶尖医学杂志《N Engl J Med》（《新英格兰医学杂志》）上发表,影响因子51.296，该成果被美国内科学年报评为“2006年内科学领域最重要的14项研究进展之一”。 根据国家科技部2004年底公布的发表论文全国高校排名中，学校位居第24位，在广东省高校中名列第2位；学校有5种期刊是国内本专业领域内的权威学术期刊，《学报》是广东省唯一一家同时被国际权威医学情报检索机构 IM 、CA 、AJ 同时收录的学术期刊，在全国92家医科大学学报类位列第二。 学校以项目为纽带建设了五大学科群：用于疾病诊断的生物新技术研究、重大疾病的分子基础及药物筛选、器官衰竭的防治研究、应对核化生恐怖的医学防护技术研究、疑难病证中西医结合诊疗方案优化及新制剂研发，2008年，该五大学科群被广东省评为广东省“211工程”第三期重点建设项目，获得建设经费逾亿元。 裴国献教授完成的“双前臂异体移植术”，是亚洲的第2例。舒斯云教授发现了人脑内与学习记忆功能有关的新区域，被国际学术界命名为“舒氏区”。尹炳生教授在世界上首先提出了符合参比系唯一性的头胸心电导联理论，被称为“尹氏导联”。张汉承教授率先开辟了泪液学研究领域，创造了“泪液学”的英文单词，被誉为“泪液学”之父。车小燕教授研制的SARS病毒抗原试剂盒，在发病首天就能从血液中检出SARS病毒，大大缩短了SARS的诊断时间。 馆藏资源截至2013年11月，图书馆文献总量228.4万册，其中纸本书刊119.6万册，电子图书105万余种，电子期刊3万8千余种，拥有 SCIE（科学引文索引）、Science、Nature、JAMA（美国医学会杂志）、NEJM（新英格兰医学杂志）、Lancet（柳叶刀），BMJ（英国医学杂志）等世界权威综合医学杂志、各医学学科外文核心期刊、电子图书、实验室指南、临床医师考试题库及手术视频、解剖图谱等数据库共85种；自建了南医院士文库、随书光盘库、南医博硕士论文库、南医专业课程电子教材库、学科资源网和SCI-E收录我校发表论文目录查询系统等， 形成了以生物医学文献为重点，涵盖文、史、哲、政、经、法、教育、管理等学科的馆藏资源体系。自建有南方医科大学学位论文数据库、随书光盘数据库和南医院士文库，形成了以生物医学文献为重点，外语、文学、计算机、军事、史地文献为特色，涵盖文、史、哲、政、经、法、教育、管理等学科的综合馆藏体系。 学术期刊据2014年6月学校官网显示，学校有7个学报期刊，分别是：《南方医科大学学报》、《南方医学教育》、《护理学报》、《中国医学物理学》、《中华创伤骨科杂志》、《中华神经医学杂志》、《中国临床解剖学杂志》。 《南方医科大学学报》创刊于1981 年，月刊，为国内外发行的高级综合性医药卫生期刊。已被美国Medline/PubMed、美国《化学文摘》(CA)、荷兰《医学文摘》（EMBASE）、中国科学引文数据库（CSCD）、中国科技论文统计源数据库、《中文核心期刊要目总览》（2011年版，北京大学图书馆）等国内外重要数据库收录。
《南方医科大学学报》(原第一军医大学学报)创刊于1981年，为国内外发行的高级综合性医药卫生期刊。是中国百种杰出学术期刊。
