1、定义不同
参考文献是在学术研究过程中，对某一著作或论文的整体的参考或借鉴。征引过的文献在注释中已注明，不再出现于文后参考文献中。
注释，是对书籍或文章的语汇、内容、背景、引文作介绍、评议的文字。 为古书注释开始于先秦时期。中国古代分得较细，分别称之为注、释、传、笺、疏、章句等。
2、内容不同
注释，是对书籍或文章的语汇、内容、背景、引文作介绍、评议的文字。参考资料按照字面的意思，参考文献是文章或著作等写作过程中参考过的文献。
3、分类不同
注释在中国古代分得较细，分别称之为注、释、传、笺、疏、章句等。包含的内容很广。诸凡字词音义、时间地点、人物事迹、典故出处、时代背景都是注释对象。有脚注、篇末注、夹注等形式。
参考文献类型：专著[M]，论文集[C]，报纸文章[N]，期刊文章[J]，学位论文[D]，报告[R]，标准[S]，专利[P]，论文集中的析出文献[A]。
4、来源不同
现代学术作品中的注释一般分内容解释和来源解释两种。文后参考文献的著录来源是被著录的文献本身。专著、连续出版物等可依次按题名页、封面、刊头等著录。缩微制品、录音制品等非书资料可依据题名帧、片头、容器上的标签、附件等著录。
参考资料来源：百度百科-注释（汉语词语）
参考资料来源：百度百科-参考文献
注释和参考文献的区别：
一、性质和功能上的不同
注释的功能主要有四个方面：一是解释题目或说明论文的写作缘起，及背景情况；二是说明引文资料的来源和出处；三是对正文表述不完善而又不便于在正文中作进一步说明的内容加以补充、解释和说明；四是对正文中艰深、生僻的内容或词句给予必要的解释或说明。
参考文献是在论文的写作时，对所参考的文献的深度与广度的标示。因此，二者在性质和功能上是有明显区别的。
二、著录形式上的不同
注释（文末注除外）一般列于篇首页地脚处，不加序号；而参考文献则多采用文末注，并且按文献的重要程度或先后顺序编排序号。引文出处注释（除篇名注、作者注、收稿日期注之外）一般是对某一论点、某一资料所作的征引，必须注明资料的准确来源和出处。
参考文献则是对某一论文从整体上的参考或借鉴，一般无须注明章节、页码等具体出处。另外，引文出处注释根据论文写作的需要，可对一份文献多次引用并多次注明，而参考文献则只需在文末作一次性注明即可。
三、必备性上的不同
注释一般在论文中不是必备的，有需要说明或补充、解释的问题则标出，没有需要说明或补充、解释的问题就不列。
参考文献在论文中一般来说都应是必备的，这说明了科学研究的继承性特征。就是原创性科研成果或科学发明，也应有前人的相关研究成果做基础或参考。
一、概念不同
注释，是对书籍或文章的语汇、内容、背景、引文作介绍、评议的文字。
参考文献是在学术研究过程中，对某一著作或论文的整体的参考或借鉴。征引过的文献在注释中已注明，不再出现于文后参考文献中。
二、分类不同
注释：中国古代分得较细，分别称之为注、释、传、笺、疏、章句等。包含的内容很广。诸凡字词音义、时间地点、人物事迹、典故出处、时代背景都是注释对象。有脚注、篇末注、夹注等形式。
古籍注释列在正文之中，有双行夹注和夹注。现代书籍注释列于正文当页之下，称脚注，亦称本面注；列于文章之后或列于书籍之后者称篇末注。不管采用何种方式，全书注文的编排一般要求统一，以便于读者查考。
文献类型：专著[M]，论文集[C]，报纸文章[N]，期刊文章[J]，学位论文[D]，报告[R]，标准[S]，专利[P]，论文集中的析出文献[A]。
电子文献类型：数据库[DB]，计算机[CP]，电子公告[EB]，
电子文献的载体类型：互联网[OL]，光盘[CD]，磁带[MT]，磁盘[DK]。
三、来源不同
注释在现代学术作品中一般分内容解释和来源解释两种。
前者多指对文章或书籍中某一部分词句作进一步说明，但为了防止冗杂而把它放在段落之外（文末或页边）。
后者一般是为了保障原作者的著作权，注明某此语句、词语、观点的来源，以便读者的查证，另一方面也是为了尊重他人的知识产权和劳动。
参考文献的著录来源是被著录的文献本身。专著、连续出版物等可依次按题名页、封面、刊头等著录。缩微制品、录音制品等非书资料可依据题名帧、片头、容器上的标签、附件等著录。
