1、所保护的侧重点不同
论文是某一学术课题在实验性、理论性或观测性上具有新的科学研究成果或创新见解，或是某种已知原理应用于实际中取得新进展，这些论文的目的主要是用于在学术会议上宣读、交流或讨论，或者在学术刊物予以发表，也有一些形成项目文件作为项目申报或者答辩的依据。
从这个角度来看，论文有时候完全是纯理论的东西，如一些数学公式、算法推理等等，同时，对于论文所要表达的内容并无太多限制。论文带给作者的很多时候只是荣誉以及著作权。
专利明显不同，专利可保护的内容有限制，象数学公式、科学发现、外科手术方法、克隆技术等可以用论文形式发表的，都不能用专利来保护。这些在专利法中被归结为智力活动或者治疗方法，不属于专利法保护范畴。
申请专利的重点在于知识产权保护，发表科研论文的目的在于知识传播和分享。
2、撰写方式不同
专利申请书的第一部分为背景技术介绍，要求申请人对背景技术及其不足之处进行描述和总结。论文或者项目的第一步部分和发明专利申请书很类似，也是介绍前人的研究工作及不足之处。不同之处在于论文必须引用和列出相应的参考文献，而专利申请则可以不列参考文献。
专利申请书的第二部分为技术方案。这部分和论文的方法比较类似，但不同之处居多。这部分内容中，要求申请人用文字和公式阐述发明的技术方案，而不能用图表。即使发明的技术方案用图表更容易说明问题，发明人也必须把图表内容转换成文字。
尤其是涉及到复杂装置的技术方案，用文字表述需要特殊技巧。论文的方法部分则没有多少限制，论文撰写人可以选择更容易让读者理解和明白的论文撰写方式，可以有详细的公式推导和图表，甚至可以直接插入实验器材照片，而这些在专利申请文本中是不允许的。
3、审查不同
从审查角度，专利由专利审查人审查，重点判断发明的技术方案和现有文献有无重复之处，专利检索新颖性是是否能获得授权的重要一环，专利审查员往往会从专利库、论文库以及国际专利库、论文库中进行国际性检索。
而科研论文由同行审稿，重点判断实验数据是否可靠，结论是否准确。由于专利审查员一般不是同行，发明的技术效果无法通过专利审查保证。
不清楚你说的“专利论文”是什么，是不是只专利申请文件。
大学的毕业论文，是学术文章。
专利申请文件，是法律文件。如果要学习，建议至少要看一下专利法和专利法实施细则。
你所说的实用专利，应该是指实用新型，它是专利的一种，它保护的是产品的结构特征。
你所说的外观专利，应该是指外观设计，它也是专利的一种，它保护的是产品的外观特征。
如果第一次写，可以去国家知识产权局下载几篇由比较大的专利事务所代理的专利授权文件看一下。
简单来说，最大的区别就是专利的实用性比学术论文大多了，不仅可以用于高校自主招生、加创新学分、保研、出国、创业，而且还可以去申请专利资助补贴，花钱买论文，可能也就只能用那么一次，但专利不仅可以用多次，而且还可以去申请资助，花出去的钱又可以补回来，一方面是在给国家的创新和知识产权这一块做贡献，另一方面自己不仅多了一项优势和资本，而且如果专利申请得好，以后如果一不小心产品投放了市场，那多的都赚回来了哈
