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中国医学科学院药物研究所（简称药物所）成立于1958年，是国家重点药物研究机构之一。现有职工400余人，其中科技人员300余人，正副研究员70余人，中国科学院院士3人，中国工程院院士2人。自国家评选政府特殊津贴以来，该所共有60人获此殊荣。现有国家级有突出贡献的专家2名，部级（卫生部）有突出贡献的专家7名，国家青年基金获得者2名，“长江特聘教授”2名，“协和医科大学特聘教授”2名。近十年来从国内外引进人才共计32名，其中博士后25人，博士2人，硕士5人，引进人才平均年龄约40岁。药物所 始终以寻找和研究防治严重危害人民健康的常见病、多发病及疑难疾病的药物为主要方向，坚持以创制具有自主知识产权的新药为重点，以中草药和天然产物研究为基础，采用现代医药学现代理论和高新技术开展多学科综合性研究。主要研究方向包括抗肿瘤药物、防治心脑血管疾病药物、治疗神经精神类疾病的药物、抗炎免疫类药物、抗肝炎药物、抗病毒药物、抗糖尿病药物以及治疗老年退行性疾病的药物等领域。药物所学科齐全，下设合成药物化学、天然药物化学、药理学、药物分析、生物合成、新药开发等研究科室，具有很强的药物研发能力。特别是在天然产物研究、计算机辅助药物分子设计、组合化学、分子药理学、高通量筛选等领域有明显特色。此外，药物所还建有国家药物及代谢产物分析研究中心、国家新药开发工程技术研究中心、国家药物筛选中心、院校新药安全评价研究中心、卫生部天然药物生物合成重点实验室、教育部中草药物质基础与资源利用重点实验室。2011年批准成立了国家重点实验室-天然药物活性物质与功能国家重点实验室，以及3个北京市重点实验室：活性物质发现与适药化研究北京市重点实验室、药物靶点研究与新药筛选北京市重点实验室、药物传输技术及新型制剂北京市重点实验室。十一五期间国家新药创制重大专项在药物研究所建立了包括综合大平台在内的多个技术平台,有效增进的研究所的研究能力。药物所始终坚持走产学研相结合的发展道路，现有2家全资企业：北京协和药厂、北京协和制药二厂，以及3家控股企业：北京联馨药业有限公司、北京协和建昊医药技术开发有限责任公司、北京科莱博医药开发有限责任公司。建所五十多年来，共获科研成果奖261项，已研制上市新药百余种, 获新药证书129项，其中以人工麝香、丁苯酞、双环醇、丹参多酚酸、艾瑞昔布等为代表的一类创新药物19项。自1986年国家设立基金制以来，共承担各类科研课题900余项，发表论文6000余篇，编写著作350本，已在国内外申请专利500余项。药物所也是我国高级药学人才的培养基地，其中药学学科为国家教育部批准的全国高校医学重点学科点，并且建立了博士后流动站。药物所拥有一支高素质的教师队伍，承担了北京协和医学院的研究生教学任务。目前在所研究生300余人，至2011年已培养毕业博士生541名、硕士生538名。近年来在面向市场经济，加快科研成果转化，提高产业效益的过程中，药物所所属药厂产值逐年增加。主要产品有：百赛诺、芳活素、紫素、非洛地平片、联苯双酯滴丸、灵孢多糖注射液等，其中一些药物远销国际市场。药物所与国内及日本、美国、德国、法国等30多个国家和地区的制药公司、大学、科研机构进行了广泛的科技合作和学术交流，建立了密切的协作关系。药物所还负责编辑出版《药学学报》、Chinese Chemical Letters（中国化学快报）、Journal of Asian Natural Products Research（亚洲天然产物研究）及Acta Pharmaceutica Sinica B等四种学术期刊。药物所人将继续以“献身、创新、求实、协作”的精神为指引，勤奋钻研、刻苦攻关、与时俱进、继往开来，努力为我国医药卫生事业的可持续发展，为创造社会效益和实现人类健康贡献力量。
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