对于很多学校和论文查重系统来说，即使上传论文目录进行检测，最后检测重复率时也不会查重目录部分。查重系统自动识别论文目录的格式，筛选目录部分，不计算论文目录的重复率。
毕业论文目录一般应该不参与查重。
首先，要明确一点，“摘要”，无论是中文还是英文摘要，都属于论文的正文，查重的时候一定要放在论文文档里提交。而且知网查重系统一定会识别，进行查重。其次，目录在格式正确前提下，知网查重系统对目录内容是不计入查重字数的，也不计算重复率。目录正规写法应该是：1.有明显的“目录”两个字，且单独成为一行，让知网查重系统识别到这是“目录”；2.最好是文字编辑工具（Word）自动生成的目录，这样系统最喜欢，更容易识别。至于毕业论文查重要检测哪些内容，大致情况是：目录（要放在论文中提交，尽管系统不查重）、摘要（中文、英文）、正文、致谢、参考文献（道理同“目录”）。不测的部分包括：封面、独创声明、版权声明、综述。开题报告也不会测。其实，具体测哪部分，各大高校通常会有详细的通知，看一下即可，不知道的话，就按我上面说的测，这是普遍性的。在此要提醒大家，最新版本的知网查重系统，已经升级了算法，对论文文档中图片内的文字、公式采用OCR识别算法，而且增加了“源代码库”。
查重，全称为论文查重，是把自己写好的论文通过论文检测系统资源库的比对，得出与各大论文库的相似比。
1、知网学位论文检测为整篇上传，格式对检测结果可能会造成影响，需要将最终交稿格式提交检测，将影响降到最小，此影响为几十字的小段可能检测不出。对于3万字符以上文字较多的论文是可以忽略的。
对比数据库为：中国学术期刊网络出版总库，中国博士学位论文全文数据库/中国优秀硕士学位论文全文数据库，国重要会议论文全文数据库，中国重要报纸全文数据库，中国专利全文数据库，个人比对库，其他比对库。部分书籍不在知网库，检测不到。
2、上传论文后，系统会自动检测该论文的章节信息，如果有自动生成的目录信息，那么系统会将论文按章节分段检测，否则会自动分段检测。
3、有部分同学反映说自己在段落中明明引用或者抄袭了其他文献的段落或句子，为什么没有检测出来，这是正常的。中国知网对该套检测系统的灵敏度设置了一个阀值，该阀值为5%，以段落计，低于5%的抄袭或引用是检测不出来的，这种情况常见于大段落中的小句或者小概念。举个例子：假如检测段落1有10000字，那么引用单篇文献500字以下，是不会被检测出来的。实际上这里也告诉同学们一个修改的方法，就是对段落抄袭千万不要选一篇文章来引用，尽可能多的选择多篇文献，一篇截取几句，这样是不会被检测出来的。
4、一篇论文的抄袭怎么才会被检测出来？知网论文检测的条件是连续13个字相似或抄袭都会被红字标注，但是必须满足3里面的前提条件：即你所引用或抄袭的A文献文字总和在你的各个检测段落中要达到5%。
第一，因为硕士论文查重由权威论文检测系统来检测，而权威论文检测是依据硕士论文中的目录主动分章进行的，所以对于查重硕士论文来说，查重硕士论文中的目录具有一定的重要性，并且通过正确的目录格式，保证了权威论文检测能够识别出属于目录的部分，而能够自动识别出的目录部分则不参与权威论文检测。
第二，一般来讲，硕士论文至少有三种标题，第一种是大标题，第二种是大标题下面的两个标题，也就是所谓的二级标题和三级标题。知识网进行硕士论文的查重，主要是根据一级主题进行的，也就是说，在提交硕士论文的查重时，一级主题非常重要，另外，以前权威进行硕士论文的查重的VIP5.3检测系统，该系统识别出wod的生成因为是目录，所以学生在写硕士论文的时候，必须用word制作自己的目录。第一级标题时，只需通过鼠标点击标题一，第二级标题时只需鼠标点击标题二，如此类推，在文档的英文内容摘要后，再打开另一个管理页面，进入系统目录，点击数据应用研究程序设计自动插入目录，该文档信息自动控制生成目录服务工作即完成。
还有一点要提醒同学们注意，硕士论文中有很多章节，要注意页码的设置，在每一章的后面，都要点击插入分节符，以保证分解的准确性，最终保证目录自动生成的准确性。
总之，论文查重时目录重复率高吗？因为硕士论文查重是根据门生提交的论文目次进行章节化检测，虽然章节化检测的效果可能不会影响论文的整体重复率，但是如果分章不准确，就会影响每一章的论文重复率结果，有些学校也要求章节的论文重复率达到一定的标准。因此，学生必须重视硕士论文的自动生成目录，免因自动生成目录形式不规范、不准确而硕士论文查重系统无法自动识别该目录部分，影响论文整体重复率。
