有本质的区别，期刊是指正式发行的出版物，论文一般在期刊上发表，但是，也可以不发表。
毕业论文是上万字的论文，而期刊论文只是学术论文，只需要字数在3000左右就行。
格式上都一样。只是内容的详细。
可以偷懒的把毕业论文里的一部分摘出来发期刊论文
一、期刊的含义[1]
期刊，也称杂志，辞海中期刊的定义是:由多位作者撰写的不同题材的作品构成的定期出版物。
期刊主要是从英文"magazine"、"periodical"、"journal"三个词翻译过来，periodical的含义比较广，通常包括报纸(newspaper)与杂志。它们都属于广义的连续出版物(serials)，magzine一词来源于阿拉伯文"makhazin"，原义为仓库。
期刊分类：
国家级期刊、省级期刊、核心期刊、中心核心期刊
I国家级期刊
一般说来，“国家级” 期刊 ，即由党中央、国务院及所属各部门或中国科学院、中国社会科学院、各民主党派和全国性人民团体主办的 期刊 及国家一级专业学会主办的会刊。
II省级期刊
“省级”期刊 ，即由各省、自治区、直辖市及其所属部、委、办、厅、局主办的 期刊 以及由各本、专科院校主办的学报（刊）。
核心期刊:学术界通过一整套科学的方法，对于期刊质量进行跟踪评价，将期刊进行分类定级，把最为重要的一级称之为核心期刊。核心期刊目录索引长用的主要有以下两种：
期刊科目分类：
社会科学、哲学、经济学、法学、教育学、文学、历史学、自然科学、理学、工学、农学、医学等。
论文就是用来进行科学研究和描述科研成果的文章，简称之为论文。它既是探讨问题进行科学研究的一种手段，又是描述科研成果进行学术交流的一种工具。它包括学年论文、毕业论文、学位论文、科技论文、成果论文等，总称为论文。
一种综合型的分类方法，即把论文分为专题型、论辩型、综述型和综合型四大类：
1．专题型论文。这是分析前人研究成果的基础上，以直接论述的形式发表见解，从正面提出某学科中某一学术问题的一种论文。
2．论辩型论文。这是针对他人在某学科中某一学术问题的见解，凭借充分的论据，着重揭露其不足或错误之处，通过论辩形式来发表见解的一种论文。
3．综述型论文。这是在归纳、总结前人或今人对某学科中某一学术问题已有研究成果的基础上，加以介绍或评论，从而发表自己见解的一种论文。
4．综合型论文。这是一种将综述型和论辩型两种形式有机结合起来写成的一种论文。
