由学校院系保存。以上海交通大学为例，毕业论文最后由学校院系保存。按照《上海交通大学关于本科生毕业设计(论文)工作的若干规定》的相关规定，学生在答辩与评分以后，毕业论文都需要采用资料保存归档。
本科的毕业论文不会放在档案里的。一般本科毕业论文的最终审核和学位发放的相关表格会整理在学生的人事档案中，当时本身的论文不会进入人事档案，毕业院校会保留一份纸质版的毕业论文，同时将电子版上传至论文库进行保存和审核。
学校图书馆应该有专门的库房，方便上级来检查，希望对你有帮助！
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应该勇敢
