事实上，一些科学家曾经指出，纳米技术可能带来的危险要大于它的益处。就像电脑病毒的传播一样，所有努力可能都无法阻止那些不怀好意的人，去释放某种纳米机器人，作为伤害别人的武器。然而，仅仅这些益处就已经太具有诱惑力了，纳米技术必将超过电子计算机和基因制药，而成为21世纪的技术发展方向。世界可能会需要一个纳米技术免疫系统，在这个系统中，纳米机器人警察会不断地在微观世界中，同那些不怀好意的纳米机器人进行战斗。不管怎样，纳米技术已经到来了!
弊端：
生产：加工难度高，工艺复杂，成本高难以大面积推广。
社会危害
纳米材料（包含有纳米颗粒的材料）本身的存在并不是一种危害。只有它的一些方面具有危害性，特别是他们的移动性和增强的反应性。只有某些纳米粒子的某些方面对生物或环境有害。
健康问题
纳米颗粒进入人体有四种途径：吸入，吞咽，从皮肤吸收或在医疗过程中被有意的注入（或由植入体释放）。一旦进入人体，它们具有高度的可移动性。在一些个例中，它们甚至能穿越血脑屏障。
纳米粒子在器官中的行为仍然是需要研究的一个大课题。基本上，纳米颗粒的行为取决于它们的大小，形状和同周围组织的相互作用活动性。它们可能引起噬菌细胞（吞咽并消灭外来物质的细胞）的“过载”，从而引发防御性的发烧和降低机体免疫力。它们可能因为无法降解或降解缓慢，而在器官里集聚。还有一个顾虑是它们同人体中一些生物过程发生反应的潜在危险。由于极大的表面积，暴露在组织和液体中的纳米粒子会立即吸附他们遇到的大分子。这样会影响到例如酶和其他蛋白的调整机制。
环境问题
主要担心纳米颗粒可能会造成未知的危害。
社会风险
纳米技术的使用也存在社会学风险。在仪器的层面，也包括在军事领域使用纳米技术的可能性。（例如，在MIT士兵纳米技术研究所研究的装备士兵的植入体或其他手段，同时还有通过纳米探测器增强的监视手段。
纳米材料（包含有纳米颗粒的材料）本身的存在并不是一种危害，只有它的一些方面具有危害性，特别是他们的移动性和增强的反应性，只有某些纳米粒子的某些方面对生物或环境有害才面临一个真的危害。
在致癌性方面，早在2014年，国际癌症研究机构（IARC）就将一种名为“MWCNT-7”的碳纳米管判为“可能对人类致癌”。他们研究发现这种碳纳米管会持久地造成小鼠的肺部炎症，符合致癌标准。2019年，我国学者的研究也证明了碳纳米管在肺部积累会加速肿瘤的转移。
纳米技术的意义
纳米技术是一门交叉性很强的综合学科，研究的内容涉及现代科技的广阔领域。纳米科技现在已经包括纳米生物学、纳米电子学、纳米材料学、纳米机械学、纳米化学等学科。
从包括微电子等在内的微米科技到纳米科技，人类正越来越向微观世界深入，人们认识、改造微观世界的水平提高到前所未有的高度。我国著名科学家钱学森也曾指出，纳米左右和纳米以下的结构是下一阶段科技发展的一个重点，会是一次技术革命，从而将引起21世纪又一次产业革命。
