不清楚你是问阅读一个学科一系列文献还是单指一本或一篇文献。要是学科研究的话首先从你所研究学科的基本教材入手,做到对基本定义概念清楚认识,这样可以避免在阅读他人学术著作时因概念不明晰产生的误解。然后是从学科的综述开始阅读,最好是行业内顶尖人物写的,了解这个学科的发展过程和现在正在进行的研究热点。再从研究热点中选一个自己最感兴趣同时又最适合自己的领域深入研究,在这个点上查阅前人的学术成果,当然一般来说理工科都是阅读英文的,中文文献水分太大,文科也最好中英结合的阅读,读书笔记就是记录你明天阅读这个研究点上有些什么能激发你灵感的其他作者的观点。要是单篇文献或单本书的话,首先明确这本著作属于什么学科或是什么类型的著作,作者想要表达什么观点和结论,这个在好书的绪论和文章摘要里头一般都有,其次你要知道作者采用了什么方法什么论据来论证和支持他的观点或结论,最后是这个观点或结论对你或者对这个学科的继续发展有什么影响。读书笔记的话严格意义来说更应该是你对这本书或论文的评判,你支持或反对作者的观点,你觉得作者哪做的很好或不好,例如论证是否合乎逻辑,数据和研究方法是否科学合理,结论是否真的很有意义,当然这些评论都一定是在你充分的读懂而不是误解了这本著作或文献的前提下才能进行的,如果你没读懂,很显然你跟作者还存在层次上的差距,这样不要轻易的否定作者的作品,当然有一种例外,很多中文文献的作者很多都喜欢故意制造读者读不懂的地方,这确实很令人呵呵