1964年7月28日，学校决定筹办《中国科学技术大学学报》，并对外公开发行，每半年出版一期，全年两期。同年8月27日，获中央宣传部批准出版。12月11日，郭沫若校长亲自为《中国科学技术大学学报》题写刊名，并撰写长篇发刊词，寄语学报能保持“三严”（严密、严格、严肃）态度、培养“三敢”（敢想、敢说、敢做）独创精神。1965年2月，郭沫若、华罗庚、严济慈和钱志道等一大批老科学家于北京亲手创办《中国科学技术大学学报》。学校组成了以华罗庚为主编、严济慈和钱志道为副主编以及吴文俊、赵九章、钱临照、郭永怀等45人为编委的高水平编辑委员会。头两卷发表的论文水平都相当高，基本上反映了当时科大的科研成果，华罗庚在前两卷每卷都发表了重要学术论文。1967年，学报受“文化大革命”影响而停刊。1973年科大迁址合肥，学报复刊。此后，学报虽不时受到干扰，有时一年仅出版一期，但从未间断过编辑出版工作。1976年开始，学报所刊载的论文质量明显回升，除刊有少量自然辩证法方面的论文外，已基本恢复到以自然科学论文为主。1980年，学校成立了以杨承宗为主编，阮图南、马兴孝、沈凤麟、陶懋颀为副主编，王水、石钟慈、钱临照、龚升等22人为委员的第2届编辑委员会，学报改半年刊为季刊，在“征稿启示”中明确定位为“自然科学综合性学术刊物”，同时开始编排英文目录，尝试出版专辑，还在当年多次对封面进行了设计。1981年开始接收英文稿件，编排中英文摘要，成为以中、英文两种文字出版的“双语”刊物，并且聘请了孙瑞禾教授担任英文顾问。1982年开始出增刊。1984年对封面重新进行了设计，经多次调整底色之后于年底又换回原封面。1991年再次设计封面，一直沿用至今。1998年改季刊为双月刊。2001年学校成立了以校长朱清时院士为主任、王水院士为主编、范维澄院士等21人为编委的第6届编委会。第6届编委会2002年度会议明确了要把学报办成“精品”、“一流期刊”的目标。2006年学报期开始大幅改版。包括下述四方面：一、将增加“特约评述”、“专家论坛”、 “研究突破”栏目，约请科学大家发表论文，开辟“专家论坛”栏目；二、经中国科学院与安徽省新闻出版局批准，改双月刊为月刊，并设立优先发表机制，校内重要论文经批准将进入绿色通道，优先尽快发表。三、采用国际开本，进一步提升印制、用纸档次四、尝试专题化出版，重视显示学校的主流科研成果五、积极贯彻国家标准，向国际规范靠拢，并准备聘请海外学者担任国际编委，加快《学报》国际化进程。
《复旦学报》（自然科学版）（中、英文混版）是复旦大学主办的自然科学综合性学术刊物（双月刊，国内外发行）。创刊于1935年6月30日，由复旦大学出版委员会编辑发行，是中国最早的大学学报之一。办刊宗旨主要反映复旦大学自然科学类各学科的最新科研成果，也部分收取国内外具有原创性的优秀论文，促进国内外学术交流，为繁荣和发展复旦大学的科技事业服务，为中国社会主义现代化建设服务。报道内容《复旦学报（自然科学版）》主要刊登在物理、数学、生命科学、化学、管理科学、材料与技术科学，药学等领域的基础研究和应用研究方面的学术论文、研究快报、研究简报等。读者对象读者对象是国内外科技工作者、高等院校理工、医科教师和研究生等。发展历程创刊初内容包括学术论文与文艺作品两类，以后又分别出版文史哲号、科学号等。1945年后停刊。解放后，学校于1954年8月30日成立“复旦大学学报编委会”， 1955年4月1日正式创刊《复旦学报（自然科学版）》，1962年改名为《复旦大学学报》（自然科学），1967～1972年停刊。1973年复刊并恢复原名《复旦学报（自然科学版）》，编辑者为复旦大学自然科学学术研究委员会。从1974年起由不定期刊物改为季刊，每年出版4期，逢3、6、9、12月的25日出版。从1994年起由季刊改为双月刊，每年出版6期，逢双月25日出版。在原已有中文摘要、正文、参考文献、英文摘要等基础上，将图题表题均中英文对照，已变成中、英文混版的国内外公开发行的国际标准连续出版物。编号为ISSN 0427-7104；国内统一刊号为CN31-1330/N. 刊名： 复旦学报（自然科学版）Fudan University Journal(Natural Science)主办：复旦大学周期：双月出版地：上海市语种：中文；开本：大16开ISSN： 0427-7104CN： 31-1330/N邮发代号： 4-193历史沿革：现用刊名：复旦学报（自然科学版）创刊时间：1955该刊被以下数据库收录：CA 化学文摘（美）（2009）SA 科学文摘（英）（2009）Pж（AJ) 文摘杂志（俄）（2009）中国科学引文数据库（CSCD—2008）核心期刊：中文核心期刊（2008）中文核心期刊（2004）中文核心期刊（2000)中文核心期刊（1996）中文核心期刊（1992）期刊荣誉：中科双百期刊Caj-cd规范获奖期刊第二届全国优秀科技期刊
复旦学报(社会科学版)是双月刊。
《复旦学报》（社会科学版）杂志社是综合性学术理论刊物。创刊于1935年6月，由复旦大学出版委员会编辑发行，是我国最早的大学学报之一。创刊初期刊发的文章包括学术论文与文艺作品两类，以后又分别出版“文史哲号”、“科学号”等。1945年后停刊。中华人民共和国成立后，学校于1954年8月成立“复旦大学学报编委会”，1955年重新正式出版《复旦大学学报》,内容分别为自然科学版、社会科学版，1966年停刊。1978年8 月，《复旦学报》（社会科学版）复刊，同年11月，中华人民共和国教育部正式批准《复旦学报》（社会科学版）复刊并公开发行。学报自复刊以来，积极刊发人文社会科学各领域的研究成果，在推动复旦师生为国家的现代化事业服务方面，起到应有的作用。学报贯彻党的“双百”方针，为繁荣我国的学术探讨而努力。学报鼓励研究新情况，探讨新问题，经常发表具有新鲜见解、材料、方法的学术论文；注意评述社会科学的新发展、介绍社会科学各学科的新成就，还十分重视对国内学派和国外思潮、流派的评价工作，因而常以其新颖的内容而吸引广大读者。学报立足本校，面向国内外，思路开阔，具有一定的深度，在国内外享有一定声誉。复旦学报首批入选教育部高校哲学社会科学名刊工程，也是全国首家成功创办英文刊的高校文科学报。坚持正确办刊方向，遵循基本学术规范，近年来推出了一批具有原创性的代表作，产生了重要的学术和社会影响。
