文献管理软件的便利之处在于：
1.可以直接联网到不同的数据库进行检索，免去登录不同数据库的劳累之苦，提高效率；
2.可以非常方便地管理文献信息，包括文摘、全文、笔记、以及其它的附件材料等等；检索功能方便查找到需要的文献；多数软件还具备一定的分析功能；
3.文末参考文献格式的编辑，轻松便捷。
常用的文献管理软件首推EndNote了，但是除了 EndNote还有很多文献管理软件，有的是公开源代码，有的是免费。
一、Endnote
EndNote的功能强大自不必说。强大到何种程度，几乎没有它不能解决的问题，即使某些变态的极其复杂的引文和输出格式，也能轻松应对。
除此之外，EndNote的强大之处还在于其自定义特性，通过自定义EndNote的输出格式，滤件和连接论文件。
但是EndNote也有很多不足，比如分组只支持二级目录，EndNote也不支持标签。相比之下的Zotero这方面就强大的多，可以支持多级分类目录，还可以为文献打标签。
其实这也都不是事儿，最主要的是EndNote是商业软件，对于普通个人用户，太贵了。不过EndNote厚道之处在于没有验证机制，只要有授权文件就能用，而且网上的授权文件一找就能找到。最著名的应该是同济大学的授权文件了，真是造福了不少穷学生。
顺便说一句，以前的Reference Manager和ProCite这两个文献管理软件现在也被EndNote收购了。
EndNote相关资源
EndNote 官网
Output Styles 下载
Import filters 下载
Connection files 下载
Writing templates 下载
EndNote 中文帮助
二、Mendeley
Mendeley功能非常强大，总起来说Mendeley有以下特点。
1.免费，这个比较重要。
2.支持多平台。迄今Mendeley有网页版，Windows版，Mac版，Linux版，甚至还有iPhone，iPad，iPod版。
3.支持Microsoft Word, LibreOffice, and LaTeX等软件。
4.支持PDF标记。可以直接在PDF文档中做相应的标记和注释，这样文章重点部分就可以重点突出了，下次再看时就知道重点和难点了。
5.支持从其它参考文献管理软件导入文献，现在支持EndNote, Papers 和 Zotero。
6.可以组织管理文献，通过文件夹的形式把文献分类，管理起来文献简单明了。
7.可以和同事们分享文献，甚至注释和标记也可以分享。这样大家协作起来更方便。
8.支持网络备份，而且多个平台之间支持同步。
9.支持PDF文件导入并自动提取文章信息，支持自动导入特定文件夹内的文献
10.强大的搜索功能，可以搜索PDF全文。
11.强大的社区功能。这才是Mendeley的精髓所在。现在新兴的文献评价标准Altmetric参考因素之一就包括Mendeley的社区功能，如利用Plum Metrics评价系统了解论文的关注度分享情况。
ResearchGate科研人员自己的FaceBook其中一项指标也包括Mendeley的社区。
Mendeley 相关资源
Mendeley 官网
Mendeley for Windows
Mendeley for Mac OS X 10.6+
Mendeley Desktop for Linux
Mendeley for iPhone, iPod Touch and iPad
三、Zotero
Zotero是一个开放源代码的文献管理软件。Zotero特色之处是可以作为浏览器插件进行使用。本地的Zotero的文献数据库还可以免费上传到Zotero的网络服务器上，并且不受空间大小限制。但是本地的Zotero的附件，在网络服务器上有大小限制，Zotero的网络服务器仅为每用户提供300M免费存储容量。
2008年, 汤森路透起诉 Zotero 侵犯了EndNote的最终用户许可协议 (EULA)，逆向工程了EndNote，提供了Zotero把EndNote私有的 .ens风格转换为Citation Style Language风格。
Zotero相比于EndNote，免费不用说，最大的特色是无限级的目录分类，一个目录下可以分为多个子目录。这样管理起来文献就方便多了，而EndNote只支持二级目录。
Zotero还支持文献的标签功能。为每个文献自动打上标签，当然用户也可以自定义标签，这又增加了文献管理功能。
不过Zotero的插入引文和参考文献相比于EndNote来就弱了许多，支持的输出格式也相对有效，只是支持几个大类的输出格式，并没有具体的杂志格式。可能我的理解有错误，但是至少现在我还没找到修改或者添加引文格式的方法。
Zotero相关资源
Zotero官网
Zotero for Windows
Zotero for Chrome
Zotero for Firefox
Zotero for Safari
四、JabRef
JabRef是一个开放源代码、处理BibTeX格式的文献管理软件，提供了简易操作的界面来编辑BibTeX档案。 功能包含从网络上的科学数据库汇入资料，以及整理和搜寻BibTeX档案等。
JabRef的发布遵循GNU通用公共授权条款。软件则是用Java作编程，可以使用于各种操作系统，如Windows、Linux、Mac OS X。
JabRef最初的版本发布于2003年11月29日。其名称JabRef代表着Java、Alver、Batada、Reference。其中Alver 和Batada分别为Morten O. Alver 和 Nizar Batada，两位最初的开发者。
JabRef 相关资源
JabRef官网
JabRef最新稳定版下载
五、NoteExpress
NoteExpress是一个国产文献管理软件，据说对中文文献和中文数据库的支持比EndNote好。在国内也有不少用户，不过这个软件是商业软件，学生版198，永久版需要 698 元。
NoteExpress相关资源
NoteExpress官网
NoteExpress购买
文献管理软件是可以管理论文的，还可以添加笔记很方便，就是你在备注的时候需要手动填写几项。尤其notefirst还可以管理自己下载的电子书，我们同学都试过。
