论文可以写两个单位吗

不需要。
作者只有一个单位，直接写上就可以了，如果作者同时属于两个单位的话，就需要标注1、2，论文作者标注的1、2对应的是作者的单位。

联合培养的研究生发表毕业要考察的小论文，署名可以署两个学校的吗?

我是代发的，有些刊物作者单位是可以写两个的。但是你需要确定写两个单位学校认不认，学校认的话那就没问题了

论文作者一个人属于两个单位的情况很多。不少人在工作之后才去读研究生，如果在职在读，那肯定就是属于两个单位了。发表文章时培养单位要求必须以培养单位的名义发表论文，否则不能毕业。所以许多研究生（特别是在职在读博士生）都有两个署名单位。