截至2014年9月，该校设有医药科学研究所（药物研究与开发研究室、药理研究室、药物化学研究室）、分子生物学实验中心、多基因病研究中心、药学实验中心、科技成果转化中心（微生态工程技术研究中心、药物研发中心）、超微病理实验中心、生物功能材料研究室、生物大分子研究室、肿瘤分子生物学研究室、医学分子信息与调控研究室等各类科研机构27个，拥有省高校重点实验室 。省高校重点实验室：天然药物抗肿瘤研究与开发实验室 省技术研发推广中心：微生态工程技术实验室 2008年至2011年，该校共获得各级各类项目463项，其中国家自然科学基金项目11项，省部级项目28项，省教育厅资助项目92项，省卫生厅、中医药管理局、市科技局、社科联资助项目328项，共获得资助经费714.14万元，学院配套资金773.9万元。完成各类科技项目355项，成果登记355项，年成果登记数连续三年位列全省高校前三名。获得各级各类科技成果奖励173项，其中省科技进步二等奖3项、三等奖3项，省高校科学技术奖、省卫生厅、市科技局科技进步奖等厅局级奖励167项。获得专利13项。被SCI、EI收录的学术论文88篇。2006年至2010年，该校共发表学术论文2167篇 。共获得省级教育科研立项47项，结题18项。荣获省高等教育教学成果奖、省规划办教育科研成果奖、省高等教育学会科研成果奖58项。教师主编、参编教育部和卫生部本专科规划教材55部。作为总主编单位牵头编写了中国首套5年制本科精神医学专业卫生部规划教材，结束了中国精神医学专业没有国家统编教材的历史。荣获黑龙江省规划办“十一五”教育科研先进集体称号 。 神经疾病与精神卫生《神经疾病与精神卫生》杂志于2000年由中华人民共和国科技部、新闻出版署批准为国内外公开发行的神经、精神科及精神（心理）卫生领域科技类学术性期刊，国内统一刊号：CN23-1479/R，国际标准刊号：ISSN1009-6574，2001年正式创刊。2002年由季刊改为双月刊，页码由64页增为82页。2004年进入中国科技论文统计源期刊（扩展版）。2006年为中国科技论文统计源期刊。2005年获黑龙江省委宣传部、黑龙江省新闻出版局颁发的精品工程提名奖。 中华现代护理杂志《中华现代护理杂志》（CN11-5682/R）于2008年1月18日正式由国家新闻出版总署批准创刊。由中国科学技术协会主管、中华医学会主办、齐齐哈尔医学院承办、中华现代护理杂志社出版，是护理学科领域综合性学术期刊。2008年《中华现代护理杂志》正式加入中华医学会。已被国家科技部批准为中国科技论文统计源期刊（中国科技核心期刊），并被中国学术期刊综合评价数据库（AJCED）、中国核心期刊（遴选）数据库、中国期刊全文数据库（CNKI）收录。《中华现代护理杂志》为旬刊，每月6、16、26日出版。主要栏目有述评、论坛、专题报道、论著、讲座、综述、研究荟萃、管理·教育、技术·方法、国内外学术动态、继续教育园地、读者·作者·编者、会议纪要等。齐齐哈尔医学院学报《齐齐哈尔医学院学报》为公开发行的综合性学术类期刊，刊号为：CN23-1278/R、ISSN1002-1256。内容包括基础医学、临床病理（例）讨论、新技术新方法介绍、短篇报道、文献综述、专题讲座、文摘等。《齐齐哈尔医学院学报》创刊于1979年，1999年由于季刊改为双月刊，2001年更为月刊。
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