《首都医科大学学报》已被美国《化学文摘》（CA）、俄罗斯《文摘杂志》（PЖ）、北京大学图书馆《中文核心期刊要目总览》（第5版）、科技部《中国科技论文统计与分析》、中国生物医学文献光盘数据库、中文生物医学期刊文献数据库（CMCC）、中国医学文摘（基础医学、内科学、外科学、计划生育和妇产科学、儿科学、皮肤科学、口腔学、耳鼻咽喉科学、眼科学、肿瘤学、卫生学、检验与临床等12个分册）、中国药学文摘、中国学术期刊（光盘版）和万方数据系统科技期刊群引为源期刊。
该刊被美国《化学文摘》（CA）收录、利用，化学文摘服务社给予CODEN码为AIHPD5。 为中国科技论文统计源期刊即中国科技核心期刊，被中国医学文摘（基础医学、外科学、内科学、儿科学、皮肤科学、肿瘤学、放射诊断、眼科学、耳鼻咽喉科学、口腔医学、检验与临床、护理学、中医、老年学等）、中国药学文摘（CPA）、中国生物学文摘、中文科技资料目录、CSTA、CD-CMCC、Abstracts of Chinese Medicine、中国学术期刊光盘版、中文科技期刊数据库、万方数据库、中国生物医学光盘数据库等20多种国内外检索期刊和数据收录。
《天津中医药大学学报》被美国《化学文摘》（CA）源期刊、俄罗斯《文摘杂志》（AJ）源期刊、波兰《哥白尼索引》（IC）源期刊、中国学术期刊综合评价数据库统计源期刊（光盘版）等多家国内外知名检索系统及数据库收录。
