碳酸盐岩的主要矿物成分是碳酸钙(含量在75%以上，甚至可达95%)，且其中一般也含有数量不等的有机质。由于碳酸钙和有机质的抗热、压力和酸(深部流体中)等能力均很差。所以，岩浆(及深部流体)对碳酸盐岩储集性的改造作用非常显著，且比较复杂。其作用类型包括破碎作用、气化作用、溶蚀作用和交代作用等，并以前三种为主，形成的次生储集空间包括裂缝、气孔、晶间孔等各种次生空隙。
首先，岩浆的挤压作用使碳酸盐岩发生脆性破裂，产生大量的拉张裂缝;其次，岩浆的高温作用使其中的碳酸钙和有机质热分解或气化，生成二氧化碳和烃，并产生大量孔洞;再者，岩浆流体中的酸性组分能够对碳酸钙起显著的溶蚀作用，产生大量溶孔。
野外和岩心观察发现，侵入岩周围碳酸盐岩发育大量的裂缝、溶孔、气孔等多种次生孔隙，储集性非常优越，而且油气(包括无机二氧化碳气)往往非常发育。如沾化凹陷孤西断裂带的渤深6-5井的奥陶系储层。该层段有三个储集空间发育段:解释储层80.5m/13层，其中侵入岩储层26m/5层(占总储层32%)。该井侵入岩厚度占总地层的23%，侵入岩储地比33%，总储地比23.2%(图5-9)。从渤深6-5井储层分布上看，储层主要发育与侵入岩及其附近，其根源是侵入岩及其流体使碳酸盐岩机械破碎、高温气化以及化学溶蚀综合作用的结果。
综上所述，岩浆及深部流体使围岩发生复杂的物理和化学反应，显著提高了围岩的储集性。由于围岩在成分、结构、构造等方面存在差异，以至于岩浆及深部流体对其改造作用差别很大，其中对碳酸盐岩、富含有机质泥岩和煤岩的改造作用相对较大。
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