这类没有自己生产的bench data的文章通常不太可能发布到最最顶尖的杂志，比如Nature或者Science的主刊。投文章时可以分为四个梯队：第一梯队：Nature Methods, 只要能发上面基本上就保证了关注度和引用，也会有很多人follow的；Genome Research, 很老牌的杂志了，文章的质量都很高，当然了editor大部分文章都是直接拒的。Nature Biotechnology,纯方法的文章很难发上来的，一般都是很大的组既有方法又有实验数据。楼主可参见Clinks和That那篇文章，很多个co-author，做了非常多的测序实验来验证。Nature Genetics，同样，很少有纯方法的文章，除非你在圈内已有很大影响力，比如CADD那篇文章。上面有一大堆做统计和GWAS的人，感觉不太欢迎machine learning的文章。第二梯队：Genome Biology, 比较新的杂志，近几年有一些不错的文章。Nature Communication, 非常新的杂志，基本上每期都会有一些生信类的文章。感觉影响因子在不断上涨，顶着Nature的头衔自然不会缺少好文章。审稿周期非常久，不建议需要短时间内发文章毕业的高年级博士。第三梯队：这一类别的杂志就很多了，Bio informatics曾经是最好的生信杂志，近几年因为文章数量太多灌水严重影响因子有所下降。Nucleic Acid Research也是专业的生信杂志。除了这些，Plod系列的Plod Genetics和Plod Computational Biology也都是接受生信文章的不错的杂志。Human Molecular Biology近几年也开始接受生信文章。第四梯队：如果被之前所有杂志都拒了，那基本上在国际上能够得到认可的杂志也就不多了。Explosion和BMC系列是最后选择了。
北大核心里综合性生物类核心期刊表
根据主管单位级别期刊等级，基本全是国家级：
1.《生态学报》国家级，主管：中国科学技术协会
2.《生物化学与生物物理学报（英文）》国家级，主管：中国科学院
3.《遗传学报(英文版)》国家级，主管：中国科学院
4.《中国生物化学与分子生物学报》国家级别，主管：中国科学技术协会
5.《生物化学与生物物理进展》国家级，主管：中国科学院
6.《微生物学报》国家级，主管：中国科学院
7.《生物物理学报》国家级别，主管：中国科学技术协会
8.《遗传》国家级，主管：中国科学院
9.《生物工程学报》国家级，主管：中国科学院
10.《应用生态学报》国家级，主管：中国科学院
11.《中国科学院》国家级，主管：中国科学院
12.《中国科学.C辑》国家级，主管：中国科学院
13.《古生物学报》国家级，主管：中国科学院
14.《微生物学通报》国家级，主管：中国科学院
15.《水生生物学报》国家级，主管：中国科学院出版图书情报委员会
16.《菌物系统（改名为：菌物学报）》国家级，主管：中国科学院
17.《生物多样性》国家级，主管：中国科学院
18.《生物工程进展（改名为：中国生物工程杂志）》国家级，主管：中国科学院
19.《实验生物学报》新闻出版总署未查到，应该属于停刊或改名期刊
20.《生命的化学》国家级别，主管：中国科学技术协会
21.《古脊椎动物学报》国家级，主管：中国科学院
22.《微体古生物学报》国家级，主管：中国科学院
23.《生态学杂志》国家级别，主管：中国科学技术协会
24.《生物数学学报》新闻出版总署未查到，应该属于停刊或改名期刊
我投过的只有一个没收版面费，是Journal of Bioinformatics and Computational Biology ，收算法类的文章，对英文要求比较高。
生物信息学杂志不收版面费的比较少，就是Bioinformatics 也收。生物信息学在03年出来以后才快速发展的，期刊也是更晚才大量出现的，基本都是要先收费维持杂志的收支，然后过几年几十年之后，杂志名声出来了，数据比较多了，可以卖数据库收钱的时候，才可能免费。
