可以的，先提交专利申请，因为你文章还没写作发表，所以查新不会查到你自己的文章，然后你再写论文即可，不过一般毕业论文收入到知网都要1、2年，即使你先写再发表也没什么问题。
毕业论文引用的参考文献属于专利法中的现有技术。即使你将参考文献中的技术方案撰写为专利进行申请，那么这样的专利申请会因为已经参考文献公开而不具有新颖性，而不能被授权。但是如果你在参考文献的基础上做出了较大的改进，将改进后的技术方案进行申请，还是有可能授权的。
可以，提交专利申请后发表就可以。
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