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中科院期刊分区依据也是基于一个期刊的影响因子，但是采用的是三年平均影响因子，优点是减少了有些期刊影响因子逐年波动较大带来的不稳定因素。具体方法：根据13个大类学科，分别将各大类的SCI期刊由3年平均影响因子划分为1区（最高区）、2区、3区和4
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核心期刊所涵盖的期刊数量多，读者面广，但收录的生物、医药学期刊较源期刊少，且由于4年出版1次，有一定的时差，所以不能完全反映当年的期刊状况。而源期刊则收录生物、医学期刊较多。由于每年公布1次，所以能较客观地反映期刊的当年情况。
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