其实我们大多数时候所说的论文查重，只是针对于论文正文的查重，就拿本科毕业生的论文来说，如果院校对于论文的查重要求不是特别高的话，他们是不会查重论文附录的。普通院校对于论文的查重率控制在30%以下，而高等院校的话，则是控制在20%以下。普通院校只是对正文进行查重，偶尔有其中的一些院校会对论文正文以外的其他部分进行查重。高等院校的话，则会对论文的摘要，附录，致谢，参考文献都会进行查重。就算这些高等院校对正文以外的部分进行查重，但是他们的查重要求也不是很高的，比如说目录的查重率控制在80%左右，致谢的查重率控制在百分之80左右，而参考文献这一块控制在百分之九十以内都是可以的。
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