论文本身没有区别的。期刊论文只不过是被商用的论文你有稿费或者你出钱来出版(这个由你论文质量定),你导师估计是认为你打算另外写一篇作为毕业论文吧,你跟他说清楚。不过,你要注意,如果你的论文多数是你老师改的,他是不是想上期刊的时候作为合作者上名字呢?因为按毕业论文发表他只能算是指导老师,而你算独作,差很多的。为了和导师的关系,考虑清楚吧。论文本身没有差别,可是发表在一些核心期刊上就涉及到导师的论文数量和科研成功。