我希望，本世纪的华人能创造一个“中国梦”：全体华人，不分地域、国籍，集体努力建设一个群体幸福的中国，以中国的实践为世界提供新的模式。在这个前提下，我希望有更多的人回国：失去的是以个人成功为标准的“美国梦”，获得的是以个人与群体共同幸福为自豪的“中国梦”。在这个前提下，我也希望归国者和国内的人成为同志：摒弃以关系为导向的旧习性，建立以事业为导向的新文化，携手并肩共同探索新道路。如果大家携手并肩，有可能以中国为基点推动人类进步 。 2007年，时年45岁的饶毅从美国西北大学归国，他曾任该校讲席教授、神经科学研究所副所长。结构生物学家施一公在2008年回国时年届不惑，已是美国普林斯顿大学讲席教授，并获得了霍华德休斯医学研究所授予的1000万美元研究经费。两人的回国在当时都引起了不小的反响，并被认为是中国科技界吸引力增强的标志之一。饶毅在全职回国前，就多次对中国的教育科技问题提出直言不讳的批评，在国内形成了一定的影响力。在施一公回国后，两人开始联合发表文章，直陈中国教育科技领域中存在的问题，并提出了诸多建议。在2013年1月6日的一篇发表于《科学网》的博客第1章中，饶毅就谈到了科研经费管理问题，并失望地表示，“经费分配这个问题，可以说近年丝毫没有解决”。他说，他和鲁白、邹承鲁发表于2004年的文章，没有过时。“不走后门正常申请经费，会屡遭闷棍。而搞拉帮结派得到后台支持的、科学记录并不很好的人，却不难得到支持。1921年8月的问题不是好科学家没有经费，而是差的科研人员，如果会拉关系，也能得到很多经费。所以他们在社论中写道：“无须陈述科学研究和经费管理中的伦理规章，因为绝大多数中国研究界的权势人物都在工业化国家接受过教育。”“这种潜规则文化甚至渗透到那些刚从海外回国学者的意识中：他们很快适应局部环境，并传承和发扬不健康的文化。”所以，在饶毅看来，如果2013年7月状况没有改变，越来越多的留学生回国后会努力争取改善我国科技体制的猜想是不成立的。 2008年，他和施一公在发表于《光明日报》的《靠什么创建世界一流大学》一文中，为中国高等教育体制谏言，提出“建设世界一流大学，必须依靠国际标准，而不是国内标准。” 2010年9月，美国《科学》杂志邀请清华大学生命科学院院长施一公和北京大学生命科学院院长饶毅在《科学》杂志发表《中国的科研文化》一文，讨论目前中国科研基金分配体制及科研文化问题。他们认为，尽管近年来中国研究经费持续以20%的比例增长，但这种增长没有对中国的科学和研究起到应有的强大的促进作用，现行的科研基金分配体制甚至在某种程度上阻碍了中国创新能力的发展 。 饶毅教授2012年11月27日在科学网博客上撰文，题目为：《推测：李开复没有做过助理教授》，因与方舟子打假李开复事件有关，截至2012年11月29日00时，点击量32075次，推荐人数77人，评论409个，作为上次表示不竞选院士事件后，第二个颇受广大网友热议的博文。文中认为李开复为自圆其说，公布的恩师证实邮件缺乏公信力，且assistant professor被李开复翻译为中文的副教授，其用意有用一个谎言去掩盖另外一个谎言之嫌。同时有评论认为方舟子与饶毅一丘之貉，也有人认为李开复没有必要不承认小错误，而要去刻意掩饰。有人认为饶毅一语中的，分析透彻有力，逻辑正确，也有分别大量恶意或相互攻击饶毅和李开复的言论，由此看来，李开复事件势必可能风雨再起，当然事件有个圆满交待最好。
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