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从左到右，从上到下，第一个图横轴是FSC，纵轴是SSC，一个前向角，一个侧向角，具体定义就不说了，这两个指标主要用于判断细胞的大小。利用这个图可以去除细胞碎片以及粘连在一起的细胞，只挑单个细胞进行后续分析。你可以继续问。
有两种，一种散点图，每一个点代表一个细胞，如FSC-SSC散点图，FSC代表细胞大小，SSC代表细胞颗粒度，根据散点图，可以对细胞进行分群。另一种为直方图，与统计学中直方图相似，x轴表示一个通道的值，如荧光强度，y轴表示细胞数量。二维点图以双参数显示结果，每个点表示一个或多个细胞。图5-6为阴性对照图，用于设定阴性对照边界，全图划分为四个象限，以区分阴性细胞、单阳性细胞以及双阳性细胞。左下象限（ll）为双阴性细胞，左上象限（ul）为y轴阳性细胞（cd19 pe），左下象限（lr）为x轴阳性细胞（cd3 fitc），右上象限（ur）为双阳性细胞（cd19+/cd3+）。
流式的图一般是两种形式。一是柱状图，X轴是信号强度，Y轴是计数。数据通常显示为峰值。比如阴性或者信号弱的峰在左侧，而阳性或者信号强的就位于右侧。柱状图一次只能显示一个通道信号，通常用来判断阳性，阴性的区别或者单个通道信号在不同样本间的变化。另外一种形式是散点图。就是把两个通道的信号同时显示在图上。优点是由于同时显示两个通道的信号，可以提供比柱状图更多的信息。多色流式样本检测一般都是通过上下级关系的图来显示不同的图。比如在上一级的图中先针对某个细胞群画了个门，然后该门内所有细胞又可以用其他通道的信号显示到另外一个图上进行进一步的分析。
前言
细胞凋亡通常称为细胞程序性死亡，是由基因控制的主动性细胞死亡过程。越来越多数据发现，细胞凋亡与多种疾病密切相关，如癌细胞具有连续增殖、抵抗细胞凋亡能力，利用流式细胞仪分析细胞凋亡可为肿瘤诊断，疗效评价和预后预测提供了重要的参考指标。然而很多实验的同学们，常会碰到上机检测时细胞死亡太多却检测不出凋亡，多次重复结果不一致等现象，本文就一起看看如何把细胞凋亡的数据变的更加漂亮，准确！
首先，明确一下细胞凋亡和坏死的区别
细胞凋亡(apoptosis) 是一件主动性细胞死亡事件，它涉及一系列基因的激活、表达以及调控，是细胞为更好地适应环境而主动争取的一种死亡过程。 具体表现为： 出芽形成凋亡小体、核小体间DNA的切割，凋亡小体被吞噬和消化等几个连续过程等[1]（如下图所示）。
图1：细胞凋亡的发生过程[1]
细胞坏死（necrosis） 则是一件被动的过程，是细胞受到强烈理化或生物因素作用引起细胞无序变化的死亡过程，即病理条件下，自体损伤的一种现象。 具体表现为： 细胞胀大，胞膜破裂，细胞内容物外溢，核变化较慢，DNA降解不充分，会引起局部严重的炎症反应（如下图所示）。
图2：细胞坏死的发生过程[1]
一、流式检测细胞凋亡的原理
Annexin V和PI双染法是流式检测细胞凋亡的经典方法 ，它是基于凋亡的早期细胞膜上的磷脂酰丝氨酸（phosphotidylserine, PS）从细胞膜的内侧翻转到细胞膜的表面这一原理来实现的（如下图3）。
图3：凋亡早期 PS从细胞膜的内侧外翻
该方法简便、快速、准确区分活细胞、凋亡细胞和坏死细胞，具体原理如下：
因此，将Annexin V与PI联合使用时，便可用来鉴别活细胞，凋亡细胞及死亡细胞。
二、实验操作步骤
三、数据分析
Annexin V-FITC/PI凋亡检测试剂盒是用FITC标记的Annexin V作为探针，FITC最大激发波长为488 nm，最大发射波长525 nm，FITC的绿色荧光在FL1通道检测；PI-DNA复合物的最大激发波长为535 nm，最大发射波长为615 nm，PI的红色荧光在FL2或FL3通道检测。通过软件分析，绘制双色散点图，FITC为横坐标，PI为纵坐标。
如下图所示：细胞可以分为4个象限：
图4：4个象限的细胞分布图
举例：如常用于研究药物或者基因等对细胞凋亡的影响。 通过比较Control组和药物组，发现化合物可以诱导前列腺癌细胞系PC-3M的细胞凋亡，处理组（20μM）的晚期凋亡细胞比例与Control组（0μM）相比，从1.79%上升到11.39%。进而还可根据每个象限的数据计算出活细胞、凋亡细胞和坏死细胞百分率。
图5. 药物浓度梯度依赖性的诱导PC-3M细胞凋亡[2]
四、常见问题解答
1. 如何避免出现假阳性结果？
2. 为什么必须收集细胞上清？
因为凋亡的细胞可能会脱壁，悬浮于培养基，所以必须收集上清再离心取沉淀，合并胰酶消化下来的细胞，不然检测出来的凋亡比例可能会减少。
3. 为什么在染色后1h内就要上机检测？
由于细胞凋亡是一个快速的过程，建议样品在染色后1小时之内进行分析；PI受时间的影响很大，因标记了PI后会加大细胞毒性，特别是检测早期凋亡时，如果时间延长除了会导致在流式细胞仪上的细胞分群差距加大外，误差会明显加大，所以建议在一个小时内检测。
4. 其他注意事项
参考文献：
[1]Elmore S. Apoptosis: a review of programmed cell death. Toxicol Pathol 2007;35:495-516.
[2]Qin M, Peng S, Liu N, et al. LG308, a Novel Synthetic Compound with Antimicrotubule Activity in Prostate Cancer Cells, Exerts Effective Antitumor Activity.[J]. Journal of Pharmacology and Experimental Therapeutics, 2015,355(3): 473-483.
在2019年的三月份我正式开始做单细胞相关研究工作，有趣的同时也是朋友我们经常误会的是：你是不是用流式细胞术？而我在得知自己要做这单细胞（single cell ）的研究时，在Google搜关键词（single cell ），居然有不少是介绍流式细胞术的。流式细胞术应用到高通量测序领域就变成了微流控技术。可见，把生命科学的视界拉倒单细胞水平的比高通量测序更早的是流式细胞术。
那么在单细胞测序技术出现之前，人们在研究单细胞的时候都是怎么做的呢，都有哪些分析点呢？单细胞测序技术给单细胞研究带来了哪些新的视角？这一切的答案都要求我们对流式细胞术有一个基本的了解。
流式细胞术(flow cytometry, FCM)是以流式细胞仪为检测手段的一项能快速、精确的对单个细胞理化特性进行多参数定量分析和分选的新技术。
流式细胞仪是测量染色细胞标记物荧光强度的细胞分析仪，是在单个细胞分析和分选基础上发展起来的对细胞的物理或化学性质（如大小、内部结构、DNA、RNA、蛋白质、抗原等）进行快速测量并可分类收集的高技术。
采用激光作为激发光源，保证其具有更好的单色性与激发效率；利用荧光染料与单克隆抗体技术结合的标记技术，保证检测的灵敏度和特异性；用计算机系统对流动的单细胞悬液中单个细胞的多个参数信号进行数据处理分析，保证了检测速度与统计分析精确性。
（1） 液流系统 （2） 光学系统 （3） 数据处理系统
激光光源：气冷式氩离子激光器 分色反光镜：反射长/短波长，通过短/长波长 光束成形器：两十字交叉放置的透镜 透镜组：形成平行光，除去室内光 滤片：长通、短通、带通 光电倍增管：FS, SS（散射光）， FL1, FL2, FL3, FL4（荧光）
测得的FS与SS信号通过计算机处理，可得到FS-SS图，由此可仅用散射光信号对未染色的活细胞进行分析或分选。此为血细胞分类的基本原理，但不能分析表面分子。
荧光信号由被检细胞上标记的特异性荧光染料受激发后产生，发射的荧光波长与激发光波长不同。 每种荧光染料会产生特定波长的荧光和颜色，通过波长选择通透性滤片，可将不同波长的散射光和荧光信号区分开，送入不同的光电倍增管。 选择不同的单抗及染料就可同时测定一个细胞上的多个不同特征。 线性放大器和对数放大器
通过流式细胞仪进行细胞分选主要是在对具有某种特征的细胞需进一步培养和研究时进行的。
FS：反映颗粒的大小 SS：反映颗粒的内部结构复杂程度 FL：反映颗粒被染上的荧光数量多少
单参数直方图 双参数直方图:点图 二维等高图 假三维等高图 三参数直方图 多参数分析
双参数直方图：纵轴和横轴分别代表被测量细胞的两个测量参数，根据这两个参数就可以确定细胞在图上的表达位置。
双参数信号通常采用对数信号，最常用的是点密图，在图中，每个点代表一个细胞，点图利用颗粒密度反映同样散射光或荧光强度的颗粒数量的多少。
由类似地图上的等高线组成，其本质也是双参数直方图。 等高图上每一条连续曲线上具有相同的细胞相对或绝对数，即“等高”。 曲线层次越高(越里面的线) 所代表的细胞数愈多。 等高线越密集则表示细胞数变化率越大。
流式细胞仪(FCM)是集单克隆抗体、荧光化学、激光、计算机等高技术发展起来的一种先进仪器，已广泛应用于免疫学、生物化学、生物学、肿瘤学以及血液学等方面的研究和临床常规工作。
①细胞生物学 ：细胞凋亡研究；定量分析细胞周期并分选不同细胞周期时相的细胞；分析生物大分子如DNA、RNA、抗原、癌基因表达产物等物质与细胞增殖周期的关系，进行染色体核型分析，并可纯化X或Y染色体。 [详细]
②肿瘤学 ：DNA倍体含量测定是鉴别良、恶性肿瘤的特异指标。近年来已应用DNA倍体测定技术，对白血病、淋巴瘤及肺癌、膀胱癌、前列腺癌等多种实体瘤细胞进行探测。用单克降抗体技术清除血液中的肿瘤细胞。 [详细]
③免疫学 ：研究细胞周期或DNA倍体与细胞表面受体及抗原表达的关系；进行免疫活性细胞的分型与纯化；分析淋巴细胞亚群与疾病的关系；免疫缺陷病如艾滋病的诊断；器官移植后的免疫学监测等。 [详细] ④血液学 ：血液细胞的分类、分型，造血细胞分化的研究，血细胞中各种酶的定量分析，如过氧化物酶、非特异性酯酶等；用NBT及DNA双染色法可研究白血病细胞分化成熟与细胞增殖周期变化的关系，检测母体血液中Rh(+)或抗D抗原阳性细胞，以了解胎儿是否可能因Rh血型不合而发生严重溶血；检测血液中循环免疫复合物可以诊断自身免疫性疾病，如红斑狼疮等。 [详细]
⑤药物学 ：检测药物在细胞中的分布，研究药的作用机制，亦可用于筛选新药，如化疗药物对肿瘤的凋亡机制，可通过测DNA凋亡峰，Bcl-2凋亡调节蛋白等。 [详细]
细胞凋亡研究 ：细胞凋亡是细胞在基因控制下的有序死亡，在疾病发生、发展中有重要作用，因而研究细胞凋亡有重要意义。细胞凋亡检测方法很多，应用流式细胞仪技术可根据细胞在凋亡过程中发生一系列形态、生化变化从多个角度对细胞凋亡进行定性和定量的测定。 [详细]
** 细胞分选**：流式细胞仪能够分选某一亚群细胞,分选纯度＞95%。目前细胞分选主要用于研究，临床应用较少。利用流式细胞仪分选免疫担当细胞进行细胞免疫学研究也是目前的热门课题。流式细胞仪能够分选出你想得到的任何一亚群细胞，只要你想得到的某一亚群细胞有合适的单克隆抗体标记。 [详细]
** 细胞因子的检测**：随着多标记及胞内细胞因子标记流式细胞技术的出现，使对细胞内细胞因子的研究推向了一个新的阶段。本文主要对胞内细胞因子流式细胞技术作介绍。 [详细]
** 血液学应用**：本文向您介绍流式细胞仪在血液研究领域的应用，包括DNA倍体分析及细胞周期分析，淋巴细胞亚群测定，白血病免疫分型，淋巴瘤免疫分型，红细胞疾病诊断，血小板功能分析和血小板病诊断，微小残留白血病检测，白细胞吞噬功能测定，NK和LAK细胞活性测定，造血干/祖细胞测定等。 [详细]
The Plant Cell 是世界植物学领域最顶级期刊，影响因子8.538。文章首次论述了植物中茉莉酸促进果实乙烯合成的分子机制。该研究以苹果为试材，阐明了茉莉酸信号通路中的重要转录因子MdMYC2通过转录调控和蛋白互作促进果实乙烯合成的分子机制，结果已在The Plant Cell上在线发表（doi:10.1105/tpc.17.00349）。该论文也是中国果树界第一篇由国内实验室独立完成并发表在The Plant Cell 上研究论文。2016年，王爱德教授团队在The Plant Journal 上发表一篇研究论文，影响因子5.468，这两篇论文的第一作者均为王爱德教授指导的果树学专业博士研究生李通，该同学今年6月份毕业以后将赴美国农业部Geneva 实验站从事博士后研究。
你是要中文的还是英文的？是要入门级别的还是更深一点的？给你列举一些：入门：中文：楼上说的《细胞生物学杂志》不错，综述比较多，但近年来刊物质量有所下降；在此推荐同样是中科院上海生科院的《生命的化学》，最适合大学高年级和刚进实验室的研究生。此外北京生物物理所的《生物化学与生物物理进展》也不错。这些高校图书馆或相关院系图书馆都有，或者去维普和中国期刊网都行（只要你在教育网）。英文：推荐综述类期刊，如“Trendsin”系列，先从学会看review起，了解后再理解，因为一上来就去看比较专业的researchpaper不太现实，确认了这一点就好办了。深入：中文：说实话，中文的杂志实在没有什么可以推荐的，个人觉得实在不怎么样，我从研二起再也没有看过（得罪同行朋友请不要见怪），原来上海生科院的《生物化学与生物物理学报》不错，后来为了提高档次改成全英文的了。英文：大牛杂志Cell及其姊妹刊（包括MolecularCell，Immunity，CancerCell等等），Nature及”babynature“（包括Naturecellbiology，NatureImmunology等等），Science。中牛杂志：Genes&Dev，JExpMed，Lancert，JCellBiol,EmboJ等等，一般这些杂志都是一年以外的全免费。小牛：大名鼎鼎的JBC，MBC,MCB,oncogene,JCellScience等等不计其数。写这些杂志的全称太长了，你如果感兴趣可以发消息给我，我在给你慢慢解释其特点和网站。
cell discovery2020年影响因子是5.942。
Cell Discovery中文期刊名是《细胞发现》。是Nature Springer 集团与国内杂志社出版的SCI期刊，也是Nature旗下的热门国产SCI期刊之一。该杂志创刊至今，在细胞生物学领域，影响力非凡。2020年新公布影响因子IF是5.942。
影响因子的作用：
影响因子及JCR给出的以上指标，具有非常重要的作用，具体地说，对以下各类人员具有多种实用价值。
1、图书馆员： 制定文献收藏计划和经费预算，向读者推荐优秀期刊。
2、编辑： 了解和掌握自己编辑的期刊的情况，制订有效的编辑规划和办刊目标。
3、出版商： 掌握和监测出版动态，掌握出版机会，作出新的出版决策。
4、作者（科研人员）：寻找和确定与自己专业有关的期刊，确定论文投稿期刊，证实已经发表自己论文的期刊的水平。
5、信息研究分析人员：跟踪文献计量学的发展趋势，研究学科之间及各学科内的引用模式。研究学术论文生产的学问。研究专业学科的发展变化趋势。
这个最好问一下导师，如果是综述类文章就更加要参考导师意见了，中文类期刊中与不中与导师的后台有很大关系。 细胞方面的文章，《细胞生物学杂志》可以考虑，综述比较多，其他的我也没有太多了解。 参考导师意见或许是个最佳办法。好运。
SCI论文的投稿流程说起来很简单，先写好一篇英文的论文，然后找合适你的刊物投稿过去就行了，录用或不录用等着就行，这个录用周期在3-4个月左右，录用后一般2个月左右会上线。如果不录用呢，那你就继续投，不录用的情况大多数，毕竟是SCI。
流程一、SCI论文写作首先，写作前的准备。写作一篇高水准的SCI论文，建立在课题研究基础之上，没有真实可靠的实验数据，无法得出高水准的实验结果，就无法彰显自己的科研水平。其次，撰写SCI论文内容。流程二、SCI论文完稿后进行修改、润色一篇让审稿人看不懂的SCI论文，哪怕自认为研究成果价值多么高，也是失败的，被录用的几率为零。为了保证SCI内容没有语法错误、没有错别字，通俗易懂，符合投稿期刊的录用要求，当SCI文章初次写完后要找多人来审阅查看，反复修改后定终稿。
流程三、SCI论文投稿投稿时，先要确认投稿是最终版本，图片清晰，coverletter中的主编名字拼对等等，再进行稿件上传。上传成功后要对生成的PDF文件进行认真检查，确认无误后点击确认，即投稿完成。
流程四、修改或拒稿应对策略投稿初审后的结果：拒稿、修稿和录用。对于拒稿，你要查看是什么原因，如果是误判，想办法申请再次审稿的机会，如果不是误判，看看是否有机会投稿其他期刊。对于修稿，你必须要严格按照审稿意见进行修改，否则再次投稿，被录用的几率还是很低。对于直接录用，只有高质量的作品才有可能，非常少见。流程五、最后准备投稿录用后，期刊那边可能还需要作者做些事情或提交材料，作者要及时的查看邮件，进行及时的回复，以便SCI论文能够赶上期刊最新一期见刊。
sci要这样发表：提出问题，查阅资料，着手撰写。具体步骤如下：
1、提出问题。写论文必须是先提出问题，这个问题可以是别人提出过的，或是自己提出的，两者都可以。具体提什么问题，比如如何治理环境，如何面对生态环境恶化等。当然这个问题既不能太大，太大的问题，不能用一篇论文来解决，需要的时间也会很长。例如如何治理环境这个问题就太宽泛，因为有各种环境问题，有大气污染、水污染或是生活垃圾污染。这些污染的治理方式各不相同，要想找到治理方式必须各个击破，一篇论文很难做到，也许要出一本书。当然，问题也不能太小，因为这样的话不利于是取材。
2、查阅资料。主要查询所提问题在古今中外典籍和文献中对该问题的论述。梳理出基本问题脉络，说明该问题并不是自己独创，而是一直有之。用大家的观点或论述佐证你的观点，使自己的观点更加言之有物。例如，你写一篇为什么读书的文章，就要查询为什么陶渊明好读书而不求甚解，而叶圣陶却是好读书而求甚解。你需要搞清楚究竟是甚解好还是不求甚解好。你需要查询下鲁迅、胡适等文化名人是如何读书的，对读书有什么见解。这样，了解清楚古今名人对读书的态度和方法后，你就可以提出自己的观点和看法了。当然也可以用更多名人的观点佐证自己的论述。总之，这样别人看到你的文章就会感觉言之有物，如果你的论点新颖就更好了。
3、着手撰写。有了前两个阶段的准备，接下来就是写了。许多人会觉得无从下手，心中有很多想法，但就是写不出来。对了写作新手来说，这是很正常的事情，我也是这样。我克服这个问题的方法就是随时随地写，不管是吃饭还是坐车或是半夜起来上厕所，只要有想法马上就会写下来。这样能保证记录的随时随地，不至于将灵感流逝。有的人只习惯用电脑写作，这就会有很大的不方便，经常有想法时电脑并不在身边，有了电脑的时候就有很多想法没有了。还有一个写作误区就是很多人太咬文嚼字，就是凡事都要完美，这样太影响速度。有一句话就是好文章都是改出来的，第一遍的时候随意跟着思路走，很少考虑无法对错，有时候连文字的对错都不太关心。然后有时间的时候会进行二次修改，这次修改就要将语法和文字认真看了。把逻辑性问题也会认真改正，使文章更加通顺和有逻辑。当然，很多时候，一篇文章要经过多次修改，因为有时候在看一本书的时候，突然产生新的灵感，有时候一本书的观点会佐证一些文章已经提出的观点。在这些情况下，会返回去把原来的文章重新修改。
相信做到这几点发好文章是指日可待。
期刊是先查重。
一般期刊的审稿流程是先查重，再是审查，这些对刊期收录发表都是很有帮助的。期刊是由依法设立的期刊出版单位出版图书，是定期出版的刊物。
期刊发行
核心期刊论文对格式要求往往比较严格，对于常常只注重论文内容不注意形式的作者们来说，核心期刊论文的格式要求直接影响编辑的审稿印象和成功通过与否，显得格外的重要。核心期刊论文的格式要求会根据不同的期刊会有所不同。
但是绝大部分都是一样的，所谓万变不离其宗，只要掌握了论文发表的基本格式，就算期刊编辑有再复杂严格的格式要求，也能轻松搞定，让论文投递更加有把握。
核心期刊论文格式要求正文篇幅一般在5000--10000字不等，包括简短引言、论述分析、结果和结论等内容。文字太少就不能充分展开论述。文中出现的外文缩写除公知公用的首次出现一律应标有中文翻译或外文全称。