如果你的参考文献格式正确那么系统会自动识别并且剔除不参与正文查重。参考文献标红就说明你的格式有误。系统把你的参考文献当正文来对比查重了。希望可以帮到你，有问题随时追问我吧。
应该 是格式不正确，知网的算法会根据格式去判别是否属于参考文献的，另外参考考文献的格式尽量不要用工具生成啊
论文查重时内容被标红的地方应该是与其他论文重复的地方，你可以通过删减或者增加内容，改变顺序，同义词替换等方式来修改。
查重的时候，如果本人已经发表过相关论文，会把与本人论文重复的也标红，不过这部分不影响查重，本人论文不算在内。你说的自写部分，如果只是用别人的东西自己改一点词，那么查重的几率也很高，是算的
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