根据主管单位级别期刊等级，基本全是国家级：
1.《生态学报》国家级，主管：中国科学技术协会
2.《生物化学与生物物理学报（英文）》国家级，主管：中国科学院
3.《遗传学报(英文版)》国家级，主管：中国科学院
4.《中国生物化学与分子生物学报》国家级别，主管：中国科学技术协会
5.《生物化学与生物物理进展》国家级，主管：中国科学院
6.《微生物学报》国家级，主管：中国科学院
7.《生物物理学报》国家级别，主管：中国科学技术协会
8.《遗传》国家级，主管：中国科学院
9.《生物工程学报》国家级，主管：中国科学院
10.《应用生态学报》国家级，主管：中国科学院
11.《中国科学院》国家级，主管：中国科学院
12.《中国科学.C辑》国家级，主管：中国科学院
13.《古生物学报》国家级，主管：中国科学院
14.《微生物学通报》国家级，主管：中国科学院
15.《水生生物学报》国家级，主管：中国科学院出版图书情报委员会
16.《菌物系统（改名为：菌物学报）》国家级，主管：中国科学院
17.《生物多样性》国家级，主管：中国科学院
18.《生物工程进展（改名为：中国生物工程杂志）》国家级，主管：中国科学院
19.《实验生物学报》新闻出版总署未查到，应该属于停刊或改名期刊
20.《生命的化学》国家级别，主管：中国科学技术协会
21.《古脊椎动物学报》国家级，主管：中国科学院
22.《微体古生物学报》国家级，主管：中国科学院
23.《生态学杂志》国家级别，主管：中国科学技术协会
24.《生物数学学报》新闻出版总署未查到，应该属于停刊或改名期刊
《微生物学杂志》为中国科技论文统计源期刊、中国科技论文核心期刊、生物学核心期刊，先后被美国《化学文摘》（CA）、《英联邦农业文摘》(CAB) 、日本《科学技术文献速报》(CBST)、《CNKI期刊全文数据库》、中国科学引文数据库(CSCD) 、《中国生物学文摘》、《中国核心期刊（遴选）数据库》、《万方数据—数字化期刊群上网期刊》、《中国学术期刊综合评价数据库》、《中国期刊全文数据库》、《中文科技期刊数据库》等国内外重要检索刊物摘引和收录。
《微生物学报》在我国生物类期刊中的地位在“中文核心期刊要目总览”中，排生物类核心期刊第4～6位（1992、1996、2000、2004年的4个版本）2004年最新版中，位居第6位。在“中国科技期刊引文数据库” 2001年中国主要生物学期刊15名排行表中，总被引频次为470，排在第9位；影响因子为0.443，排在第13位；基金论文比为81%排在第9名。入选前100 名。在“中国科学引文数据库”排出的前500名核心期刊中，本刊居第63位。
JCR微生物学三区的期刊有34种，如Advances in microbial Physiology、Current topics in Microbiology and Immunology、Frontiers in Cellular and Infection Microbiology（最新为2015年，见下表），2015年影响因子IF值在2-5.3之间，三年平均IF值在2.46-3.93之间。
微生物学报，微生物学通报（中科院）
Journal of Bacteriol (JB)
Microbiology
Molecular Microbiology
PLOS Pathogens
