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基因编辑技术在农业

2023-12-07 01:42 来源:学术参考网 作者:未知

基因编辑技术在农业

基因编辑技术不断发展,到现在已发展到第三代基因编辑技术。第三代基因技术CRISPR/Cas克服了传统基因操作的周期长、效率低、应用窄等缺点。作为一种最新涌现的基因组编辑工具,CRISPR/Cas能够完成RNA导向的DNA识别以及编辑。通过一段序列特异性向导RNA分子(sequence- specific guide RNA)引导核酸内切酶到靶序列处,从而完成基因组的精确编辑,因其操作简单、成本低、高效率,近几年成为炙手可热的基因编辑手段,目前已广泛用于模式生物研究,医疗,植物作物,农业畜牧等领域。

CRISPR/Cas9的出现给了科研人员无限想象的可能,基于CRISPR/Cas9的技术很快就被广泛应用于全世界各个实验室中,这里我们将主要介绍最常用的几种应用。

早期,科研人员通过同源重组(HR)介导的基因打靶技术来实现基因编辑,但因效率太低,极大地限制了其应用。为了克服这一难题,一系列通过核酸内切酶介导的基因编辑技术被开发出来,通过这些核酸内切酶切割特定的基因组序列,借助细胞自身修复体系如非同源末端连接或同源重组修复方式,并由此达到改变基因组序列的目的,锌指核酸内切酶(ZFNs)、类转录激活因子效应物核酸酶(TALENs)以及sgRNA介导的Cas9核酸内切酶正是基于此原理工作的。

锌指核酸内切酶(ZFNs)和类转录激活因子效应物核酸酶(TALENs)均可通过蛋白-DNA相互作用识别基因组上的特定DNA序列并完成特定位点的切割,但是它们因效率低下、可选潜在位点少、成本高等原因极大地限制了它们的应用,直到CRISPR/Cas9系统的出现,科研人员才找到了一种成本低、效率高、简单易用的基因编辑工具。

CRISPR/Cas9出现之后,科研人员最先想到的便是将其运用到基因编辑上了,根据目标基因的外显子序列设计single guide RNA(sgRNA)并与含有Cas9编码序列的质粒一起转入细胞,sgRNA通过碱基互补配对的原则引导Cas9蛋白靶向目标DNA序列,Cas9蛋白会在该位点切割DNA,引发DNA双链断裂(DSB),此时细胞通过非同源末端连接修复(NHEJ)完成DNA的自身修复,

因修复过程中常常发生碱基的添加和丢失,而最终导致基因的移码突变从而达到基因敲除的目的,或者针对目的基因的上下游序列各设计一个sgRNA,从而引发该基因上下游同时发生DSB,再通过DNA损伤修复机制将断裂的上下游两端的DNA连接在一起,引发DNA片段缺失,从而达到基因敲除的目的。如果在此基础上为细胞引入一个修复的模板质粒,细胞就会以此模板进行同源重组修复,如果引入的修复模板是一个想要插入的基因,便可在特定的位置进行基因敲入了。

随着人们对Cas9研究的不断深入,Cas9发挥功能的结构基础也渐渐明确,在Cas9发挥切割DNA的功能时,它的两个结构域发挥着重要作用,分别是RuvC和HNH,其中HNH结构负责sgRNA互补链的切割,切割的位点位于PAM的5'端的第三个碱基外侧,RuvC结构域负责非互补链的切割,切割位点是在PAM上游的3-8碱基之间,当将这二者同时突变失活,便产生了失去DNA切割活性的Cas9蛋白了(dCas9),dCas9虽然失去了对DNA的切割能力,但依旧可以在sgRNA的引导下到达指定的DNA序列处,这是基于sgRNA–dCas9复合体的这一特征,若在dCas9上融合不同功能的结构域,便可在特定的DNA区域完成不同的修饰了,这便形成了基于CRISPR/dCas9的工具包了。

脑洞大开的科学家利用dCas9蛋白,开发出各种用途的工具,可谓是把CRISPR/dCas9利用得淋漓尽致,这里我们举几个简单的例子如研究人员针对目标基因的启动子序列设计sgRNA,使得sgRNA–dCas9复合体靶向结合到目标基因的启动子上,因dCas9蛋白带来的空间位阻可干扰转录因子的结合,从而引发在转录水平上的干扰基因表达的效果,而在此基础上为了达到更佳的干扰效果,一些能够引发基因转录阻遏的结构域也被融合到dCas9蛋白上,如KRAB(Krüppel-associated box)等。

既然可以通过CRISPR/dCas9实现基因表达的干扰,那是不是也可以通过CRISPR/dCas9实现激活基因表达呢?答案是肯定的。科研人员通过向dCas9上融合vp64(四个串联的vp16)、p65AD(p65 activation domain)等促进促进基因转录的结构域,实现基因的内源性激活,在经过各种优化之后,比如由vp64、p65AD和VPR(Epstein-Barr病毒R反式激活因子Rta47)组成的三联结构域(dCas9–VPR)就可以实现很高水平的内源性激活基因表达的效果了。

通过基于CRISPR/dCas9的基因表达干扰和内源性激活工具的建立,使得科研人员在进行诸如基因功能研究的工作时有了更为简单、高效且低成本的研究工具。这很大程度上为科研人员节约了时间和成本。

表观遗传研究是近些年来非常火热的领域,DNA甲基化、组蛋白乙酰化等都在生物体中发挥着重要的生物学功能,而CRISPR/dCas9在表观遗传的研究中也成为了十分强大的工具。比如CRISPR/dCas9介导的靶向DNA甲基化修饰,我们知道在DNA甲基化过程中DNA甲基转移酶(DNA methytransferases,DNMTs)起着关键的催化作用,而且大部分DNA甲基化都发生在CpG岛,

因此研究人员尝试着将DNMTs的催化结构域融合到dCas9上形成dCas9-Dnmt3a3L,并通过sgRNA的引导靶向目标DNA序列的CpG附近催化其甲基化,以实现DNA甲基化的定点编辑。相似地,研究人员将在DNA去甲基化过程中起关键催化作用的TET1蛋白的催化结构域融合到dCas9上形成dCas9-TET1,同样的通过sgRNA的引导靶向目标DNA序列的CpG附近,可以实现去甲基化修饰。

再如CRISPR/dCas9介导的靶向组蛋白修饰,与靶向DNA甲基化修饰相似,一些和组蛋白修饰相关的酶包括组蛋白去甲基化酶(LSD1/KDM1A)、组蛋白乙酰转移酶以及组蛋白甲基转移酶等也被融合到dCas9蛋白上,以实现靶向组蛋白修饰。

除以上的应用外,CRISPR/dCas9还被用于其他多个领域,比如将EGFP融合到dCas9上,通过sgRNA靶向特定DNA序列实现基因组成像。此外,还有研究人员开发出基于CRISPR/dCas9的enChIP技术,以来探测特定基因组区域上的DNA-蛋白质相互作用,通过sgRNA靶向特定基因组基因座的标记dCas9的抗体免疫沉淀,之后通过蛋白质谱(enChIP-MS),鉴定与之特异性相互作用的蛋白质。这些工具的开发都极大地帮助了科研人员,使得之前无法实现的操作成为可能,推动了生命科学的快速发展。

以往基于ZFN或TALENs的基因组编辑技术,需要针对DNA靶序列设计蛋白质,而CRISPR技术仅需要根据不同的靶序列合成相应的80nt左右的sgRNA来引导Cas9蛋白对序列进行修饰,这就实现了基因编辑技术的高通量应用。

CRISPR全基因组筛选技术可用于必需基因及药物靶标基因鉴定。多伦多大学Jason Moffa研究组建立了覆盖全基因组gRNA库并在5个细胞系中逐个敲除了1.8万个基因,最后鉴定出在不同细胞系间保守的1580个必需基因构成的“core fitness genes”。

同样,美国达纳-法伯癌症研究所W. Nick Haining研究组通过CRISPR/Cas9系统性地敲除了黑色素瘤细胞的2368个基因,发现ptpn2基因缺失会使这些癌细胞对PD-1阻断更加敏感。华盛顿大学医学院Michael Diamond研究组利用CRISPR/Cas9鉴定在宿主细胞中坚定了黄病毒感染所绝对必需的9个基因,其中spcs1基因缺失时,不仅降低黄病毒感染率,而且对细胞也不产生副作用,这将是一个潜在的黄病毒药物靶标。

CRISPR/Cas9作为新一代基因编辑技术,同样可被应用于建立疾病模型及培育供体器官。基因治疗可实现在患者自身细胞中纠正遗传缺陷,并结合其他生物学技术在体外培育出组织特异性的“类器官”,对于疾病建模、药物筛查及临床治疗等方面研究有极大意义。CRISPR介导的基因组编辑技术可以直接应用于非人类哺乳动物的疾病模型建立,将更有利于疾病致病机理和治愈研究。

此外,CRISPR技术还可应用于大型动物的基因编辑以研究免疫排斥及跨物种的疾病传染,从而解决异种移植器官来源的瓶颈,猪被认为是人体异种器官来源的首选动物,而目前猪器官用于人类的主要障碍为免疫排斥反应,及猪内源性逆转录病毒(Porcine endogenous retroviruses, PERVs)带来的医疗风险问题。eGenesis公司杨璐菡博士与哈佛大学George Church教授利用CRISPR进行基因改造一步让62个PERV pol 基因关闭,因而将来自PERV的传染风险降低了三个数量级,成功培育出不含PERVs的猪品系,作为安全有效的异种移植器官来源,这些研究让猪成为病人的器官来源更有前景。

基因编辑技术可以准确地改造人类基因,达到基因治疗效果。中国科学院生物化学与细胞生物学研究所李劲松研究组通过在小鼠胚胎中注射CRISPR/Cas9纠正白内障小鼠模型中的遗传缺陷,所产生的后代是可育的并能将修正后的等位基因传递给它们的后代。杜氏肌营养不良(DMD)是一种罕见的肌肉萎缩症,也是最常见的致命性遗传病之一,是由肌营养不良蛋白dystrophin基因突变引起。杜克大学Charles Gersbach研究组应用CRISPR/Cas9在DMD小鼠中将dystrophin基因突变的23外显子剪切,而合成了一个截短的但功能很强的抗肌萎缩蛋白,这是生物学家“首次成功地利用CRISPR基因编辑技术治愈了一只成年活体哺乳动物的遗传疾病”。

► CAR-T治疗简图,图片来自onclive.com

基因编辑技术联合免疫疗法在肿瘤及HIV/AIDS治疗具有广泛的应用前景。嵌合抗原受体T细胞(Chimeric Antigen Receptor T cell,CAR-T)细胞治疗是非常有前景的肿瘤治疗方法。CAR-T细胞疗法在B细胞恶性血液肿瘤治疗中已经取得硕果。中科院动物研究所王皓毅研究组利用CRISPR/Cas9技术在CAR-T细胞中进行双基因(TCRα subunit constant 和beta-2 microglobulin)或三基因(TRAC,B2M及programmed death-1)敲除。美国斯隆凯特林癌症纪念中心Michel Sadelain研究组发现CRISPR/Cas9技术将CAR基因特异性靶向插入到细胞的TRAC基因座位点,极大增强了T细胞效力,编辑的细胞大大优于传统在急性淋巴细胞白血病小鼠模型中产生CAR-T细胞。

继诺华的Kymriah以及Gilead (kite Pharma)的Yescarta接连上市,CRISPR Therapeutics公司也在应用CRISPR/Cas9基因编辑技术开发同种异体CAR-T候选产品。2016年10月,四川大学华西医院的肿瘤医生卢铀领导的一个团队首次在人体中开展CRISPR试验,从晚期非小细胞肺癌患者体内提取出免疫细胞,再利用CRISPR/Cas9技术剔除细胞中的PD-1基因更有助于激活T细胞去攻击肿瘤细胞,最后将基因编辑过的细胞重新注入患者体内。

微生物种群与人体医学,自然环境息息相关。北卡罗来纳大学Rodolphe Barrangou与Chase L. Beisel合作通过使用基因组靶向CRISPR/Cas9系统可靶向并区分高度密切相关的微生物,并程序性去除细菌菌株,意味着CRISPR/Cas9系统可开发成精细微生物治疗体系来剔除有害致病菌,人类将有可能精确控制微生物群体的组成。以色列特拉维夫大学Udi Qimron将CRISPR系统导入温和噬菌体中在侵染具有抗生素抗性的细菌以消灭此类细菌,CRISPR系统已具有成为新一类抗生素的潜力。Locus BioSciences公司也在开发在噬菌体中开发CRISPR系统以达消灭难辨梭菌的目的。

弗吉尼亚理工大学Zhijian Tu研究组在雄蚊子中进行M因子基因编辑,可以导致雌雄蚊之间的转化或雌蚊的杀戮,从而实现有效的性别分离和有效减少蚊子的数量,也将减少寨卡病毒及疟疾等传播。

基于CRISPR治疗不仅可以应用于根除共生菌或有益菌群的病原体,也可应用于靶向人类病毒,包括HIV-1,疱疹病毒,乳头瘤病毒及乙型肝炎病毒等。具有纯合的32-bp缺失(Δ32)的CC趋化因子受体5型(CCR5)基因的患者对HIV感染具有抗性。因此加利福尼亚大学Yuet Wai Kan在诱导多能干细胞iPSC中利用CRISPR系统引入纯合CCR5Δ32突变后,诱导分化后的单核细胞和巨噬细胞对HIV感染具有抗性。天普大学Kamel Khalili 课题组应用CRISPR/Cas9系统在宿主细胞基因组中精确编辑HIV-1 LTR U3区,从而在将艾滋病病毒从基因组中剔除。

Cas12a (Cpf1)属于CRISPR家族另一核酸内切酶,它也可被gRNA引导并剪切DNA。但是,它不仅可以切割相结合的单链或双链DNA,也剪切其他的DNA。近日,加州大学伯克利分校Jennifer Doudna研究组开发了基于CRISPR的一项新技能——基因侦探(DNA Endonuclease Targeted CRISPR Trans Reporter (DETECTR))。利用单链DNA将荧光分子和淬灭分子连接构建成一个报告系统,当CRISPR-Cas12a在gRNA引导下结合到目标DNA并发挥剪切作用时,报告系统中的DNA也被剪切,荧光分子将被解除抑制。此系统在致癌性HPV的人的DNA样品检测HPV16和HPV18变现极佳。

布罗德研究所Feng Zhang研究组开发的基于CRISPR的2代SHERLOCK (Specific High Sensitivity Enzymatic Reporter UnLOCKing),原理是利用Cas13a被激活后,可以切割除靶序列外其他的RNA的特征,引入了解除荧光分子的抑制。此工具可实现一次性多重核酸检测,可同时检测4种靶标分子,额外添加的Csm6使得这种工具比它的前身具有更高的灵敏度,并将它开发成微型试纸条检测方法,简单明了易操作,已被研究人员成功应用于RNA病毒,如登革热病毒和寨卡病毒,及人体液样本检测。

Broad研究所David R. Liu研究组利用CRISPR/Cas9开发了一种被称为CAMERA(CRISPR-mediated analog multi-event recording apparatus)的记录细胞事件的“黑匣子”他们利用这个系统开发出两种细胞记录系统,在第一种被称为“CAMERA 1”的细胞记录系统中,研究人员利用细菌中质粒的自我复制但又严格控制其自身数量的特征,

将两种彼此之间略有不同的质粒以稳定的比例转化到细菌中,随后在接触到外来药物刺激时,利用CRISPR/Cas9对这两种质粒中的一种进行切割,通过对质粒进行测序并记录两种质粒比例的变化来记录细菌接触外来刺激的时间。另一种细胞记录系统被称为“CAMERA 2”,它利用基于CRISPR/Cas9的碱基编辑系统实现在细胞内特定信号发生时改变遗传序列中的单个碱基,以此实现对诸如感染病毒、接触营养物等刺激的记录。这套技术的出现将很大程度的帮助人们进一步了解细胞的各类生命活动的发生发展规律。

2015 年 4 月,中山大学的黄军利用CRISPR/Cas9介导的基因编辑技术,同源重组修复了胚胎中一个引发地中海贫血β-globin gene (HBB)的突变。

► 图片来自kurzgesagt.org

2016年,广州医科大学的范勇团队在三原核受精卵中,应用基因编辑技术CRISPR受精卵中的基因CCR5进行编辑引入CCR5Δ32纯合突变由于当时脱靶效率问题突出,产生了镶嵌式的受精卵。

2017年8月2日,俄勒冈健康与科学大学胚胎细胞和基因治疗中心Shoukhrat Mitalipov研究组公布了其应用CRISPR在人类胚胎中进行DNA编辑的结果,纠正了突变的MYBPC3基因,其突变会引起心肌肥厚并将年轻运动员猝死。

基因编辑技术及其应用科普漫谈

DNA是绝大部分生物的遗传信息的储存介质,由腺嘌呤(A)、胸腺嘧啶(T)、鸟嘌呤(G)、胞嘧啶(C)四种核苷酸组成,并且严格遵守A-T,C-G的碱基互补配对原则,DNA链上这四种核苷酸的排列信息就是生物体的主要遗传信息。基因是控制生物性状的基本遗传单位,即一段携带特定遗传信息的DNA序列,主要通过翻译出对应的效用蛋白发挥功能。

图1. DNA的结构示意图(图片来自网络)

基因异常往往导致各种疾病的发生:如在超过50%的人类肿瘤中都能检测到编码p53蛋白的基因的突变(丧失活性);Rag1等基因的突变会导致重症联合免疫缺,患儿终生不能接触外界空气,只能终生生活在隔绝容器内(图2)。

图2. 终生生活在隔离容器内的美国男孩大卫·维特(图片来自网络)

什么是基因编辑技术?

基因编辑技术是指特异性改变目标基因序列的技术。目前主要的基因编辑技术都是基于如下原理发展而来的:在细胞内利用外源切割复合体特异性识别并切割目的基因序列,在目的基因序列上制造断裂端,这种断裂端随即会被细胞内部的DNA损伤修复系统修复,重新连接起来。在此修复过程中,当有修复模板存在时,细胞会以修复模板为标准进行修复,从而实现对基因序列的特异性改变,即基因编辑(图2)。

图3 基因编辑技术的基本原理示意图

要实现基因编辑,外源切割复合体必须满足两个条件:

① 切割复合体必须可以特异性地识别和结合至目的基因DNA序列上,这是各种基因编辑技术的主要差异所在,也是发展基因编辑技术的最大困难所在;

② 切割复合体必须具有切割DNA,制造断裂端的功能;

基因编辑技术的简要发展历史

自1953年沃森和克里克两位科学家提出DNA的双螺旋结构以来,人们一直都在积极探索着高效便利的基因编辑技术:

上世纪80年代,科学家在小鼠胚胎干细胞中通过基因打靶技术实现了基因编辑(2007年诺贝尔生理医学奖),但此技术在其余细胞内效率极低,应用受到了极大的限制;

上世纪90年代,基于细胞内不同锌指蛋白可特异性识别DNA上3联碱基的特征以及核酸酶FokI二聚化后可以切割DNA的特点,人们通过锌指蛋白偶联Fokl的策略逐渐发展出了一种新的基因编辑技术--锌指蛋白核酸酶技术(Zinc Finger Nucleases, ZFNs)。但此技术专利被公司垄断,且锌指蛋白数量有限,可以识别的DNA序列数量有限,其应用也受到了很大的限制。

随后,基于改造后的植物病原菌中黄单胞菌属的TAL蛋白可以特异性识别DNA中一个碱基的特性,人们又发展出了新的基因组编辑技术--转录激活样因子核酸酶技术(Transcription activator-like effector nucleases, TALENs)。此技术理论上可以实现对任意基因序列的编辑,但其操作过程较为繁琐,一定程度上限制了其应用。

近年来,基于细菌规律成簇的间隔短回文重复序列(Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats,CRISPR)系统发展而来的新一代基因组编辑技术--CRISPR/Cas9技术,使得基因编辑变得更为简易、高效。值得提出的是,华裔科学家张锋教授对于CRISPR/Cas9技术的发展与应用作出了重要贡献,是目前这一领域的领军人物之一。

基因编辑技术的最新发展

由于目前最为广泛应用的CRISPR/Cas9技术仍然存在着无法对所有基因序列实现编辑、可能错误编辑其余基因、切割复合体中RNA容易降解导致复合体不稳定等一些不足之处,人们主要从以下几个方面优化发展新的基因编辑技术:

1)  优化CRISPR的蛋白序列,使得其可以识别更多的序列,并且能够更为有效地编辑基因序列;

2) 寻找新的具有特异性识别和切割目的基因序列的蛋白。如张锋教授在去年报道的Cpf1,已被证实为一类新的基因编辑工具;而目前引起广泛争议和关注的我国河北科技大学韩春雨教授在今年初报道的NgAgo,如果其真的可以实现细胞内的基因编辑,也是一类新的基因编辑工具,是目前各种基因编辑工具的有效补充;近期,我国南京大学学者又开发了一类新的基因编辑工具—SGN,也引起了学界的广泛关注。

基因编辑技术的应用

随着CRISPR/Cas9等新型基因编辑技术的迅猛发展,基因编辑技术在诸多方面都有着极为广阔而光明的应用前景:

1)  畜牧业和农业方面,现在已经在包括鸡、牛、羊等重要家畜和玉米、水稻、棉花等重要经济作物中实现了基因改造,有效地提高了这些家畜和经济作物的产量和质量;

2)  医疗健康方面,一方面,对于先天性基因突变致病患者,利用基因编辑技术改正突变的基因,可以为这些疾病的彻底根治提供希望。如在2013年,我国科学家上海生化细胞所的李劲松教授就利用CRISPR/Cas9技术治愈了小鼠的白内障遗传疾病。另一方面,基因编辑技术还有望为彻底治愈一些重大疾病的提供希望,如利用基因编辑技术改造艾滋病病毒HIV-1携带者免疫细胞中的CCR5基因,可以使得细胞不再受HIV-1病毒感染,有望成为彻底战胜艾滋病的有力武器。

结语:

迅猛发展的基因编辑技术正在给我们的生活带来巨大的变化,在享受先进科学技术带来的种种福利的同时,我们也必须进一步加强对于基因编辑技术的基础研究以及应用管理,以确保这一先进技术得到正确而有效地应用。

编辑:何郑燕  鲁凡英

(专家:吴剑锋,厦门大学生命科学学院博士,科普中国微平台原创首发)

扒一扒基因编辑技术的“真面目”

自2016年5月2日韩春雨作为通讯作者的“基因编辑技术NgAgo”论文发表引起关注、5月底质疑的声音开始出现,韩春雨实验的可重复争议,不仅科学界议论纷纷,在社会层面也引发了相关讨论。那么,基因编辑技术到底是一项怎么样的技术呢?为什么它这样备受瞩目?今天我们就一起去扒一扒基因编辑技术的“真面目”!

基因编辑技术到底是个什么鬼?

首先我们先介绍一下基因编辑的概念。实际上,“基因编辑”这四个字是比较简化的,严格来说我们应该称它为“基因组定点编辑技术”。这里我们要注意两个关键词,一个是“基因组”,它要在细胞核的基因组里面。

另一个是“定点编辑”,因为在细胞核的基因组里面,不同的基因都有不同的位点。如果我们不是说在特定的基因组位点进行编辑的话,实际上和我们现在讨论的这个技术就大相径庭了。因为有很多其他技术可以改变细胞内的DNA组成。比如线粒体基因替代技术。还有一个就是用重组过的特异性病毒引入外源基因,但是它不能够定点,它是随机放到基因组里面的,这和我们今天要讨论的基因编辑技术都是不一样的。基因编辑技术,也就是“基因组定点编辑技术”,这个技术指的是对特定DNA片段的敲除、加入以及定点突变。

基因编辑技术的历史

实际上,基因编辑技术不是一个新的概念,早在90年代就开始有了。到目前为止,已经经历了三代。

第一代基因编辑技术就是同源重组建立动物基因敲除(knock-out),基因敲入(knock-in)的基因突变模型。顾名思义,基因敲除(knock-out)指的是把原有的动物基因组的某些基因通过一定的技术把它从动物基因组里敲除出去;基因敲入(knock-in)则是在动物基因组某个位点上把原本不存在的基因通过一定的技术把它整合进去。基因敲除(knock-out)和基因敲入(knock-in)是通过DNA同源重组技术来完成的。这是一个非常复杂的技术。如果要做成一个成功的动物基因敲除(knock-out),基因敲入(knock-in)的基因突变模型,大概需要花费2到3年的时间,投入的资金也比较多。另外,这个技术一般来说是用于建立遗传疾病研究的动物模型,很难用于临床或者说大面积应用在农业畜牧业方面。

第二代基因编辑技术是ZFN,TALEN技术。这两个技术的原理都是通过DNA核酸结合蛋白和核酸内切酶结合在一起建立一个系统。因为这些蛋白可以识别一定的核苷酸序列,通过一定设计形成的系统可以对特定的基因进行基因敲除和基因突变。

第三代基因编辑技术就是最近非常火的CRISPR/Cas9 系统。它的原理就是利用核糖体结构来进行基因编辑。CRISPR/Cas9 系统经过一定的设计可以结合到靶基因上,然后对这个靶基因进行敲除、定点突变或者引入新的外源基因,来进行基因编辑。

为什么第三代基因编辑技术备受瞩目?

确切地说,这三代基因编辑技术到目前为止都存在一定的技术局限性。第一个比较明显的局限性就是脱靶效应。那什么是脱靶效应呢?比如原本设计是对某一个DNA靶点进行基因编辑,但是一直找一直找,却没有找到正确的靶点,实际上却跑到这个点组成相似的位点去了,这就出现了脱靶。

第二个我们关注的问题就是编辑效率。任何技术都有一定的编辑效率。第三代基因编辑技术的效率要比第二代基因编辑技术高,这也是我们为什么对这三代基因编辑技术这么感兴趣的原因。

还有一个问题就是基因编辑技术对同一基因可能会造成不同的基因突变类型。不同的基因突变类型混合在一起,会让检测工作变得复杂很多。在这点上,第三代基因编辑技术同样表现不俗,要比这二代基因编辑技术好很多。

总的来说,为什么第三代基因编辑技术这么受大家的关注?主要得益于它以下几个优点:一是它的设计比较简单;二是它的效率比较高;三是它的价格相对便宜些;四是它的应用范围更广泛些,能针对的靶基因是比较多的。

基因编辑技术有什么用?

我们研究基因编辑技术,那基因编辑技术到底可以应用在哪些方面呢?主要有以下这几个方面:第一个就是可以形成不同基因型的动物模型,这从第一代基因编辑技术就开始做了。建立不同基因型的动物模型的意义在于,对遗传性疾病,这些基因和疾病之间的关系,这些模型可以给出一个比较确切的答案。这对研究遗传性疾病具有重大意义,这也是为什么大家从第一代开始就密切关注基因编辑技术的发展了。

第二个主要是应用在动植物育种。不同的物种的同一个基因上,可能会存在不同的SNP。不同的SNP对正常的生理功能影响是不大的,但是却会影响一定的表型。比如水稻是不是就会更高产一些,动物的瘦肉是不是更多一些等等表型。有了基因编辑技术,在育种的过程中,我们就可以对我们最想要的某一个基因进行单点突出,以实现效益的最大化。目前为止,第三代基因编辑技术效率相比于前两代技术来说是最高的。

还有一个就是对遗传疾病的治疗比较有用。目前来说,基因编辑技术主要是用在人源性的细胞上面,临床还没有用到。我们知道,很多遗传疾病都和细胞的突变有关。如果说利用基因编辑技术,我们能够把致病的基因转换成正常的基因的话,那么对家族有遗传病史的人来说,这将是一个福音。

但是现在的基因编辑技术离临床治疗还远。要应用到临床上需要考虑很多问题,比如这个系统的毒性怎么样?它进去以后会不会引起什么免疫反应?因为现在基因编辑技术还存在脱靶效应,如何对我们要编辑的基因进行准确地定位是个大问题。这些都是需要研究清楚才能上临床的。

(作者:胡昕华,中国科学院神经科学研究所博士。感谢中国科学技术大学化学博士,中国科学技术大学合肥微尺度物质科学国家实验室副研究员,科技与战略风云学会会长袁岚峰的推荐,原创作品,转载请注明出自知识就是力量微信公众号)

(图片来自网络)

编辑:刘伟琼

本文系原创作品,商业合作及转载请联系 投稿请联系 ?

你如何看待基因编辑技术呢?

什么是基因编辑

顾名思义,“基因编辑”就是指对基因进行修改,实现对特定DNA片段的敲除、插入的基因重组技术。

基因编辑可以追溯到上世纪70年代,CRISPR/Cas9是继“锌指核酸内切酶(ZFN)”、“类转录激活因子效应物核酸酶(TALEN)”之后出现的第三代“基因组定点编辑技术”。

与前两代技术相比,其成本低、制作简便、快捷高效的优点,让它迅速风靡于世界各地的实验室,成为科研、医疗等领域的有效工具。

CRISPR实际上就是一种基因编辑器,是细菌用以保护自身对抗病毒的一个系统,也是一种对付攻击者的基因武器。后来研究者发现,CRISPR可以用来删除、添加、激活或抑制其他生物体的目标基因,这些目标基因包括人、老鼠、斑马鱼、细菌、果蝇、酵母、线虫和农作物细胞内的基因,这也意味着基因编辑器是一种可以广泛使用的生物技术。

基因编辑的应用:

1. 在医学上用于治疗基因遗传病 CRISPR介导的“基因组编辑”技术为在细胞中实现更多的遗传应用打开了一扇大门,可促使科学家及医疗人员更好地了解人类疾病及其潜在疗法。基因编辑可治疗遗传病,尤其是单基因遗传病。

据估计,大概有上百个疾病由单基因突变引起,其中多数属于遗传病。要从根本上解决问题,有时只能通过基因编辑彻底求证治病基因。

目前,CRISPR技术已被应用于治疗血友病、地中海贫血等多种遗传性疾病的细胞研究或动物研究。

2在农业上培育出品质优良的动物植物品种 美国和日本相关机构目前的倾向是CRISPR改造的特定农产品不作为转基因食品进行监管。

3建立不同基因型的动物模型这从第一代基因编辑技术就开始做了。建立不同基因型的动物模型的意义在于,对遗传性疾病,这些基因和疾病之间的关系,这些模型可以给出一个比较确切的答案。

现在基因编辑距离应用于临床还有很长一段距离,比如基因编辑的准确定位,如何避免脱靶;会不会有免疫反应;系统毒性等多方面的问题。

基因能否改变“杂交稻”的遗传特性?

在科学之中,只要我们说到什么“基因编辑”可能大家脑海之中直接就浮现出来关于“不好”的问题,确实“基因编辑”在前段时间具有一个不好的影响,而最新中国科学院在进行水稻研究之中,也利用到了“基因编辑技术”,并且成功克隆出杂交稻种子,这也算是基因编辑技术单独领域的“突破”,可能大家会想到,这种杂交稻种子是否安全,会不会对人类产生什么影响呢,这个暂时没有看到相关的数据。

当然我们不能随时看到“坏处”,并非“基因编辑技术”就不好了,就看利用的领域对不对,不然也不会发展这项技术,这次科学家们就是利用编辑技术,建立了水稻无融合生殖体系,成功克隆出杂交稻种子,令杂交稻性状可以稳定遗传到下一代,也就是让其保持稳定的其中的“优良”部分,这对农业的生产具有很重要的贡献。以前由于杂交种子后代会发生性状分离,无法保持其杂种优势,所以我们每年都要进行新品种的选择问题。

而如今的问题就解决了这个问题,这“无融合生殖”技术不会改变杂交品种的杂合基因型(重点:不会改变),从而实现杂交优势的固定,这有望给农业生产带来一次新的革命,同样也证明了其中的可行性。从这里我们可以看出来并非我们想象的那样,所以说这是相对较好的事情,解决了人类基本的“粮食”问题。在实验之中,科学家们利用CRISPR/Cas9基因编辑技术在春优84中敲除了4个水稻生殖相关基因,使杂交稻产生了无融合生殖性状,并产生了与杂交稻一样的克隆种子。

杂交水稻之父也“袁隆平”表示对该研究成果的祝贺,希望早日将该成果应用到生产中,其实这是稳定了生产的问题,如今,全球气候的变化在科学之中也是个大问题,并且对我们的粮食生产也产生了影响,科学家们的这项研究对粮食问题也可能解决不少,既然已经公布了,我们要相信科学家们说法是没错的,在未来能够解决人类的“吃”问题,也才是科学研究这项技术的关键,这是我国在生产领域之中的一项突破事件,所以大家如果真有疑问可能也会帮助解决的。

至少从实验的角度来看,成功克隆出的杂交稻种子并没有什么“坏现象”,有利于人类的生产力提升,我个人不明确该技术实现之后是否具有其他问题,我相信科学家们也会公布的,这项科学研究的意义是非常的大,能够将缺陷去除,稳定解决粮食问题值得提倡,我们后续也会继续跟进,谢谢大家阅读!

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