据2016年1月研究所官网显示，中国科学院水生生物研究所共有12个研究部门，分别为水生生物多样性与资源保护研究中心、淡水生态学研究中心、鱼类生物学及渔业生物技术研究中心、水环境工程研究中心、水生生物分子与细胞生物学研究中心、藻类生物学及应用研究中心、藻类生物技术与生物能源研发中心、淡水生态与生物技术国家重点实验室、国家淡水渔业工程技术研究中心、东湖湖泊生态系统试验站、水生生物多样性与保护重点实验室、湖北省水体生态工程技术研究中心、武汉市水环境工程研究中心；这12个研究部门中包含有1个国家重点实验室、1个中国科学院重点实验室、一个国家野外科学观测研究站、一个研究所和国家开发投资公司共建的研发中心。 国家重点实验室：淡水生态与生物技术国家重点实验室中国科学院重点实验室：水生生物多样性与保护重点实验室国家野外科学观测研究站：东湖湖泊生态系统试验站研究所与国家开发投资公司共建中心：藻类生物技术与生物能源研发中心 《水生生物学报》 《水生生物学报》是由中国科学院水生生物研究所、中国海洋湖沼学会主办的水生生物学领域的综合性学术刊物，创刊于1955年。主要刊登与水生态的评价与治理；水生物的生化、遗传、病理、毒理和分类区系；水生物的育种、培养、开发利用和病害防治；渔业生物学报及有关湖沼学的综合调查与研究等相关的中、英文研究论文、研究简报及综述。《水生生物学报》于2000年荣获中国科学院优秀科技期刊奖；2002年被评为中国科学院重点资助的百种优秀期刊之一；2006、2008、2010年分别荣获湖北省第五、第六、第七届优秀期刊奖；2008年被评为中国精品科技期刊；在《中国学术期刊评价研究报告》（2009-2010）中，《水生生物学报》被评为“RCCSE中国权威学术期刊”。
韩建忠001
