“论著”指的是“议论性著作”，是医学论文体裁中常见的一种表现形式，具有特定的概念。它是作者将自己的科研、临床、教学的成果、经验、体会，以严密的逻辑论证、规范形成的文字作品，是医学论文中最具典型性和代表性的文体。
“论文”则是讨论、研究某种问题的`文章;“学术论文是较为系统地和专门讨论、研究某些学问的文章”;“科学论文应该论述一些重要的实验性的理论性的或观测性的新知识，或者一已知原理在实际应用中的进展情况”从表面上看，没多大区别，尤其是医学方面的期刊，这两者连编辑都很难区分清楚。
论文的文体结构具备“论著”所要求的各项规范内容及特点，同时刊载于公开发行的合法主流期刊(非增刊或学术会议的论文集)上，不论刊载期刊是否设置“论著”栏内，均认定该论文属“论著”。如果该论文不具备“论著”所要求的各项规范内容及特点，即使该论文被编排于刊物(特指“合法”刊物)的“论著”栏目内，也不能认定该论文属“论著”。
一般论著字数在2500～5000字左右，少于2000字的称为短片论著，摘要在1500～2001字左右，病例报道在1000字左右。
1、定义不同
学术论文：学术论文是某一学术课题在实验性、理论性或预测性上具有的新的科学研究成果或创新见解和知识的科学记录，或是某种已知原理应用于实际上取得新进展的科学总结，用以提供学术会议上宣读、交流、讨论或学术刊物上发表，或用作其他用途的书面文件。
学术专著：指的是针对某一专门研究题材的，是著作的别称 。
2、字数不同
学术论文：中文的论文摘要（中文300～500字）和关键词（3～5个）；英文的论文摘要和关键词上述两项，应单独一页。一页不够的，另加一页。正文（一般不少于5 000字）。正文要有页码，页码居中。
学术专著：根据学术论文的长短，又可以分为单篇学术论文、系列学术论文和学术专著三种。一般而言，超过4—5万字的，可以称为学术专著。
3、学术价值不同
学术论文：学术论文的写作是非常重要的，它是衡量一个人学术水平和科研能力的重要标志。在学术论文撰写中，选题与选材是头等重要的问题。一篇学术论文的价值关键并不只在写作的技巧，也要注意研究工作本身。
在于你选择了什么课题，并在这个特定主题下选择了什么典型材料来表述研究成果。科学研究的实践证明，只有选择了有意义的课题，才有可能收到较好的研究成果，写出较有价值的学术论文。所以学术论文的选题和选材，是研究工作开展前具有重大意义的一步，是必不可少的准备工作。
学术专著：编撰学术专著比发表单篇论文更具学术价值。因此，在评定职称时能够获得更多的加分和认可。详情请参阅核心期刊论文发表中心。
参考资料来源：百度百科-学术论文
参考资料来源：百度百科-专著
