参考文献自动编号用word自带的插入尾注功能即可。
如果还要自动按照一定格式生成整条参考文献，就必须用工具软件了，中文期刊一般使用NoteExpress，这个软件大部分学校购买了版权，直接下载正版即可使用。外文期刊一般用EndNote。
书写技巧
把光标放在引用参考文献的地方，在菜单栏上选插入脚注和尾注，弹出的对话框中选择尾注，点击选项，按钮修改编号格式为阿拉伯数字，位置为文档结尾，确定后Word就在光标的地方插入了参考文献的编号，并自动跳到文档尾部相应编号处请你键入参考文献的说明，在这里按参考文献著录表的格式添加相应文献。
1、目录的自动生成。
1.1 在“格式”菜单中选择“样式和格式”，设定文章的主要大纲级别(一般为三级，即有标题1 、标题2、标题3)。
1.2 几级大纲对应几级目录，如果将大纲级别设定为1级，那么就是1级目录。
1.3在要插入目录的地方，点击“插入”-->“引用”-->“索引和目录” 设置目录字体及大小，单击“确定”即可。
2、参考文献的自动生成。
2.1光标移到要插入参考文献的地方，菜单中“插入”——“脚注和尾注”。
2.2对话框中选择“尾注”，编号方式选“自动编号”，所在位置建议选“节的结尾”。
2.3如“自动编号”后不是阿拉伯数字，选右下角的“选项”，在编号格式中选中阿拉伯数字。
2.4确定后在该处就插入了一个上标“1”，而光标自动跳到文章最后，前面就是一个上标“1”，这就是输入第一个参考文献的地方。
2.5将文章最后的上标“1”的格式改成正常(记住是改格式，而不是将它删掉重新输入，否则参考文献以后就是移动的位置，这个序号也不会变)，再在它后面输入所插入的参考文献(格式按杂志要求来慢慢输，好像没有什么办法简化)。
2.6对着参考文献前面的“1”双击，光标就回到了文章内容中插入参考文献的地方，可以继续写文章了。
2.7在下一个要插入参考文献的地方再次按以上方法插入尾注，就会出现一个“2”(Word已经自动为你排序了)，继续输入所要插入的参考文献。
2.8所有文献都引用完后，你会发现在第一篇参考文献前面一条短横线(页面视图里才能看到)，如果参考文献跨页了，在跨页的地方还有一条长横线，这些线无法选中，也无法删除。这是尾注的标志，但一般科技论文格式中都不能有这样的线，所以一定要把它们删除。
2.9切换到普通视图，菜单中“视图”——“脚注”，这时最下方出现了尾注的编辑栏。
2.10在尾注右边的下拉菜单中选择“尾注分隔符”，这时那条短横线出现了，选中它，删除。
2.11再在下拉菜单中选择“尾注延续分隔符”，这是那条长横线出现了，选中它，删除。
2.12切换回到页面视图，参考文献插入已经完成了。这时，无论文章如何改动，参考文献都会自动地排好序了。如果删除了，后面的参考文献也会自动消失，绝不出错。
因为你开启了自动编号的设置。
论文中参考文献的序号和最后相对应的序号自动修改的方法：
1、全选待插入的参考文献，然后点击鼠标右键选择“编号”，找到“定义新编号格式”。
2、弹出定义新编号格式后，在定义新编号格式中设置参考文献编号格式后点击确定。
3、在正文中插入文献，选择上方的“插入”，在下方找到“交叉引用”，同时选择需要引用的文章，点击插入，这样编号就在文中了。
4、当文献的顺序发生变动时，word并不会自动更新引用编号，需手动操作，如果只更新单个编号，则选中该编号并点击右键选择“更新域”，编号就自动更新了。
5、直接点击键盘的“ctrl+a”全选文章，再按F9，这样就可以对文章中所有编号的引用进行更新。
