一、主体不同
1、万方期刊：是由万方数据公司开发的，涵盖期刊、会议纪要、论文、学术成果、学术会议论文的大型网络数据库。
2、中国知网：是国家知识基础设施的概念，由世界银行于1998年提出。
3、重庆维普期刊：是一系列的学术期刊杂志，均是经国家新闻出版广电总局批准，由科技部西南信息中心主管，重庆维普资讯有限公司主办的国家级电子学术期刊。
二、内容不同
1、万方期刊：集纳了理、工、农、医、人文五大类70多个类目共7600种科技类期刊全文。
2、中国知网：实现全社会知识资源传播共享与增值利用为目标的信息化建设项目。由清华大学、清华同方发起，始建于1999年6月。
3、重庆维普期刊：是为了推动中国学术产业健康发展，响应国家新闻出版总署关于学术期刊要向集团化、产业化、电子化方向发展，进一步净化学术空气，浓厚学术氛围，而搭建的广大学术工作者有效的学术交流平台。
三、特点不同
1、万方期刊：国内唯一的学术会议文献全文数据库，主要收录1998年以来国家级学会、协会、研究会组织召开的全国性学术会议论文，数据范围覆盖自然科学、工程技术、农林、医学等领域，是了解国内学术动态必不可少的帮手。
2、中国知网：采用自主开发并具有国际领先水平的数字图书馆技术，建成了世界上全文信息量规模最大的"CNKI数字图书馆"，并正式启动建设《中国知识资源总库》及CNKI网格资源共享平台。
3、重庆维普期刊：分教育、医药、经济、商业、科研、农业、工业等9本期刊，维普网全文收录，月刊，国家级刊物。
参考资料来源：百度百科-万方数据库
参考资料来源：百度百科-中国知网
参考资料来源：百度百科-维普学术期刊
中国知网，万方，维普区别在于数据库、收录年限、数据处理效率的不同。具体如下：
1、数据库内容不同：
知网从1994年起，收录了6000多种期刊，其中有5400多种是全文期刊，约664万篇全文。以收录核心期刊和专业期刊为主，共9大系列126个专题。
维普1989年至1999年收录期刊达7000余种，2000年以来达到12000余种，几乎涵盖全部国内中文出版物。内容以自然科学和工程技术为主。
万方1998年以来共收录期刊2700余种，约30余万篇全文。学科分为基础科学、人文科学、医药卫生、工业技术。核心期刊比例高。内容以科技信息为主，兼顾人文，适合工科或理工科院校。
2、收录年限不同：
知网：主要为1994年至今，但有3500余种期刊回溯至创刊年。
维普：收录期刊的年限为1989年至今。
万方：收录期刊的年限1998年。
3、数据处理效率不同：
知网：论文类“每日更新”，其他大多数资料每月更新，针对全库更新。
万方：不定期更新，更新量不定。
维普：半月更新。
中国期刊网:最全,包罗万象,内容良莠不齐,用户最多.
万方数据库:最早,数据质量上乘,最贵.
维普数据库:偏重理工科,其他在二者之间.
