截至2013年，该校建有省部共建教育部重点实验室1个，农业部农业科学观测实验站1个 ，自治区重点实验室7个 。共有7个研究所，其中校级研究所3个（草业研究所、林业研究所、马业研究所），院级研究所4个（干旱区土壤与肥料研究所、干旱区荒漠研究所、经济社会发展研究中心、设施农业研究所） 。各个二级学院下还设有新疆特色果树研究中心、西甜瓜研究所、干旱区植物研究中心、物流工程研究所等研究所（中心）。省部共建教育部重点实验室：西部干旱荒漠区草地资源与生态教育部省部共建实验室教育部研究中心：棉花工程研究中心农业部农业科学观测实验站：西北草食动物营养与饲料科学观测试验站农业部国家特色林果研究中心：香梨品种改良中心自治区级重点实验室：新疆草地资源与生态实验室、新疆肉乳用草食动物营养实验室、寒冷干旱区水文水资源与水利工程实验室、干旱区林业生态与产业技术实验室、农林有害生物监测与安全防控实验室、畜禽疫病防控与畜产品质量安全实验室、新疆农业工程装备创新设计实验室自治区工程技术研究中心：新疆果品加工与保鲜工程技术中心、新疆水文水资源工程技术研究中心、新疆奶业工程技术研究中心自治区高校人文社科重点研究基地：干旱区农村发展研究中心自治区教育厅普通高等学校重点实验室：干旱区林业生态与产业技术重点实验室新疆农业大学重点建设实验室：新疆草地资源与生态重点实验室、农业生物技术重点实验室、棉花工程研究中心、新疆农业节水与水资源研究中心、农业信息化与数字农业研究中心、农产品加工工程技术中心、新疆特色林果业研究中心、中亚农业经济与农产品贸易研究中心 2006年至2013年，该校共承担纵向科研项目562项，其中国家科技支撑项目5项，国家科技支撑计划课题22项，到位经费近2.36亿元。主持或参与完成的科研成果获省部级以上奖励60项，其中荣获国家科技进步二等奖2项，自治区科技进步一等奖6项，自治区哲学社会科学成果奖一等奖3项。通过审定的品种12个，获得专利81项 。 据2014年5月官网显示，该校自2003年开始，累计承担自治区农业适用性技术推广项目48项，到位经费905万元。与地州和企业共开展科技合作232项。仅南疆在研的科技合作项目34项，经费达2645万元。科研成果中漏斗式全沙排沙技术及应用，新疆科技进步奖一等奖，国家科技进步奖二等奖，该成果通过激光测试仪及五孔皮托球三维测试装置的测试分析，揭示了悬沙排沙漏斗三维的清、浑水流场的水力学特性及泥沙输移机理，把悬移质与推移质两种排沙功能融为一体，能同时排除粒径大于0.05mm的各级泥沙，经专家鉴定为国际先进水平。“新疆特色林果高效节水综合技术研究与应用”,获得新疆维吾尔自治科技进步奖一等奖。项目针对林果业灌溉技术面临的重大关键问题，开展了果树微灌、水肥耦合、田间微环境调控等关键技术研究，开发了适应于林果微灌的低压低能耗新技术，研制了具有自主知识产权的微灌系列新产品，形成农业高效节水技术应用和管理模式，建立了综合试验基地。该研究技术与地面灌技术相比，果树平均增产10.6%、肥料利用率提高15.4%、水分利用效率平均提高32.7%；系列高效率过滤设备降低水头损失1～3m，除砂效率提高15～25%。开发出的移动式滴灌机和过滤器已实现产业化。项目成果为实现新疆1700万亩特色林果健康发展起到重要支撑作用，对干旱区农业高效用水与水资源合理配置具有重要借鉴意义，研发的节水技术、产品、应用模式具有广泛的推广应用价值 。 馆藏资源 截至2014年3月，新疆农业大学图书馆藏书100余万册，期刊2200余种，中英文数据库15个。是国家二级科技查新定点单位（1995年），联合国粮农组织出版物收藏馆（1997年），教育部大学数字图书馆国际合作计划（CADAL）项目新疆服务中心（2010年）和新疆少数民族文献资源数字化加工中心（2010年） 。 学术刊物 《新疆农业大学学报》由新疆农业大学主办，向国内外公开发行的农业综合性学术期刊。创刊于1965年，2004年进入中国科技核心期刊。2008年入编《中国核心期刊要目总览》之综合性农业科学类的核心期刊。为美国《化学文摘（网络版）》、美国《剑桥科学文摘：自然科学版》、俄罗斯《文献杂志》、英国《动物学记录》、《公共健康》、《国际农业与生物科学中心数据库文摘》、《中国生物学文摘》、《中国生物学文献数据库》、《中国林业文摘》等国内外重要文献检索和数据库收录。另外《中国期刊全文数据库》、《中国学术期刊综合评价数据库》、《万方数字化期刊群》、《中国科技期刊数据库》等都已将学报作为来源期刊全文收录 。
农业类核心期刊南京农业大学学报、浙江大学学报、农业与生命科学版、扬州大学学报、农业与生命科学版、湖南农业大学学报、华南农业大学学报、河北农业大学学报、作物学报、中国水稻科学、麦类作物学报、中国油料作物学报、农业工程学报、灌溉排水学报、农业机械学报，等等。
一、南京农业大学学报
《南京农业大学学报》创刊于1956年9月，是经中共江苏省委文化教育部批准，由中华人民共和国教育部主管，南京农业大学主办的综合性农业学术期刊。
据2018年11月《南京农业大学学报》官网显示，《南京农业大学学报》第九届编辑委员会（2018年—2023年）共有顾问2人、编委52人。
二、浙江大学学报
浙江大学学报由浙江大学学报（英文版）A辑：应用物理与工程、浙江大学学报（英文版）B辑：生物医学和生物技术、信息与电子工程前沿（英文）、浙江大学学报（人文社会科学版）、浙江大学学报（工学版）、浙江大学学报（理学版）、浙江大学学报（农业与生命科学版）、浙江大学学报（医学版）组成。
三、麦类作物学报
《麦类作物学报》是由中华人民共和国教育部主管，西北农林科技大学、国家小麦工程技术研究中心和中国作物学会联合主办的麦类作物学术专刊。
据2018年12月《麦类作物学报》编辑部官网显示，《麦类作物学报》第五届编辑委员会拥有学术顾问12人，委员57人。
四、中国油料作物学报
《中国油料作物学报》是由中国农业科学院油料作物研究所主办，科学出版社出版，全国唯一的一种有关油料作物专业学术期刊，创刊于1979。
五、农业工程学报
《农业工程学报》是中国科学技术协会主管，中国农业工程学会主办的全国性学术期刊。
1985年，《农业工程学报》创刊；2000年，由季刊改为双月刊；2005年，改为月刊；2012年，改为半月刊。
据2018年4月《农业工程学报》编辑部官网显示，《农业工程学报》第七届编辑委员会有委员120人、海外委员18人、顾问委员15人、编辑5人。
