承办并定期公开出版《China Ocean Engineering》(英文版，国内外发行，SCI、EI全文检索)、《水科学进展》(EI全文检索)、《岩土工程学报》(EI全文检索)、《水利水运工程学报》、《海洋工程》、《小水电》、《SHP News》、《水利信息化》等8种期刊。《水利水运工程学报》《水利水运工程学报》(原名：水利水运科学研究)系水利部主管，南京水利科学研究院主办的学术性刊物。主要报导：水利水电、水运、海洋工程和土木建筑工程的规划、可靠性研究、科研、设计、施工、监理以及管理工作中的新理论、新技术、新方法和新成果等。《海洋工程》《海洋工程》创刊于1983年，是由中国科学技术协会主管，中国海洋学会主办，南京水利科学研究院和上海交通大学承办的学术性季刊（刊号ISSN1005-9865），面向国内外发行。《海洋工程》以促进学科理论发展、加速科研成果向生产力转化为宗旨，主要刊载近岸工程、海岸工程、海洋能源利用工程、水下工程、潜水技术、救捞技术等领域具有理论水平及实践经验的学术论文、研究简报、综合评论、调查报告、成果介绍及学术动态报道。《海洋工程》已被联合国《水科学和渔业文摘》（ASFA）收录，并作为核心期刊收录于中国海洋文献数据库及正式出版的检索刊物《海洋文摘》中。同时《中国期刊网》、《中国学术期刊（光盘版）》全文收录，被认定为《中国科学引文数据库》来源期刊，并被作为《中国学术期刊综合评价数据库》来源期刊全文收录，2000年荣获首届《CAJ-CD规范》执行优秀奖。《岩土工程学报》《岩土工程学报》是由中国科学技术协会主管，由中国水利学会、中国土木工程学会、中国力学学会、中国建筑学会、中国水力发电工程学会、中国振动工程学会六个全国性学会联合主办的学术性科技期刊。《岩土工程学报》创办于1979年，在江苏南京登记，由南京水利科学研究院承办，国内外公开发行。《水科学进展》《水科学进展》是由南京水利科学研究院、中国水利学会主办,以水为论述主题的学术期刊,主要反映暴雨、洪水、干旱、水资源、水环境等领域科学技术的最新成果、重要进展、当代水平和发展趋势,报道关于水圈研究的新事实、新概念、新理论和新方法,交流新的科研成果、技术经验和科技动态，是全方位和深度了解中国水科学进展的重要窗口。本刊为全国中文核心期刊,被美国《Ei》和《CA》收录,2003、2004、2005年连续获“百种中国杰出学术期刊”称号。2004年获江苏省优秀期刊奖，并入选江苏省期刊方阵。《小水电》《小水电》杂志是水利部农村水电及电气化发展局、中国水利学会水力发电专业委员会、中国水力发电工程学会小水电专业委员会、中国电机工程学会小水电专业委员会、水利部农村电气化研究所（亚太地区小水电研究培训中心）主办的全国唯一小水电专业技术性期刊。《China Ocean Engineering》China Ocean Engineering是中国科学技术协会主管，中国海洋工程学会主办，由南京水利科学研究院编辑的英文版综合性学术季刊（刊号ISSN0890-5487）China Ocean Engineering办刊宗旨是向国外介绍我国与海洋工程有关的研究、设计、试验、生产、使用、管理等方面的成果以及学术动态，扩大对外宣传和交流，展示我国的研究水平。主要刊载离岸工程、海洋工程、海洋能源利用工程、海洋环境保护工程、水下工程、潜水技术、救捞技术等方面的稿件。稿件内容包括工程建筑物（海洋平台、防波堤、码头、堤防、锚泊系统等），物理和数学模型试验技术，结构材料，结构应力分析，海洋工程土力学，海岸泥沙及波浪动力学等。《水利信息化》经主管单位水利部和新闻出版总署的批准，自2010年4月起《水利水文自动化》更名为《水利信息化》，指导单位为水利部信息化工作领导小组办公室，主办单位为水利部南京水利水文自动化研究所。更名后的《水利信息化》杂志以服务水利行业信息化建设为宗旨，紧紧围绕水利信息化建设的主要任务，权威发布水利信息化建设政策、法规和标准，及时介绍水利信息化建设的经验和成果，介绍国内外信息化建设现状及信息技术发展趋势，敏锐追踪信息化建设热点、难点和焦点，推动信息化技术在水利行业的应用，促进水利现代化水平的快速提升。加强水利信息化的宣传工作，传达水利信息化政策，普及信息化知识，促进水利信息化理论研究和学术交流。
土木工程顶级期刊排名：
1岩土工程学报，2建筑结构学报，3土木工程学报，4岩石力学与工程学报，5建筑结构，6工业建筑，7哈尔滨建筑大学学报，8中国给水排水，9岩土力学。
《岩土工程学报》于1979年创刊，主要刊登土力学和岩石力学领域中能代表我国理论和实践水平 的论文、报告、实录等。被中国学术期刊文摘、中国科学引文数据库、中国科技论文统计与分析数据库等收录，被美国工程索引（Ei Page One）等海外文摘收录。已加入中国学术期刊光盘版及中国期刊网。获国家自然科学基础性高科技学术期刊经费资助。
《建筑结构学报》是由中国科学技术协会主管，中国建筑学会主办的学术性刊物，创刊于1980年，2010年起为月刊，大16开，112页，至2010年已出版了31卷。
宗旨在报道和交流建筑结构领域中代表我国学术水平的最新研究成果，反映本学科发展最新动态和趋势，推动国内外的学术交流，主要刊登建筑结构、抗震防振、地基基础等学科的基础理论研究、应用研究和科学实验技术的学术论文，研究报告及最新进展动态，为我国建筑科学技术研究的发展服务。
