中华医学会杂志社是以编辑出版中华医学会主办的各类医学期刊为主要任务的全国性医学期刊出版机构，也是中华医学会对其所主办的各类医学期刊实施管理的重要业务部门。截至2012年5月，中华医学会主办的医学期刊已达126种，形成了国内外医药卫生界数量最多、影响最大、权威性最强的医学期刊系列。中华医学会杂志社也成为目前国内最大且最具影响力的医学专业杂志社。
1、《中华内科杂志》：为中国科学技术协会主管、中华医学会主办的内科领域学术期刊，创刊于1953年，前身为1949年10月创办的《内科学报》。截至2015年4月，《中华内科杂志》第十届编辑委员会有顾问7人、编辑委员147人、特约编委3人。
2、《中华外科杂志》：是中国科学技术协会主管、中华医学会主办并直接出版的外科综合性高级学术期刊。据2018年10月《中华外科杂志》官网显示，《中华外科杂志》第十三届编辑委员会拥有顾问11人，编委123人，通讯编委106人。
3、《中国康复理论与实践》：是由中国残疾人康复协会、中国医师协会和中国康复研究中心主办的国家级学术期刊，为国家科技部中国科技论文统计源期刊、中国科技核心期刊、《中文核心期刊要目总览》入编期刊，创刊于1995年12月，国内外公开发行。
4、《中华心血管病杂志》：创刊于1973年2月，中华医学会主办的系列医学专业学术期刊中的一种。目前为月刊。设有述评、对策研究、临床研究、基础研究、流行病学与人群防治、综述、继续教育园地等栏目。
5、《中国实用外科杂志》创刊于1981年，是由中华人民共和国国家卫生健康委员会主管、中国医师协会和中国实用医学杂志社联合主办的医药卫生科技刊物。
据2019年7月《中国实用外科杂志》编辑部官网显示，《中国实用外科杂志》第八届编委会顾问有28人、资深编委有34人、编委有177人、特邀编委有48人。
