发表论文时是核心期刊后来

《中文核心期刊要目总览》2011年版（即第六版）是北京大学2011年12月出版的。如果你的论文是在2011年12月之前发表的，还应该算作核心期刊的论文。

结题需要发表核心论文，当年投稿期刊还是科技核心，后来结题那年发现不是核心期刊了，这还算吗？

这个肯定不会算的，需要从新发表的

单位是以你刊发的时间为准。
如果发表时，不是核心期刊目录中的期刊，就不算是核心期刊。
当然，现在你发的中文核心期刊，大部分安排到2014年，到那时还是核心期刊。
不用有这个担忧。
如果不明白，可以追问。如果有帮助，及时采纳。