主要有以下几种原因：
1.无学术编辑愿意处理，稿件拒稿
如果学术编辑最近真的很忙，即使这个稿件适合自己处理，也可以拒绝处理。另外，这样的稿件不在自己的熟悉领域内，也可以拒稿处理该稿件。对于一篇学术论文，即使写得最好，如果编辑部联系了好几个学术编辑，都没有人愿意处理，编辑部会认为这篇学术论文不在期刊规定的内容内，并作出拒稿决定。
2.直接被学术编辑拒稿
这个是可以的，而且好的期刊直接拒稿率非常的高。直接拒稿的原因很多。第一条，稿件质量差。对于这样的稿件，要求严一点的编辑会直接拒稿的。第二条，类似的稿件很多。一个学术期刊，不可能只发表一个研究方向的内容。如果同一时间段类似的论文投了很多，编辑很有可能直接拒掉一部分。第三条，论文不符合期刊的范围。对于这样的拒稿，申诉的机会都没有。当然最后应该能够有一个期刊录用的。
3.看外审建议后拒稿
通常情况下，编辑安排外审了，说明编辑对论文的初印象还不错。当外审建议回来之后，学术编辑会根据外审意见重新作出自己的判断。理论上讲，好的学术编辑只会参考审稿人的建议，而不会完全按照审稿人的意见作出最终决定。当然，如果有外审意见都非常差，直接了当拒稿。
然而，如果两个审稿人都要求Major Revision，这个时候就取决于目前向该期刊投稿的稿件数量了。如果稿件数量庞大，学术编辑认为比这篇稿件优秀的稿件太多，也可以作出拒稿的决定。然而，由于审稿人写的“正面评论”会让很多作者不服，也因此，有时候他们会删掉那些积极的评论，而只给作者负面的评论。不是你的论文不好，而是你的论文没有其他人的优秀。对于优秀的期刊，论文都是“优中选优”的。
可以试想，Nature、Science的稿件录用率只有5%左右，然而鼓着勇气向这些期刊投稿的作者基本上都认为自己的结果是非常好的。但是，又有谁抱怨这些期刊要求高呢?
4. 审稿人审稿时不够公正所致拒稿（更多发表经验请点击注册名）
审稿人有时也会犯错误，并非源于专业知识，而是因为有些时候期刊的编辑找的审稿人未必是作者这个领域的专家。即便他们的审稿意见看似不够专业，我们也要礼貌地申辩。如果作者对否定有异议，可以向编辑或主编提出自己的意见。只要自己是正确的就应该坚持，这就是学术本身的意义所在。在回复中要委婉地表达自己的意见。如果编辑同意作者的意见，论文可以重新进入到新的一轮审稿程度。
退稿和拒稿不一样。论文退稿一般发生在审稿过程中,还可以修改再投。而拒稿只能选择其他期刊再投。
退稿是指编辑在审稿过程中发现不妥，将稿件退还给作者，比如论文质量不达标、论文格式出问题、论文研究方向与期刊不符合、没有缴纳版面费等。退稿的态度一般都比较温和，所谓欲拒还迎，退稿还有再投中的机会，还想发表这个期刊，可以修改修改再投。
拒稿态度就比较坚决，稿件还未经过初审，就被拒稿，那么问题就比较大了，编辑非常坚决的不要这个稿件，那么修改意义不大，一般都是直接改投他刊。拒稿的理由一般有稿件质量差，类似的稿件很多，论文不符合期刊的范围，一稿多投，缺乏原创性、创新性或重要性等等。如果你的稿件被拒稿，那么跟这本期刊基本无缘，不要再浪费感情了。
由于退稿还有希望再中，那么我们来分析下退稿的原因，这样我们在写论文时可以避免。退稿的原因分为技术型退稿和学术型退稿。技术型退稿主要包括：主题敏感、方向不符、范式不规范、字数不足。学术型退稿主要包括：选题过大、选题滞后、表述不规范。
那就是论文跟期刊的风格、收稿范围、办刊遵旨不符合呀。你可以发别的期刊，或者是按照期刊风格重写一篇投此刊。
1.未审退回：这个情况发生在编辑认为论文不符合期刊范畴或投稿要求，于是在未送交外审的情形下退回稿件。有另一种可能是论文里的语言错误太多，索性期刊编辑在退回的时候会说明原因，作者有机会在重投或改投前改善语言。
2.建议改投其他期刊：当期刊编辑认为论文不适合原投稿期刊时，有可能建议改投别家期刊，如果是同一个出版商旗下的期刊，待作者同意后，投稿移转会在期刊内部进行，作者不需要另外操作，但如果是建议不同出版社的期刊，那么就完全是看作者本身愿不愿意改投其他期刊。
3.送交同行评审：在初步审查中编辑会确认论文是否符合期刊范畴、遵守期刊投稿各项要求，一旦检查没有问题，编辑便会送交同行评审，一般都会邀请2到3位审稿人进行审稿。
论文在经过同行评审后，同行评审员会提出决策建议还有相关意见，编辑会根据这些意见做出最后决定，如同先前已经提过的，虽然同行评审意见很重要，但对期刊编辑来说仍然是参考作用，即使审稿人提出负面意见，如果编辑认为论文可信，还是可以接受论文，又或者，审稿人提出正面反馈，编辑也可能认为论文不值得发表而拒绝。
4.小修后接受：这个决定也称作有条件接受，表示论文需要进行一些细微的修改后就能被期刊接受，小修后接受的论文可能不需要再次经历审稿，一般期刊编辑会自己检查后做出裁决，不过，作者还是要记得“小修后发表”不保证一定会接受，还是要让编辑对你的修改满意才行。
5.大修后接受：当编辑认为论文需要大幅度的修改就会做出这个决定，作者在返还修改稿的时候需要附上给审稿意见的逐点回复，修稿后的论文也可能再送外审，通常会交给第一轮的审稿人，但，当然，编辑也有权选择不同的审稿人，第二轮的审稿，有些期刊称作“再审稿”，结果如何是根据作者针对评审和编辑意见进行的修改还有回复来决定，如果作者没有完整回复所有的意见，那就有可能再有修改，甚至有可能会拒稿。
6.修改后重投：有时候编辑拒稿，但是愿意在作者进行修改的前提下接受重新投稿，这时候重投算是新的投稿，如果作者接受的话，必须先根据评审和编辑意见修改论文，然后在再投稿的时候附上含有前次投稿稿件编号以及修改说明的信函，编辑在检查修改后的论文还有相关信息之后，决定是否要将论文送交同行评审。
7.拒稿：直接拒绝，大部分的情况下，就算论文进行大幅度的修改，期刊编辑也不会考虑发表论文。
