一、按论文资料来源分类
根据医学论文使用资料的来源，通常将论文分为编著和原著两大类。编著论文是以发表过的资料为主的综合文献，而原著论文则是以研究者通过选题、研究获得的第一手资源所撰写的论文。
编著论文的主要内容来源于已经发表的资料，即以间接资料为主，属于第三次文献。结合作者个人的部分研究资料和经验，自多种渠道的、分散的、无系统的、重复的、甚至矛盾的资料，按照个人的观点和体系边拍起来，使读者能够在较短的时间内了解某一学科领域或某一专题的发展水平及进展情况。在医学图书中编著所占的比例较大(如教科书、参考书、专题讨论等)，而在医学期刊杂志中的综述、讲座、专题笔谈、专题讨论等多属于编著之列，其中以综述为代表。
编著性论文内容虽不完全是作者亲身所著的研究，但它充满着新观点、新简介、新摄像、新资料。它为原著性论文提供大量最新信息。使医学某一领域或某一专题更加系统化、条理化、完整化和理论化，使医学论文的重要组成部分之一。
原著论文又称为原始论文，即著作的原本，是作者经过具体选题所进行的调查研究、实验研究、临床研究的结果和临床工作经验的总结，是作者的第一手资料(即直接资料)。其内容比较广泛，可以是实验研究、临床观察、调查报告、病历报告、病历讨论;也可以是医学理论上的创新间接和新的科研成果;还可以使某种新理论、新技术应用于实际所取得的新进展的科学总结。原著论文既是具体单位和个人科研水平的重要标志，又是医学科研工作者提出的某些假说和观点的主要载体。它的主要形式有论著、著述、短篇报道(如病历报告、技术革新成果、经验介绍)等，医学期刊杂志文章主要由原著论文组成。原著论文应有作者自己的见解及新的观点、新理论和新方法，以推动医学科学向前发展。
原著论文，不管是在医学论文中还是其他科技论文中都是十分重要的组成部分。这类论文通常具有原创性和创新性，同时新的观点和理论也是推动该研究领域发展的必要元素之一。
二、按医学学科及课题的性质分类
(一)基础医学论文
研究人体的解剖和生理功能、致病因素以及人体对致病因素的入侵和药物或其他治疗措施的干预所做出的反应，认识健康和疾病相互转化的规律成为基础医学。基础医学论文多数属于基础理论研究范围，包括实验研究和现场调查，少数属于技术交流范围，即介绍实验技术，有关仪器的设计、制造及使用等。
(二)临床医学论文
临床医学是研究人体各系统疾病发生的机制、诊断和治疗，促进疾病向健康转化以及其中的学科。临床医学论文多为应用研究范围，可分为诊断、治疗、护理等方面，有理论研究和技术报告，目前属回顾性总结分析的论文较多。
不管是基础医学还是临床医学，在撰写的过程中，我们都要注意，面对病患的信息，我们都要以保护患者信息为主，不可轻易泄露患者的私人信息。
三、按论文写作目的分类
(一)学术论文
学术论文是对医学科学领域中的问题进行总结、研究、探讨，表述医学研究的成果和理论性的突破，并对科学实验或技术开发中取得新成就的文字总结，作为信息进行交流。
学术论文类型多种多样，按表达方式可分为专题是、综合式、提出假说式、商讨式、比较式等;按内容可分为理论型和实验型。它是学术会议交流的主要内容，也是医学期刊杂志的主要内容。
(二)学位论文
学位论文是为了用来申请授予相应的学位或某学科学术职称资格而写的论文。作为考核及评审的文件，用以表明作者从事科研取得的成果和独立从事科研工作的能力。可以说是单篇论文，也可以是系列论文的综合。学位论文包括毕业论文、学士论文、硕士论文、博士论文。
（来源：学术堂）
据学术堂了解，医学论文根据撰写的内容不同，基本可分为以下几个类别：
1、实验研究
一般为病因、病理、生理、生化、药理、生物、寄生虫和流行病学等实验研究。
2、临床分析
对临床上某种疾病病例(百例以上为佳)的病因、临床表现、分型、治疗方法和疗效观察等进行分析、讨论，总结经验教训，并提出新建议、新见解，以提高临床疗效。
3、疗效观察
指使用某种新药、新疗法治疗某种疾病，对治疗的方法、效果、剂量、疗程及不良反应等进行观察、研究，或设立对照组对新旧药物或疗法的疗效进行比较，对比疗效的高低、疗法的优劣、不良反应的种类及程度，并对是否适于推广应用提出评价意见。
4、病例报告
主要报告罕见病及疑难重症;虽然曾有少数类似报道但尚有重复验证或加深认识的必要。由于是罕见病或疑难重症，所以即便有类似报道也是十分少的，而这类医学论文便是针对这些少数的病例进行充分的研究和探索，力求能更全面的了解和改善这种疾病的情况。
5、病例(理)讨论
临床病例讨论主要是对某些疑难、复杂、易于误诊误治的病例，在诊断和治疗方面进行集体讨论，以求得正确的诊断和有效的治疗。临床病理讨论则以对少见或疑难疾病的病理检查、诊断及相关讨论为主。这类医学论文是以讨论为主，试图通过讨论得出最佳的治疗和诊断方法。
6、调查报告
在一定范围的人群里，不施加人工处理因素，对某一疾病(传染病、流行病、职业病、地方病等)的发病情况、发病因素、病理、防治方法及其效果进行流行病学调查研究，给予评价，并对防治方案等提出建议。
7、文献综述
以某一专题为中心，查阅、收集大量国内外近期的原始医学文献，经过理解、分析、归纳、整理而写出综述，以反映出该专题的历史、现状、最新进展及发展趋势等情况，并做出初步的评论和建议。
8、专题讲座
围绕某专题或某学科进行系统讲授，介绍医学发展新动向，传播医学科研和临床上实用的新理论、新知识、新技术、新方法，更新传统的理论、知识和技术，改善知识结构，推动医学科技进步。根据对象不同，可分为普及讲座和高级讲座。
一，综合型医学论文，将综述型和辩论型论文结合的论文形式。
二，专题型医学论文，这是分析前人成果的基础上，直接展开论述发表见解。正面提出某一学科的学术问题。
三，综述型医学论文，归纳和总结前人或今人对某一学科学术问题的研究成果的基础上，加以评论和介绍，发表自身见解的论文形式。
四，辩论型医学论文，针对某一学科某一学术问题，凭借充足的论据，揭露其不足和错误，通过辩论的形式发表见解。
