上海交通大学学报是由上海交通大学学报（上海交通大学学报自然科学版）、上海交通大学学报（英文版）、上海交通大学学报（哲学社会科学版）、上海交通大学学报（农业科学版）、上海交通大学学报（医学版）、上海交通大学学报（医学英文版）6本期刊组成。
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《上海交通大学学报(医学版)》(原《上海第二医科大学学报》)为医药卫生类综合性学术期刊，创刊于1958年，月刊，每月28日出版，国内外公开发行。本刊以引导科技发展，培养学术人才，增进学术交流为办刊宗旨。刊登医学基础、临床、公共卫生等领域所取得的新成果、新理论、新技术、新经验；设有论著、综述、专题、专家论坛、述评、短篇论著、技术与方法、病例报告等栏目。
本刊为中国科技核心期刊、中文核心期刊、中国高校优秀科技期刊，主要被以下著名数据库收录：俄罗斯《文摘杂志》（AJ）、荷兰《文摘与引文数据库》（Scopus）、荷兰《医学文摘》（EMBASE）、美国《化学文摘》（CA）、美国《剑桥科学文摘（自然科学）》（CSA:NS）、日本科学技术振兴机构中国文献数据库（JSTChina）、中国科技论文与引文数据库(CSTPCD) 统计源期刊(中国科技核心期刊)、中国科学引文数据库（CSCD）核心期刊、中国生物医学文献数据库、《中国学术期刊评价研究报告》(RCCSE)核心期刊、中国学术期刊综合评价数据库及《中文核心期刊要目总览》。
