新老事物容易出现冲撞，《青年杂志》因和老刊物“撞名”，《青年杂志》的出版商群益书局收到上海基督青年会的来信，说《青年杂志》和他们办的杂志刊名雷同，要求《青年杂志》更名。
在出版一卷、总计6本刊物后，1916年9月1日，《青年杂志》改名《新青年》出版，成为其时反封建和呼吁民主革命的中心刊物。
陈独秀在改刊后的第一期上发表《新青年》一文，提出时代青年的新标准是：生理上身体强壮；心理上是“斩尽涤绝做官发财思想”，“内图个性之发展，外图贡献于其群”；“以自力创造幸福”，“不以个人幸福损害国家社会”。
1916年12月26日，黎元洪签署“中华民国五年十二月二十六日简字第七百九十二号令”，任命蔡元培为北京大学校长。受命当天上午，蔡元培便到前门外西河沿的中西旅馆拜访来京出差的陈独秀，力邀他出任文科学长。
移居北京，陈独秀为《新青年》寻找到了新阵地，《新青年》迎来了李大钊、鲁迅、胡适等重要作者加盟。从此，陈独秀不再是上海弄堂里的个人办刊，“独人杂志”成为同人杂志。
1915年9月15日，《青年杂志》创刊。这本期刊拉开了新文化运动的序幕，直接影响到陈独秀一生的命运，也强烈而深刻地影响到近代中国的格局。
当时的上海有另一本杂志叫做《上海青年》。这个杂志认为这两本青年期刊容易混淆，要求后者尽快改名。于是陈独秀接受出版发行机构群益书社经理陈子寿的建议，改名《新青年》，并于1916年9月1日复刊，仍然承接《青年杂志》，出版第2卷第1号。
陈独秀本来承受资金压力和社会压力，这次易名复刊可谓排除万难，但是陈独秀能言善道，在《新青年》的第2卷第1号的通告中巧妙解释说：“本志自出版以来，颇蒙国人称许。第一卷六册已经完竣。自第二卷起，欲益加策励。勉副读者诸君属望，因更名为《新青年》。且得当代名流之助，如温宗尧、吴敬恒、张继、马君武、胡适、苏曼殊。诸君允许关于青年文字皆由本志发表。嗣后内容，当较前尤有精彩。此不独本志之私幸，亦读者诸君文字之缘也。”这个解释反而提高了《新青年》的声望。被迫改名变成了众望所归。
1916年3月初，群益书社收到上海基督教青年会《上海青年》（周报）的来函，声称《青年杂志》的名字雷同，要求改名，免犯冒名的错误。陈子寿与陈独秀商量，拟将杂志名改为《新青年》。陈独秀虽十分郁闷，但群益书社毕竟是投资人，也不好太过反对，只得勉强屈从。《青年杂志》于是改名为《新青年》。
