大部分论文查重系统主要是根据论文的格式自动识别出论文的各部分内容，一般是根据Word文档的格式，不会检测论文中的题目、目录、致谢和参考文献等内容，通常是主要查重论文摘要、关键词、论文正文和附录等内容，而除论文正文之外，其他检测部分所占篇幅比重比较少，所以本科论文最主要查重的内容是论文正文内容。
参考资料：《本科论文查重查哪些内容？》
本科论文查重查的是论文的摘要、正文和结尾等文字部分。
很多网站都可以做论文查重，但是学校一般只认可权威的知网查重。知网查重的算法一般会检测论文的目录，可以分章检测。一篇论文它的组成是由封面、目录、前言、正文、参考文献、附录、页眉页脚等几个部分。知网本科论文主要查重包括摘要、正文内容、参考文献，并且摘要和参考文献可以不查，总结来说知网查重主要是查重正文的部分其他的部分可以不查重。
毕业论文查重
1.论文的段落与格式
2.数据库：论文检测，多半是针对已发表的毕业论文，期刊文章，还有会议论文进行匹配的，有的数据库也包含了网络的一些文章。这里给大家透露下，很多书籍是没有包含在检测数据库中的。之前朋友从一本研究性的著作中摘抄了大量文字，也没被查出来。就能看出，这个方法还是有效果的。
3.章节变换：很多同学改变了章节的顺序，或者从不同的.文章中抽取不同的章节拼接而成的文章，对抄袭检测的结果影响几乎为零（几乎都能检测出来）。
4.标注参考文献：参考别人的文章和抄袭别人的文章在检测软件中是如何界定的。其实很简单，我们的论文中加了参考文献的引用符号，但是在抄袭检测软件中。都是统一看待，软件的阀值一般设定为1%，例如一篇文章有5000字,文章的1%就是50字，如果抄袭了多于50，即使加了参考文献，也会被判定为抄袭。
字数匹配：论文抄袭检测系统相对比较严格，只要多于20单位的字数匹配一致，就被认定为抄袭，但是前提是满足第4点，参考文献的标注。
注意事项
1.通常情况下，抄袭率是重复率和引用率的总和，若在论文写作的过程中，合理且正确引用，系统会自动剔除。所谓合理引用，就是同篇文章的引用率不要超过，过多引用就是抄袭；所谓正确引用，就是在引用过程中，正确标注，引用的格式不正确，系统就会判断为抄袭。
2.系统查重的范围包括封面目录、中英文摘要、正文内容、参考文献表等部分。声明和致谢部分通常不作要求，若查重前此两部分内容没有自行删除，依然会计算重复率。
