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直属事业单位——内蒙古自治区气象台（内蒙古自治区气象环境影响评价中心）、内蒙古自治区气候中心（内蒙古自治区生态与农业气象中心、内蒙古自治区气象卫星遥感中心）、内蒙古自治区气象科技服务中心（内蒙古自治区专业气象台、内蒙古自治区气象影视中心）、内蒙古自治区大气探测技术保障中心（内蒙古自治区雷电预警防护中心）、内蒙古自治区气象培训中心、内蒙古自治区气象科学研究所（内蒙古自治区人工影响天气中心）、内蒙古自治区气信息中心（内蒙古自治区气象档案馆、内蒙古农牧业经济信息中心）、内蒙古自治区气象局机关服务中心（内蒙古自治区气象局国有资产管理中心、内蒙古自治区气象局财务结算中心）。盟（市）气象局——呼和浩特市气象局、包头市气象局、呼伦贝尔市气象局、兴安盟气象局、通辽市气象局、赤峰市气象局、锡林郭勒盟气象局、乌兰察布市气象局、鄂尔多斯市气象局、巴彦淖尔市气象局、乌海市气象局、阿拉善盟气象局、满洲里市气象局、二连浩特市气象局。在通辽、巴彦淖尔市气象局设自治区级大气探测技术保障分中心，实行市气象局与自治区大气探测技术保障中心双重领导，以市气象局为主的管理体制。旗（县、市）气象局（台、站）——在图里和、满洲里、博克图、索伦、东乌珠穆沁旗、霍林郭勒市、巴彦诺尔公、额济纳旗、阿拉善右旗、朱日和、二连浩特市、海拉尔、满都拉、乌拉特中旗、呼和浩特、东胜、临河、鄂托克旗、通辽、扎鲁特旗、巴林左旗、锡林浩特、多伦县、赤峰等24个气象局（站）的基础上，组建国家气候观象台。国家气候观象台台长享受副处级干部待遇，其余机构不变。人员情况2006年底，全区气象在职职工3027人。其中干部2768人，工人259人。学历结构：硕研54人，本科730人，大专1226人。职称结构：高级职称166人(正研级8人、副研级158人)，中级职称1195人，初级职称1419人。
经过气象业务技术体制改革后机构进行调整重组。自治区气象局内设机构——将原挂靠在自治区气象局机关的内蒙古气象学会调整挂靠在内蒙古自治区气象科学研究所。办公室、监测网络处、科技减灾处（内蒙古自治区人工影响天气指挥部办公室）、计划财务处、人事教育处、政策法规处、监察审计处（与党组纪检组合署办公）、机关党委办公室（精神文明建设办公室）、离退休干部办公室。直属事业单位——内蒙古自治区气象台（内蒙古自治区气象环境影响评价中心）、内蒙古自治区气候中心（内蒙古自治区生态与农业气象中心、内蒙古自治区气象卫星遥感中心）、内蒙古自治区气象科技服务中心（内蒙古自治区专业气象台、内蒙古自治区气象影视中心）、内蒙古自治区大气探测技术保障中心（内蒙古自治区雷电预警防护中心）、内蒙古自治区气象培训中心、内蒙古自治区气象科学研究所（内蒙古自治区人工影响天气中心）、内蒙古自治区气象信息中心（内蒙古自治区气象档案馆、内蒙古农牧业经济信息中心）、内蒙古自治区气象局机关服务中心（内蒙古自治区气象局国有资产管理中心、内蒙古自治区气象局财务结算中心）。盟（市）气象局——呼和浩特市气象局、包头市气象局、呼伦贝尔市气象局、兴安盟气象局、通辽市气象局、赤峰市气象局、锡林郭勒盟气象局、乌兰察布市气象局、鄂尔多斯市气象局、巴彦淖尔市气象局、乌海市气象局、阿拉善盟气象局、满洲里市气象局、二连浩特市气象局。在通辽、巴彦淖尔市气象局设自治区级大气探测技术保障分中心，实行市气象局与自治区大气探测技术保障中心双重领导，以市气象局为主的管理体制。旗（县、市）气象局（台、站）——在图里和、满洲里、博克图、索伦、东乌珠穆沁旗、霍林郭勒市、巴彦诺尔公、额济纳旗、阿拉善右旗、朱日和、二连浩特市、海拉尔、满都拉、乌拉特中旗、呼和浩特、东胜、临河、鄂托克旗、通辽、扎鲁特旗、巴林左旗、锡林浩特、多伦县、赤峰等24个气象局（站）的基础上，组建国家气候观象台。国家气候观象台台长享受副处级干部待遇，其余机构不变。
