1、生态学报
2、应用生态学报
3、生物多样性
4、生物工程学报
5、遗传
6、生物化学与生物物理进展
7、微生物学报
8、中国生物化学与分子生物学报
9、水生生物学报
10、中国生物工程杂志
11、中国科学.C 辑，生命科学
12、生态学杂志
13、微生物学通报
14、应用与环境生物学报
15、生物物理学报
16、古脊椎动物学报
17、古生物学报
18、微体古生物学报
19、生物数学学报
20、生物技术
21、生命的化学
22、实验生物学报（改名为：分子细胞生物学报）
23、生物技术通报
24、生命科学
25、生物学通报
《微生物学报》在我国生物类期刊中的地位在“中文核心期刊要目总览”中，排生物类核心期刊第4～6位（1992、1996、2000、2004年的4个版本）2004年最新版中，位居第6位。在“中国科技期刊引文数据库” 2001年中国主要生物学期刊15名排行表中，总被引频次为470，排在第9位；影响因子为0.443，排在第13位；基金论文比为81%排在第9名。入选前100 名。在“中国科学引文数据库”排出的前500名核心期刊中，本刊居第63位。
