截至2016年3月，学校承担各级各类科研项目1700多项，全校年科技经费5亿多元。获国家自然科学基金项目数连年位居省属高校前列。共有300多项科研成果获省部级以上奖励，取得了一批高水平的科研成果。其中，由中科院与该校共同完成的“转基因山羊体细胞克隆山羊”成果被评为1999年中国基础研究十大新闻之首，由该校参与完成的“水稻第四号染色体精确测序”工作被评为2002年中国十大科技进展头条新闻，8项成果荣获国家科技进步二等奖。科技开发与成果推广成绩同样喜人，学校的“农科教结合”工作已形成了以苏北基地为中心，辐射苏中、苏南的格局，在服务“三农”方面走出了一条成功之路。2002-2013年期间，学校共有4篇论文被评为全国优秀博士学位论文，6篇论文获全国优秀博士学位论文提名论文。 2013年，在ESI评价的22个学科中，学校共被ESI收录论文3672篇，被引23142次，篇均被引频次为6.3，在全球排名前1%的5039个研究机构中，总被引次数位居第1664位。学校的“江苏省动物重要疫病与人兽共患病防控协同创新中心”于2013年被评定为首批江苏省高校协同创新中心。 学术期刊 扬州大学学报编辑部是在原江苏农学院、扬州师范学院、扬州工学院、江苏商业专科学校等高校学报编辑部的基础上，于1997年扬州大学合并办学5周年之际成立。1997年创刊《扬州大学学报·人文社会科学版》（双月刊）、《扬州大学学报·高教研究版》（季刊），2004年改为双月刊；1998年创刊《扬州大学学报·自然科学版》（季刊）；1999年将《江苏农学院学报》更名为《江苏农业研究》；2002年将《江苏农业研究》更名为《扬州大学学报·农业与生命科学版》（季刊）。《扬州大学学报（人文社会科学版）》该刊为综合性人文社会科学学术刊物。该刊有“中国特色社会主义理论研究”、“苏中地区经济社会发展研究”、“中国儒商研究”、“扬州文化研究”、“女性文学多棱镜”、“审美新视角”等特色栏目。该刊为全国中文核心期刊、中国核心学术期刊、中国人文社会科学核心期刊、中国人文社科学报核心期刊、中国期刊方阵、双效期刊、全国百强社科学报、华东地区优秀期刊。 《扬州大学学报（高教研究版）》该刊为综合性高等教育研究刊物，坚持理论联系实际研究和探索高等教育改革与发展的各类问题，既发表高等教育改革与发展的理论性研究论文，也刊登具有普遍指导意义的高校教育教学改革的实践经验，内容覆盖了高等教育的方方面面。该刊被《高校文科学术文摘》、中国人大复印资料中心、《教育文摘周报》、《新华文摘》等都不同程度地转载、摘引该刊所发论文。该刊为中国核心学术期刊、江苏省期刊方阵优秀期刊、第二届全国优秀社科学报。 《扬州大学学报（自然科学版）》该刊是自然科学综合性学术刊物。主要刊登数理科学和化学、工业技术、环境科学等门类的学术论文。该刊为全国中文核心期刊、中国期刊方阵双效期刊、中国科技核心期刊。该刊被美国《数学评论》（MR）、俄罗斯《文摘杂志》（РЖ）、德国 《数学文摘》（ZBL）、美国《化学文摘》（CA）、美国《生物学文摘》、《中国数学文摘》、《中国物理文摘》、《中国无机分析化学文摘》、《中国生物学文摘》、《中国力学文摘》等国内外著名检索期刊收录。并被《中国学术期刊综合评价数据库》、《中国期刊网全文数据库》、《中国科技论文统计源期刊》、《全国报刊索引（自然科学技术版）》、《万方数据库》、《中国学术期刊（光盘版）》、《华艺数位艺术股份有限公司》、《中国科技期刊全文数据库（重庆维普）》全文收录。 《扬州大学学报（农业与生命科学版）》（原《江苏农学院学报》、《江苏农业研究》）该刊是综合性农业与生命科学学术期刊。主要刊登农业科学、动物科学、动物医学、生物技术、园艺、植物保护、食品科学、基础医学等学科的学术论文。 该刊被国家科技部中国科技信息研究所、中国科学院、北京大学图书馆分别入选为“中国科技论文统计源期刊即中国科技核心期刊” 、“中国科学核心期刊”、“全国中文核心期刊”。被联合国粮农组织AGRIS、英国CABI、动物学记录（ZR）、美国DIALOG、化学文摘（CA）、波兰哥白尼索引（IC）、国内所有以”中国”名头出版的农业文摘类期刊和部分医学文摘期刊及《中国生物学文摘》等作为一次文献源期刊收录。2002年以来多次获教育部”全国高校优秀科技期刊一等奖”及全国农业优秀期刊（学术类一等奖），蝉联”江苏省双十佳期刊”。 图书馆藏 截至2014年9月，全校拥有文献402万余册；年订购中文报刊3376种，原版外文期刊548种。馆内藏有《四库全书》、《续修四库全书》、《四库全书目录丛刊》、《近代中国史料丛刊》等大型文献，馆藏中苏北方志较为齐全，文史、农业、烹饪类文献具有特色，敦煌学资料丰富。馆内拥有丰富的电子文献资源，藏有各种电子出版物，包括中国期刊网镜像站、超星数字图书馆、北大方正Apabi数字图书系统、EI、PQDD、IEEE/IEE等国内外大型数据库40种，折合电子文献66.7万册。
扬州大学学报共有4种：
期刊名称：扬州大学学报(农业与生命科学版)，是中文核心期刊+中国科技核心期刊；
期刊名称：扬州大学学报(高教研究版)，非核心期刊，是普通期刊；
期刊名称：扬州大学学报(人文社会科学版)，非核心期刊，是普通期刊；
期刊名称：扬州大学学报(自然科学版)，是中文核心期刊+中国科技核心期刊；
1、主编《古代应用文导读》南京出版社1990年10月出版，获扬州市哲学社会科学优秀成果三等奖。2、主编《歌吹月亮城》安徽文艺出版社1993年6月出版，获扬州市哲学社会科学优秀成果三等奖。3、专著《江苏地域文化源流探析》东南大学出版社2010年12月出版，获扬州市哲学社会科学优秀成果二等奖。4、论文《论曹丕的诗歌创作》发表于《求是学刊》1992年第6期5、论文《论郑板桥的审美观》发表于《扬州大学学报》（社会科学版）1997年第5期6、论文《中国古代的寓言散文》发表于《中国典籍与文化》1998年第2期7、论文《江苏区域文化划分研究综述》发表于《扬州大学学报》（社会科学版）2007年第5期8、论文《关于扬州八怪批判的思考》发表于《东南文化》2009年第4期9、论文《近二十年扬州八怪研究综述》发表于《扬州大学学报》（社会科学版）2009年第6期
1.《审美解放与艺术变迁——兼谈中国艺术史的分期问题》，《艺术学刊》第1集，江苏美术出版社，2009年版。2.《元代艺术与中国艺术》，《艺术百家》2009年第5期。（以上2009年） 1.《艺术定义与艺术史新论》，载《文艺研究》2008年第7期；2.《艺术史三段论：原始、古典和现代》，载《艺术百家》2008年第3期；3．《中西高校专业艺术教育之比较》，载《大连大学学报》2008年第1期；4．《淮海戏简论》，载《文化遗产》2008年第2期；5．《剑溪堂刻本〈书经〉考述》，载《盐城师范学院学报》2008年第2期；6．《20世纪以来明杂剧研究的回顾与点评》，载《扬州大学学报》2008年第4期；7. 《道德和命运的博弈——关汉卿杂剧〈裴度还带〉剖析》，《戏曲艺术》2008年第4期；8.《传奇杂剧化与杂剧昆曲化——再论昆曲杂剧》，载《艺术百家》2008年第3期；9．《妙词通戏语，艳曲警芳心——论古代悲怨文学中两种生命的契合》，载《古代文学理论研究》第二十六辑（徐中玉、郭豫适主编），华东师范大学出版社2008年版；10．《从中西艺术教育比较角度看国内二级学科艺术学的学科建设问题》，载《中华艺术论丛》第7辑，第146-155页，上海辞书出版社2008年版；（以上2008年） 1.《论昆曲杂剧》，载《戏曲研究》第74辑，文化艺术出版社2007年版；2.《明杂剧研究文献三题》，载《古籍整理研究学刊》2007年第5期；3.《元代文化转型与古典文学》，载《文艺研究》2007年第2期；4.《艺术定义与艺术史断想》，载《艺术学》第3卷第3集，学林出版社2007年；5.《关于艺术史模式与艺术史分期的若干问题》，12000字，载《艺术学前沿》（张伟主编），文化艺术出版社2007年版；6.《答新华书目报记者问》，载《东南大学学报》2007年第1期；7.《从剧诗到单折戏——论明杂剧对文学体裁的两个贡献》，载《江苏大学学报》2007年第2期；（以上2007年） 1.《悲怨：中国古代文学之内驱——一个文学史母题的发展历程描述》，载《徐州师大学报（哲社版）》2006年第4期；2．《〈长生殿〉的主题及其他》，载《艺术百家》2006年第5期；3.《程士廉和他的〈小雅四纪〉》，载《扬州大学学报》2006年第4期；4．《南戏传奇化与传奇昆曲化》，载《浙江万里学院学报》2006年第1期；（以上2006年） 1. 《关于当前戏曲研究中的几个问题》，载《戏曲研究》第69辑，文化艺术出版社2005年版；2.《两部独具特色的中国古代世态喜剧——关汉卿杂剧〈救风尘〉、〈望江亭〉剖析》，载《艺术百家》2005年第2期；3．《李开先及其院本创作》，载《文史知识》，2005年第3期；4．《沦落与辉煌：一种艺术的反比效应》，载《东南大学学报（哲学社会科学版）》2005年第1期；5．《悲怨：一个文学史母题》，载《学海》2005年第1期；6．《从宋濂、刘基的早期诗文看其由元入明前后的心态》，载《浙江社会科学》2005年第3期；（以上2005年） 1.《一部以事件为中心的英雄悲剧——关汉卿〈哭存孝〉杂剧剖析》，载《淮海工学院学报（人文社会科学版）》2004年第1期；2.《苍劲雄壮，“豹尾”响亮——关汉卿历史剧〈单刀会·第四折〉赏析》，载《文史知识》，2004年第1期；3.《浪子心性，市井之曲——关汉卿散曲论之三》，载《苏州大学学报（哲学社会科学版）》2004年第1期；4.《关汉卿研究的百年点评和未来展望》，载《南京大学学报（哲学·人文科学·社会科学）》2004年第2期，《新华文摘》2004年第10期转摘，中国人民大学复印报刊资料《中国古代、近代文学研究》2004年第7期转载；5．《生命层级与艺术表现》，载《江海学刊》2004年第4期；（以上2004年） 1.《元曲家生平及心态三题》，载《中州学刊》2003年第2期；2.《徘徊在传统和现实之间——元后期两类曲家生平遭际及其心态描述》，载《词曲研究的新拓展》（周云龙主编），高等教育出版社2003年版；3．《“登楼意，恨无上天梯”——元曲家马致远心态剖析》，载《中华艺术论丛》第1辑，第146-155页，上海辞书出版社2003年版；4．《明初剧场及其演变》，载《艺术百家》2003年第2期；5．《明代北曲剧场兴衰论》，载《社会科学辑刊》2003年第6期；6．《文人剧与南杂剧》，载《东南大学学报（哲学社会科学版）》2003年第1期；7.《明初社会变革及其后果》，载《盐城师院学报（人文社会科学版）》2003年第1期。8．《汪道昆及其杂剧创作》，载《学术界》2003年第6期；9．《也评〈中国昆剧大辞典〉的编纂出版》，载《剧影月报》2003年第4期；10．《童子戏简论》，载《中华戏曲》第29辑，文化艺术出版社，2003年版；11．《说“穷苦之言易好”》，载《古代文学理论研究》第二十一辑（徐中玉、郭豫适主编），华东师范大学出版社2003年版；12．《艺术魅力：真实生命之内充》，载《文艺理论研究》2003年第 1期；13.《辽金元文学与文人境遇》，载《民族文学研究》2003年第 1期；14.《从另一角度看文人境遇与辽金元文学》，载《光明日报》2003年7月30日“文学遗产”栏；15．《人格自尊与文化尊道——刘因心态剖析》，载《徐州师大学报（哲学社会科学版）》2003年第4期；（以上2003年） 1.《试析〈谢天香〉、〈金线池〉的幽默喜剧本质》，载《东南大学学报（哲学社会科学版）》2002年第3期；2.《“家乐”——明代戏曲特有的演出场所》，载《戏剧》2002年第2期；3．《沈璟及其昆曲杂剧》，载《东南大学学报（哲学社会科学版）》2002年第1期；4．《孟称舜的编剧理论及美学思想之我见》，载《古代文学理论研究》第二十辑（徐中玉、郭豫适主编），华东师范大学出版社2002年版；5．《生命：悲怨文学的活力之源》，载《文史哲》2002年第4期；6．《儒学伦理道德与中国悲怨文学》，载《徐州师大学报（哲学社会科学版）》2002年第1期；《新华文摘》2002年第6期转摘；中国人民大学复印报刊资料《伦理学》2002年第11期转载；（以上2002年） 1．《〈西厢记〉“王作关续”说辨析》，载《艺术百家》2001年第4期；2．《白朴心态历程剖析》，载《淮阴师范学院学报（哲学社会科学版）》2001年第2期；3．《杂剧史上所谓“明初十六子”辨析》，《剧影月报》2001年第3期；4．《试论杂剧史上的所谓“明初十六子”》，《古籍整理研究学刊》2001年第4期；5．《与道共进退——许衡及其心态》，载《南通师院学报（哲学社会科学版）》2001年第1期；6．《丛知恩图报到自悔自责——试析赵孟頫的心态历程》，载《江海学刊》2001年第3期；(以上2001年) 1.《本色鲜明，剧家之曲——关汉卿散曲论之二》，载《漳州师院学报》2000年第1期；2．《万种离愁，无限情思——〈西厢记·长亭送别〉赏析》，载《剧影月报》2000年第1期；3．《从情系人生到兴亡空幻——白朴心态历程剖析》，载《霍松林先生80寿辰纪念文集》第1145-1163页，陕西人民出版社2000年版；4．《明代文人剧及其表现特色》，载《南京师大学报（社会科学版）》2000年第1期；5．《试论明代文人剧的内容特点和表现手法》，载《艺术百家》2000年第1期，中国人民大学复印报刊资料《戏剧、戏曲研究》2000年第8期转载；6．《明杂剧〈月下老定世间配偶〉考述》，载《中国文化报》2000年9月14日《古典戏曲论坛》；7．《世纪之交江苏省古典戏曲研究的回顾与展望》，载《东南大学学报（哲学社会科学版）》2000年第1期；8．《江苏省古典戏曲研究管窥》，载《剧影月报》2000年第5期；9．《再论元诗分期标准及有关问题——兼答门岿先生》，载《淮阴师院学报（哲学社会科学版）》2000年第3期，中国人民大学复印报刊资料《中国古代近代文学研究》2000年第8期转载；10．《李汝珍年谱》，载《文献》2000年第1期；(以上2000年) 1.《关汉卿生卒年辩正》，载《山西大学师范学院学报》1999年第4期；2．《杨讷〈西游记〉杂剧简说》，载《古典文学知识》1999年第4期；3．《明杂剧社会背景探源》，载《东南大学学报（社会科学版）》1999年第1期；4．《略论明杂剧的历史价值》，载《艺术百家》1999年第2期，中国人民大学复印报刊资料《戏剧、戏曲研究》1999年第8期转载；5.《晚明稀见杂剧钩沉(1-5)》，载《江海学刊》1998年第4期至1999年第2期；6．《晚明杂剧六题》，载《古籍整理研究学刊》1999年第2期；7．《叶小纨和她的〈鸳鸯梦〉杂剧》，载《中国文化报》1999年12月26日《古典戏曲论坛》；8．《思想解放与文学变迁——兼论中国文学史的分期问题》，载《江海学刊》1999年第9期，中国人民大学复印报刊资料《中国古代、近代文学研究》1999年第7期转载；9．《评〈李师师外传〉兼及宋人传奇》（与孙巧琳合作），载《南京理工大学学报（社会科学版）》1999年第6期；10．《元代诗歌的分期及其评价问题》，载《淮阴师院学报（哲学社会科学版）》1999年第3期，中国人民大学复印报刊资料《中国古代、近代文学研究》1999年第8期转载；11．《〈西游记〉艺术层次论》，载《明清小说研究》1999年第1期；（以上1999年） 1.《“关、白、马、郑”与元曲四大家》，载《漳州师院学报》1998年第1期；2.《关汉卿身份续考》，载《戏曲研究》第54辑，文化艺术出版社1998年版；3．《〈李逵负荆〉简说》，载《古典文学知识》1998年第4期；4．《明代文人剧在戏剧和文学史上的地位》，载《艺术百家》1998年第1期，中国人民大学复印报刊资料《中国古代、近代文学研究》1998年第7期转载；5．《一曲以情反礼的青春颂歌——〈牡丹亭·闺塾〉赏析》，载《剧影月报》1998年第5期；6．《从先驱者到孤独者：耶律楚材心态剖析》，载《南京师大学报（社会科学版）》1998年第3期，中国人民大学复印报刊资料《中国古代、近代文学研究》1998年第10期转载；（以上1998年） 1.《谈元曲兼及“一代之文学”问题》，载《江海学刊》1997年第1期；2.《本色与当行——兼谈元曲本色派问题》，载《剧影月报》1997年第2期；3.《关汉卿身份考述》，载《南京师大学报（社会科学版）》1997年第2期，中国人民大学复印报刊资料《中国古代、近代文学研究》1997年第8期转载；4.《关汉卿北方时期作品考论》，载《文献》1997年第1期；5.《关汉卿行迹推考》，载《晋阳学刊》1996年第5期，中国人民大学复印报刊资料《中国古代、近代文学研究》1997年第2期转载；6.《关汉卿籍贯考述》，载《晋阳学刊》1997年第4期；7.《双赴梦：一部复仇型抒情悲剧》，载《艺术百家》1997年第1期；8．《西厢记：一部悲喜剧》，载《美学艺术学研究》（汝信、张道一主编）第2辑，江苏美术出版社1997年版；9．《元代社会变革与中国古典文学》，载《东南大学社会科学论丛》（刘道镛主编，徐子方副主编）第2集，东南大学出版社1997年版；10．《悲剧之生命，生命之悲剧：〈三国〉、〈水浒〉作家作品比较论》，载《明情小说研究》1997年第2期；（以上1997年） 1.《两部令人心酸的感伤喜剧——试析关汉卿杂剧〈调风月〉、〈拜月亭〉》，载《艺术百家》1996年第2期；2.《情韵深深，诗家之曲：析关汉卿散曲的传统风格》，载《漳州师院学报》1996年第2期；3．《错落有致，简而传神——说〈长生殿·惊变〉》，载《剧影月报》1996年第5期；4．《〈西游记〉艺术手法综论》，载《东南大学社会科学论丛》（刘道镛主编，徐子方副主编）1996年第1集；（以上1996年）1.《戏曲学——中国戏剧学论纲》，载《艺术学研究》（张道一主编）第1集，江苏美术出版社1995年版；2.《关汉卿研究》，载《文献》1994年第4期，中国人民大学复印报刊资料《戏剧、戏曲研究》1995年第2期转载；3．《从关汉卿现存作品看〈西厢记〉杂剧作者问题》，载《江海学刊》1995年第5期，《新华文摘》同年第11期转摘；(以上1995年)1995-19871.《关汉卿考异》，载《河北师院学报（社会科学版）》1994年第3期，中国人民大学复印报刊资料《中国古代、近代文学研究》同年第10期转载；2．《明前期宫廷北杂剧略论》，载《河北师大学报（社会科学版）》1994年第2期，《高校文科学报文摘》同年第4期转摘；3．《关于洪升生平思想的两大问题》，载《东南文化》1994年第4期；（以上1994年）1.《戏曲小说与中外文化》，载《陕西师大学报（哲学社会科学版）》1993年第1期，同年第4期《高校文科学报文摘》转摘；2．《重写文学史的大胆尝试——评〈文化建构文学史纲〉》，载《中国图书评论》1993年第5期；3．《新编全唐五代文整理札记》，载《古籍整理研究学刊》1993年第3期；（以上1993年）1．《作家的经历体验与作品的悲剧意蕴：〈三国〉、〈水浒〉比较研究初探》，载《淮海工学院学报》1991年第1期；（以上1991年）1.《关汉卿在世界戏剧和文学史上的地位》，载《河北学刊》1990年第3期，中国人民大学复印报刊资料《中国古代、近代文学研究》同年第9期转载，《高校文科学报文摘》同年第10期，《中国语言文学资料信息》同年第5期转摘；2.《“初为杂剧之始”符合历史真实——关汉卿行年史料辨析》，载《江海学刊》1990年第5期，《高校社科情报》1991年第3期转摘；（以上1990年）1．《明代南杂剧略论》，载《陕西师大学报（哲学社会科学版）》1989年第3期，中国人民大学复印报刊资料《中国古代、近代文学研究》1989年第12期转载，《高校文科学报文摘》1990年第1期转摘；（以上1989年）1．《试论杂剧入明后的两次重大转变》，载《江海学刊》，1988年第5期；（以上1988年）1.《中国戏曲晚熟之非经济因素剖析》，载《陕西师大学报（哲学社会科学版）》1987年第1期，同年第4期《高校文科学报文摘》、同年第7期《文史知识》“文史信息”均予转摘；（以上1987年）
