一般在食品安全检测中，大肠杆菌常用作一种指示菌，具体来讲，很多致病菌常常与大肠杆菌一起在食品中繁殖，检测大肠杆菌可以间接反映食品微生物污染状况，如果大肠杆菌超标，理论上认为该食品被其他致病菌污染的概率增大；另一方面，有些大肠杆菌，如出血性大肠杆菌本身也是一种致病菌需要监测；再者，如果监测农产品中尤其是表面大肠杆菌的，可以作为该产品是否被粪便污染的指标之一。
大肠菌群能作为食品检验指标的原因之一，就是它的来源比较特别。多存在于温血动物粪便、人类经常活动的场所以及有粪便污染的地方。大肠菌群是一类细菌，它们原本生活在肠道中，有好有坏，并非吃了就会得病。食品中检出大肠菌群，说明食品在加工过程中，存在被污染的风险，这样的食品品质值得怀疑。在加工食品时如操作不规范，就可能出现大肠菌群超标的现象，如果企业有决心，有行动力整改，也是完全可以避免的。
大肠杆菌只在粪便中存在,测定大肠杆菌也就是检测食品被粪便污染的程度.这是食品检验的一项重要指标. 主要还是检测水质,我们做过这样的实验,为了检测水体的污染程度或是否达到饮用水标准,大肠杆菌检测容易,结果明显,一般就用它作为指示物. 我记得一升水中不能超过3个.这是合格标准.
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