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基因编辑的应用实例

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基因编辑的应用实例

最近要开始学习CRISPR-Cas9实验,对着动辄几十页的说明,实在是看不下去,不如就尝试用读书笔记的方式来学习吧。 今日要讲的当然是张峰老师组的protocol

文章结构简单整理如下:

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Targeted nucleases are powerful tools for mediating genome alteration with high precision. 照例说很需要强有力的基因编辑工具。 The RNA-guided Cas9 nuclease from the microbial clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR) adaptive immune system can be used to facilitate efficient genome engineering in eukaryotic cells by simply specifying a 20-nt targeting sequence within its guide RNA. 简单说由gRNA引导的Cas9核酸酶的有效性。 Here we describe a set of tools for Cas9-mediated genome editing via nonhomologous end joining (NHEJ) or homology-directed repair (HDR) in mammalian cells, as well as generation of modified cell lines for downstream functional studies. 非同源连接(NHEJ)或同源定向修复(HDR) To minimize off-target cleavage, we further describe a double-nicking strategy using the Cas9 nickase mutant with paired guide RNAs. 双切 This protocol provides experimentally derived guidelines for the selection of target sites, evaluation of cleavage efficiency and analysis of off-target activity. 本protocol提供了选择靶点的策略、评价切割的有效性和脱靶效应的分析。 Beginning with target design, gene modifications can be achieved within as little as 1–2 weeks, and modified clonal cell lines can be derived within 2–3 weeks. 从靶点设计开始,基因修饰可在1-2周内完成,而2-3周内可得到克隆细胞系。

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A number of genome editing technologies have emerged in recent years, including zinc-finger nucleases (ZFNs), transcription activator-like effector nucleases (TALENs) and the RNA-guided CRISPR-Cas nuclease system. 近年来出现的基因编辑技术:ZFNs(锌指核酸酶),TALENs(转录激活因子样效应物核酸酶),CRISPR-Cas核酸酶系统。 The first two technologies use a strategy of tethering endonuclease catalytic domains(连接内切酶催化域) to modular DNA-binding proteins for inducing targeted DNA double-stranded breaks (DSBs) at specific genomic loci. By contrast, Cas9 is a nuclease guided by small RNAs (在引导RNA的帮助下)through Watson-Crick base pairing with target DNA

这张图后面还会需要用到

和ZFN,TALEN一样,CRISPR-Cas也是通过激活DSB的模式来达到基因标记的目的。 在CRISPR-Cas系统中,经Cas剪切形成DSB后,DNA可通过以下两种途径进行修复: (A)在缺乏修复模板的情况下,DSBs通过NHEJ过程重新连接,以插入/删除(indel)突变的形式留下疤痕,可用于基因敲除,indel的出现导致移码突变和终止密码子的过早出现。(B)在DNA修复模板的情况下,精确修复-可达到精确编辑的效果;修复模板可以是插入序列两侧带有同源臂的传统双链DNA靶向结构,也可以是单链DNA寡核苷酸(ssODNs)。 以下这句话很重要:Unlike NHEJ, HDR is generally active only in dividing cells, and its efficiency can vary widely depending on the cell type and state, as well as the genomic locus and repair template.

简介:CRISPR-Cas is a microbial adaptive immune system that uses RNA-guided nucleases to cleave foreign genetic elements. Three types (I–III) of CRISPR systems have been identified across a wide range of bacterial and archaeal hosts, wherein each system comprises a cluster of CRISPR-associated (Cas) genes, noncoding RNAs and a distinctive array of repetitive elements (direct repeats). These repeats are interspaced by short variable sequences derived from exogenous DNA targets known as protospacers, and together they constitute the CRISPR RNA (crRNA) array. Within the DNA target, each protospacer is always associated with a protospacer adjacent motif (PAM), which can vary depending on the specific CRISPR system。 CRISPR-Cas是细菌用来抵抗外来生物抵御系统。经过广谱检测,人们发现了三种主要的CRISPR系统,它们由CRISPR-associated (Cas)基因、非编码rna和一组独特的重复元素(直接重复)组成,而这些重复序列则由来自外源性DNA靶点(即原间隔体)的短可变序列直接间隔开来;重复序列+间隔序列=CRISPR RNA (crRNA) array。在有DNA靶点的情况下,每一个间隔序列都有一个前间区序列邻近基序(PAM)。

CRISPR RNA (crRNA) array,编码gRNA,再加上tracrRNA,则可达到定位+编辑的功能 gRNA用于引导,tracrRNA用于结合靶点。 Furthermore, the crRNA and tracrRNA can be fused together to create a chimeric, single-guide RNA (sgRNA) . Cas9 can thus be re-directed toward almost any target of interest in immediate vicinity of the PAM sequence by altering the 20-nt guide sequence within the sgRNA. 所以,人们就把crRNA和tracrRNA合在一起,成为了single-guide RNA,即sgRNA,而通过修改tracrRNA的序列,在理论上可以on-target任何目的靶点。

目前应用的经典例子: Direct injection of sgRNA and mRNA encoding Cas9 into embryos has enabled the rapid generation of transgenic mice with multiple modified alleles (获取基因工程鼠的好帮手!)

We describe considerations for designing the 20-nt guide sequence, protocols for rapid construction and functional validation of sgRNAs and finally the use of the Cas9 nuclease to mediate both NHEJ- and HDR-based genome modifications in human embryonic kidney (HEK 293FT) and human stem cell (HUES9) lines

感谢师兄DZ

基因编辑技术不断发展,到现在已发展到第三代基因编辑技术。第三代基因技术CRISPR/Cas克服了传统基因操作的周期长、效率低、应用窄等缺点。作为一种最新涌现的基因组编辑工具,CRISPR/Cas能够完成RNA导向的DNA识别以及编辑。通过一段序列特异性向导RNA分子(sequence- specific guide RNA)引导核酸内切酶到靶序列处,从而完成基因组的精确编辑,因其操作简单、成本低、高效率,近几年成为炙手可热的基因编辑手段,目前已广泛用于模式生物研究,医疗,植物作物,农业畜牧等领域。

CRISPR/Cas9的出现给了科研人员无限想象的可能,基于CRISPR/Cas9的技术很快就被广泛应用于全世界各个实验室中,这里我们将主要介绍最常用的几种应用。

早期,科研人员通过同源重组(HR)介导的基因打靶技术来实现基因编辑,但因效率太低,极大地限制了其应用。为了克服这一难题,一系列通过核酸内切酶介导的基因编辑技术被开发出来,通过这些核酸内切酶切割特定的基因组序列,借助细胞自身修复体系如非同源末端连接或同源重组修复方式,并由此达到改变基因组序列的目的,锌指核酸内切酶(ZFNs)、类转录激活因子效应物核酸酶(TALENs)以及sgRNA介导的Cas9核酸内切酶正是基于此原理工作的。

锌指核酸内切酶(ZFNs)和类转录激活因子效应物核酸酶(TALENs)均可通过蛋白-DNA相互作用识别基因组上的特定DNA序列并完成特定位点的切割,但是它们因效率低下、可选潜在位点少、成本高等原因极大地限制了它们的应用,直到CRISPR/Cas9系统的出现,科研人员才找到了一种成本低、效率高、简单易用的基因编辑工具。

CRISPR/Cas9出现之后,科研人员最先想到的便是将其运用到基因编辑上了,根据目标基因的外显子序列设计single guide RNA(sgRNA)并与含有Cas9编码序列的质粒一起转入细胞,sgRNA通过碱基互补配对的原则引导Cas9蛋白靶向目标DNA序列,Cas9蛋白会在该位点切割DNA,引发DNA双链断裂(DSB),此时细胞通过非同源末端连接修复(NHEJ)完成DNA的自身修复,

因修复过程中常常发生碱基的添加和丢失,而最终导致基因的移码突变从而达到基因敲除的目的,或者针对目的基因的上下游序列各设计一个sgRNA,从而引发该基因上下游同时发生DSB,再通过DNA损伤修复机制将断裂的上下游两端的DNA连接在一起,引发DNA片段缺失,从而达到基因敲除的目的。如果在此基础上为细胞引入一个修复的模板质粒,细胞就会以此模板进行同源重组修复,如果引入的修复模板是一个想要插入的基因,便可在特定的位置进行基因敲入了。

随着人们对Cas9研究的不断深入,Cas9发挥功能的结构基础也渐渐明确,在Cas9发挥切割DNA的功能时,它的两个结构域发挥着重要作用,分别是RuvC和HNH,其中HNH结构负责sgRNA互补链的切割,切割的位点位于PAM的5'端的第三个碱基外侧,RuvC结构域负责非互补链的切割,切割位点是在PAM上游的3-8碱基之间,当将这二者同时突变失活,便产生了失去DNA切割活性的Cas9蛋白了(dCas9),dCas9虽然失去了对DNA的切割能力,但依旧可以在sgRNA的引导下到达指定的DNA序列处,这是基于sgRNA–dCas9复合体的这一特征,若在dCas9上融合不同功能的结构域,便可在特定的DNA区域完成不同的修饰了,这便形成了基于CRISPR/dCas9的工具包了。

脑洞大开的科学家利用dCas9蛋白,开发出各种用途的工具,可谓是把CRISPR/dCas9利用得淋漓尽致,这里我们举几个简单的例子如研究人员针对目标基因的启动子序列设计sgRNA,使得sgRNA–dCas9复合体靶向结合到目标基因的启动子上,因dCas9蛋白带来的空间位阻可干扰转录因子的结合,从而引发在转录水平上的干扰基因表达的效果,而在此基础上为了达到更佳的干扰效果,一些能够引发基因转录阻遏的结构域也被融合到dCas9蛋白上,如KRAB(Krüppel-associated box)等。

既然可以通过CRISPR/dCas9实现基因表达的干扰,那是不是也可以通过CRISPR/dCas9实现激活基因表达呢?答案是肯定的。科研人员通过向dCas9上融合vp64(四个串联的vp16)、p65AD(p65 activation domain)等促进促进基因转录的结构域,实现基因的内源性激活,在经过各种优化之后,比如由vp64、p65AD和VPR(Epstein-Barr病毒R反式激活因子Rta47)组成的三联结构域(dCas9–VPR)就可以实现很高水平的内源性激活基因表达的效果了。

通过基于CRISPR/dCas9的基因表达干扰和内源性激活工具的建立,使得科研人员在进行诸如基因功能研究的工作时有了更为简单、高效且低成本的研究工具。这很大程度上为科研人员节约了时间和成本。

表观遗传研究是近些年来非常火热的领域,DNA甲基化、组蛋白乙酰化等都在生物体中发挥着重要的生物学功能,而CRISPR/dCas9在表观遗传的研究中也成为了十分强大的工具。比如CRISPR/dCas9介导的靶向DNA甲基化修饰,我们知道在DNA甲基化过程中DNA甲基转移酶(DNA methytransferases,DNMTs)起着关键的催化作用,而且大部分DNA甲基化都发生在CpG岛,

因此研究人员尝试着将DNMTs的催化结构域融合到dCas9上形成dCas9-Dnmt3a3L,并通过sgRNA的引导靶向目标DNA序列的CpG附近催化其甲基化,以实现DNA甲基化的定点编辑。相似地,研究人员将在DNA去甲基化过程中起关键催化作用的TET1蛋白的催化结构域融合到dCas9上形成dCas9-TET1,同样的通过sgRNA的引导靶向目标DNA序列的CpG附近,可以实现去甲基化修饰。

再如CRISPR/dCas9介导的靶向组蛋白修饰,与靶向DNA甲基化修饰相似,一些和组蛋白修饰相关的酶包括组蛋白去甲基化酶(LSD1/KDM1A)、组蛋白乙酰转移酶以及组蛋白甲基转移酶等也被融合到dCas9蛋白上,以实现靶向组蛋白修饰。

除以上的应用外,CRISPR/dCas9还被用于其他多个领域,比如将EGFP融合到dCas9上,通过sgRNA靶向特定DNA序列实现基因组成像。此外,还有研究人员开发出基于CRISPR/dCas9的enChIP技术,以来探测特定基因组区域上的DNA-蛋白质相互作用,通过sgRNA靶向特定基因组基因座的标记dCas9的抗体免疫沉淀,之后通过蛋白质谱(enChIP-MS),鉴定与之特异性相互作用的蛋白质。这些工具的开发都极大地帮助了科研人员,使得之前无法实现的操作成为可能,推动了生命科学的快速发展。

以往基于ZFN或TALENs的基因组编辑技术,需要针对DNA靶序列设计蛋白质,而CRISPR技术仅需要根据不同的靶序列合成相应的80nt左右的sgRNA来引导Cas9蛋白对序列进行修饰,这就实现了基因编辑技术的高通量应用。

CRISPR全基因组筛选技术可用于必需基因及药物靶标基因鉴定。多伦多大学Jason Moffa研究组建立了覆盖全基因组gRNA库并在5个细胞系中逐个敲除了万个基因,最后鉴定出在不同细胞系间保守的1580个必需基因构成的“core fitness genes”。

同样,美国达纳-法伯癌症研究所W. Nick Haining研究组通过CRISPR/Cas9系统性地敲除了黑色素瘤细胞的2368个基因,发现ptpn2基因缺失会使这些癌细胞对PD-1阻断更加敏感。华盛顿大学医学院Michael Diamond研究组利用CRISPR/Cas9鉴定在宿主细胞中坚定了黄病毒感染所绝对必需的9个基因,其中spcs1基因缺失时,不仅降低黄病毒感染率,而且对细胞也不产生副作用,这将是一个潜在的黄病毒药物靶标。

CRISPR/Cas9作为新一代基因编辑技术,同样可被应用于建立疾病模型及培育供体器官。基因治疗可实现在患者自身细胞中纠正遗传缺陷,并结合其他生物学技术在体外培育出组织特异性的“类器官”,对于疾病建模、药物筛查及临床治疗等方面研究有极大意义。CRISPR介导的基因组编辑技术可以直接应用于非人类哺乳动物的疾病模型建立,将更有利于疾病致病机理和治愈研究。

此外,CRISPR技术还可应用于大型动物的基因编辑以研究免疫排斥及跨物种的疾病传染,从而解决异种移植器官来源的瓶颈,猪被认为是人体异种器官来源的首选动物,而目前猪器官用于人类的主要障碍为免疫排斥反应,及猪内源性逆转录病毒(Porcine endogenous retroviruses, PERVs)带来的医疗风险问题。eGenesis公司杨璐菡博士与哈佛大学George Church教授利用CRISPR进行基因改造一步让62个PERV pol 基因关闭,因而将来自PERV的传染风险降低了三个数量级,成功培育出不含PERVs的猪品系,作为安全有效的异种移植器官来源,这些研究让猪成为病人的器官来源更有前景。

基因编辑技术可以准确地改造人类基因,达到基因治疗效果。中国科学院生物化学与细胞生物学研究所李劲松研究组通过在小鼠胚胎中注射CRISPR/Cas9纠正白内障小鼠模型中的遗传缺陷,所产生的后代是可育的并能将修正后的等位基因传递给它们的后代。杜氏肌营养不良(DMD)是一种罕见的肌肉萎缩症,也是最常见的致命性遗传病之一,是由肌营养不良蛋白dystrophin基因突变引起。杜克大学Charles Gersbach研究组应用CRISPR/Cas9在DMD小鼠中将dystrophin基因突变的23外显子剪切,而合成了一个截短的但功能很强的抗肌萎缩蛋白,这是生物学家“首次成功地利用CRISPR基因编辑技术治愈了一只成年活体哺乳动物的遗传疾病”。

► CAR-T治疗简图,图片来自

基因编辑技术联合免疫疗法在肿瘤及HIV/AIDS治疗具有广泛的应用前景。嵌合抗原受体T细胞(Chimeric Antigen Receptor T cell,CAR-T)细胞治疗是非常有前景的肿瘤治疗方法。CAR-T细胞疗法在B细胞恶性血液肿瘤治疗中已经取得硕果。中科院动物研究所王皓毅研究组利用CRISPR/Cas9技术在CAR-T细胞中进行双基因(TCRα subunit constant 和beta-2 microglobulin)或三基因(TRAC,B2M及programmed death-1)敲除。美国斯隆凯特林癌症纪念中心Michel Sadelain研究组发现CRISPR/Cas9技术将CAR基因特异性靶向插入到细胞的TRAC基因座位点,极大增强了T细胞效力,编辑的细胞大大优于传统在急性淋巴细胞白血病小鼠模型中产生CAR-T细胞。

继诺华的Kymriah以及Gilead (kite Pharma)的Yescarta接连上市,CRISPR Therapeutics公司也在应用CRISPR/Cas9基因编辑技术开发同种异体CAR-T候选产品。2016年10月,四川大学华西医院的肿瘤医生卢铀领导的一个团队首次在人体中开展CRISPR试验,从晚期非小细胞肺癌患者体内提取出免疫细胞,再利用CRISPR/Cas9技术剔除细胞中的PD-1基因更有助于激活T细胞去攻击肿瘤细胞,最后将基因编辑过的细胞重新注入患者体内。

微生物种群与人体医学,自然环境息息相关。北卡罗来纳大学Rodolphe Barrangou与Chase L. Beisel合作通过使用基因组靶向CRISPR/Cas9系统可靶向并区分高度密切相关的微生物,并程序性去除细菌菌株,意味着CRISPR/Cas9系统可开发成精细微生物治疗体系来剔除有害致病菌,人类将有可能精确控制微生物群体的组成。以色列特拉维夫大学Udi Qimron将CRISPR系统导入温和噬菌体中在侵染具有抗生素抗性的细菌以消灭此类细菌,CRISPR系统已具有成为新一类抗生素的潜力。Locus BioSciences公司也在开发在噬菌体中开发CRISPR系统以达消灭难辨梭菌的目的。

弗吉尼亚理工大学Zhijian Tu研究组在雄蚊子中进行M因子基因编辑,可以导致雌雄蚊之间的转化或雌蚊的杀戮,从而实现有效的性别分离和有效减少蚊子的数量,也将减少寨卡病毒及疟疾等传播。

基于CRISPR治疗不仅可以应用于根除共生菌或有益菌群的病原体,也可应用于靶向人类病毒,包括HIV-1,疱疹病毒,乳头瘤病毒及乙型肝炎病毒等。具有纯合的32-bp缺失(Δ32)的CC趋化因子受体5型(CCR5)基因的患者对HIV感染具有抗性。因此加利福尼亚大学Yuet Wai Kan在诱导多能干细胞iPSC中利用CRISPR系统引入纯合CCR5Δ32突变后,诱导分化后的单核细胞和巨噬细胞对HIV感染具有抗性。天普大学Kamel Khalili 课题组应用CRISPR/Cas9系统在宿主细胞基因组中精确编辑HIV-1 LTR U3区,从而在将艾滋病病毒从基因组中剔除。

Cas12a (Cpf1)属于CRISPR家族另一核酸内切酶,它也可被gRNA引导并剪切DNA。但是,它不仅可以切割相结合的单链或双链DNA,也剪切其他的DNA。近日,加州大学伯克利分校Jennifer Doudna研究组开发了基于CRISPR的一项新技能——基因侦探(DNA Endonuclease Targeted CRISPR Trans Reporter (DETECTR))。利用单链DNA将荧光分子和淬灭分子连接构建成一个报告系统,当CRISPR-Cas12a在gRNA引导下结合到目标DNA并发挥剪切作用时,报告系统中的DNA也被剪切,荧光分子将被解除抑制。此系统在致癌性HPV的人的DNA样品检测HPV16和HPV18变现极佳。

布罗德研究所Feng Zhang研究组开发的基于CRISPR的2代SHERLOCK (Specific High Sensitivity Enzymatic Reporter UnLOCKing),原理是利用Cas13a被激活后,可以切割除靶序列外其他的RNA的特征,引入了解除荧光分子的抑制。此工具可实现一次性多重核酸检测,可同时检测4种靶标分子,额外添加的Csm6使得这种工具比它的前身具有更高的灵敏度,并将它开发成微型试纸条检测方法,简单明了易操作,已被研究人员成功应用于RNA病毒,如登革热病毒和寨卡病毒,及人体液样本检测。

Broad研究所David R. Liu研究组利用CRISPR/Cas9开发了一种被称为CAMERA(CRISPR-mediated analog multi-event recording apparatus)的记录细胞事件的“黑匣子”他们利用这个系统开发出两种细胞记录系统,在第一种被称为“CAMERA 1”的细胞记录系统中,研究人员利用细菌中质粒的自我复制但又严格控制其自身数量的特征,

将两种彼此之间略有不同的质粒以稳定的比例转化到细菌中,随后在接触到外来药物刺激时,利用CRISPR/Cas9对这两种质粒中的一种进行切割,通过对质粒进行测序并记录两种质粒比例的变化来记录细菌接触外来刺激的时间。另一种细胞记录系统被称为“CAMERA 2”,它利用基于CRISPR/Cas9的碱基编辑系统实现在细胞内特定信号发生时改变遗传序列中的单个碱基,以此实现对诸如感染病毒、接触营养物等刺激的记录。这套技术的出现将很大程度的帮助人们进一步了解细胞的各类生命活动的发生发展规律。

2015 年 4 月,中山大学的黄军利用CRISPR/Cas9介导的基因编辑技术,同源重组修复了胚胎中一个引发地中海贫血β-globin gene (HBB)的突变。

► 图片来自

2016年,广州医科大学的范勇团队在三原核受精卵中,应用基因编辑技术CRISPR受精卵中的基因CCR5进行编辑引入CCR5Δ32纯合突变由于当时脱靶效率问题突出,产生了镶嵌式的受精卵。

2017年8月2日,俄勒冈健康与科学大学胚胎细胞和基因治疗中心Shoukhrat Mitalipov研究组公布了其应用CRISPR在人类胚胎中进行DNA编辑的结果,纠正了突变的MYBPC3基因,其突变会引起心肌肥厚并将年轻运动员猝死。

这次获诺奖的新型基因编辑技术是什么?它的终极用途其实是医学

ZFNZFN,即锌指核糖核酸酶,由一个 DNA 识别域和一个非特异性核酸内切酶构成。DNA 识别域是由一系列 Cys2-His2锌指蛋白(zinc-fingers)串联组成(一般 3~4 个),每个锌指蛋白识别并结合一个特异的三联体碱基。锌指蛋白源自转录调控因子家族(transcription factor family),在真核生物中从酵母到人类广泛存在,形成alpha-beta-beta二级结构。其中alpha螺旋的16氨基酸残基决定锌指的DNA结合特异性,骨架结构保守。对决定DNA结合特异性的氨基酸引入序列的改变可以获得新的DNA结合特异性。多个锌指蛋白可以串联起来形成一个锌指蛋白组识别一段特异的碱基序列,具有很强的特异性和可塑性,很适合用于设计ZFNs。与锌指蛋白组相连的非特异性核酸内切酶来自FokI的C端的96个氨基酸残基组成的DNA剪切域(Kim et al., 1996)。FokI是来自海床黄杆菌的一种限制性内切酶,只在二聚体状态时才有酶切活性(Kim et al., 1994),每个FokI单体与一个锌指蛋白组相连构成一个ZFN,识别特定的位点,当两个识别位点相距恰当的距离时(6~8 bp),两个单体ZFN相互作用产生酶切功能。从而达到 DNA 定点剪切的目的。TALENTALENs中文名是转录激活因子样效应物核酸酶,TALENs是一种可靶向修饰特异DNA序列的酶,它借助于TAL效应子一种由植物细菌分泌的天然蛋白来识别特异性DNA碱基对。TAL效应子可被设计识别和结合所有的目的DNA序列。对TAL效应子附加一个核酸酶就生成了TALENs。TAL效应核酸酶可与DNA结合并在特异位点对DNA链进行切割,从而导入新的遗传物质。相对锌指核酸酶(zinc-finger nuclease, ZFN)而言,TALEN能够靶向更长的基因序列,而且也更容易构建。但是直到现在,人们一直都没有一种低成本的而且公开能够获得的方法来快速地产生大量的TALENs。CRISPRCRISPR是生命进化历史上,细菌和病毒进行斗争产生的免疫武器,简单说就是病毒能把自己的基因整合到细菌,利用细菌的细胞工具为自己的基因复制服务,细菌为了将病毒的外来入侵基因清除,进化出CRISPR系统,利用这个系统,细菌可以不动声色地把病毒基因从自己的染色体上切除,这是细菌特有的免疫系统。微生物学家10年前就掌握了细菌拥有多种切除外来病毒基因的免疫功能,其中比较典型的模式是依靠一个复合物,该复合物能在一段RNA指导下,定向寻找目标DNA序列,然后将该序列进行切除。许多细菌免疫复合物都相对复杂,其中科学家掌握了对一种蛋白Cas9的操作技术,并先后对多种目标细胞DNA进行切除。以往研究表明,通过这些介入,CRISPR能使基因组更有效地产生变化或突变,效率比TALEN(转录激活因子类感受器核酸酶)等其他基因编辑技术更高。但最近研究发现,虽然CRISPR有许多优点,在人类癌细胞系列中,它也可能产生大量“误伤目标”,尤其是对不希望改变的基因做修改。三种系统的比较那么,可能会有人疑问了,既然如此,这三种系统的区别和联系又是什么呢?小编特意从有效性,特异性,载体性及其它四个方面,进行了一个小小的总结。有效性在不同的基因位点基因靶向性的有效性都是不同的,并且这也依赖于每种细胞的转染的效率。因此,只能点对点的比较靶向位点,细胞系和转染方法,这样的比较才有意义。基于我们课题组和其他课题组的ZFN和TALENs的靶向效率的实验,我们在细胞系水平上进行了比较,虽然他们可能与不同的突变特征有关。Chen的课题组的最近的研究进行了大规模的体外分析,发现TALENs在使用与上下游相关的序列的时候比ZFNs显著的具有更多的突变产生。另一个组比较了TALENs和CRISPRs在人类ESCs细胞中的情况,观察到,通过用CRISPR更换掉TALENs,在其他方面条件相同的情况下,通过产生更多的基因突变的克隆,本质上提高了效率。最近,功能上重新编码的TALENs(reTALENs)已经得到了发展,并且在人类的iPSCs细胞中的基因编辑的有效性相比较于CRISPR得到了提高。但是这个研究发现,CRISPR比reTALENs能够实现7-8倍的同源重组效率,并且其一定程度的比HE更有效率,挡雨ODN捐赠者进行比较。特异性ZFN和TALENs都是作为二聚体发挥作用的,其特异性是由DNA绑定的区域决定的,这个区域在每个剪切位点最多可以识别36bp。然而,在在II型CRISPR系统中的Cas9是由一种RNA引导的核酸,它的特异性是由PAM和PAM上游的20个引导核苷酸决定的。这表明,3’12个碱基的“种子序列”是最关键的,而剩下的8个碱基(非种子序列)甚至PAM序列都是可以错配的。ZFN的特异性由一种不带偏见的全基因组分析进行,并且发现存在频率低,但是可以检测到的脱靶事件的发生,其可以定义为一个高度有限的一部分。已经有研究表明,TALENs有比ZFN更低的细胞毒性和脱靶效率。基于这个研究,TALENs诱导的CCR5特异性突变在CCR5的对偶基因上发生率是17%,而在高度同源的CCR2位点上只有1%。相反,CCR5特异性的ZFN的活性在这两个位点是相在当的,CCR5位点的突变频率是14%,而CCR2的是12%。几个研究也报告了,CRISPR/Cas系统在细胞毒性评价或者DSB诱导的检测(即,H2AX免疫染色)中都没有明显的脱靶现象。然而,最近的研究发现,CRISPR诱导的靶向不同的人类细胞的基因出现了显著的脱靶现象。例如,靶向CCR5的CRSIPR/Cas9系统偶到的在CCR2上的脱靶切除的突变率为5-20%,这是非常接近之前讨论的CCR5靶向的ZFN诱导的突变率。三个其他的小组利用更系统的方法在人类细胞中评估了CRISPR的脱靶活性,其结果表明CRISPR可能能够发生目标不匹配,从而在预测的脱靶位点上引入微缺失或者插入(插入缺失)。此外,靶向位点的定位和内涵能够显著的影响gRNA识别他们的靶向目标,而在基因组序列中的“脱靶序列”也是一样的。已经有报告说,脱靶效应能够通过小心的控制Cas9的mRNA的浓度来克服。此外,在基因编辑的时候使用配对的Cas9的切口酶已经表明能够显著的减少至少1500倍的脱靶活性。病毒为基础的传递ZFN基因可以通过慢病毒和腺病毒进行传递。当前,ZFNs导入体细胞是通过共转染两个慢病毒载体,每个载体编码一个功能性异源二聚体对的一个单体。相反,腺病毒,但不是基于HIV的慢病毒,载体使用与TALEN的基因的传递,因为TALENs的大尺寸和TALE重复序列的种应用。Cas9也是一个较大的基因,并且其酶促死的版本也可以通过慢病毒进行传递,虽然也盛行的Cas9的稳定的表达对于细胞的毒性依然是不清楚的。其他方面ZFNs和TALENs都能够在切割时产生粘性末端,因此可以使用标签绑定,如果具有互补突出部分的双链寡聚核苷酸(dsODN)是可以进行预测的。ZFNs和TALENs都可以在捐赠的质粒的基因组中引入同一个核酸靶向位点来实现。ZFNs和TALENs通过采取同源二聚体的方式从而获得优势,绑定门通过设计实现了重组(Ob-LiGaRe)。这种方法在使用的质粒中倒置了两半的核酸酶的结合位点,这是在没有改变接头区的方向实现的,因此通过相同的ZFN/TALEN碱基对能够阻止连接产物的消化。因为CRISPR产生了一个非粘性末端,直接连接会遇到挑战。最近的文章表明,具有Cas9n的gRNAs的碱基对能够诱导具有徒步部分的DSBs,并且促进dsODN的高效率的NHEJ介导的插入。虽然至今还没有出版,但是进入的转基因大小的DNA能够通过引入在目标质粒的CRISPR/Cas9靶向位点的具有CRISPR/Cas的基因组使用。CRISPR/Cas系统相比较于ZFNs和TALENs具有几个优势,例如易于构建,花费低,并且产物具有可扩展性,并且能够用于多个靶向基因组位点。

crispr基因编辑技术

CRISPR-Cas9是继ZFN、TALENs等基因编辑技术推出后的第三代基因编辑技术,短短几年内,CRISPR-Cas9技术风靡全球, 成为现有基因编辑和基因修饰里面效率最高、最简便、成本最低、最容易上手的技术之一,成为当今最主流的基因编辑系统。

一、什么是CRISPR-Cas系统

CRISPR-Cas系统是原核生物的一种天然免疫系统 。某些细菌在遭到病毒入侵后,能够把病毒基因的一小段存储到自身的 DNA 里一个称为 CRISPR 的存储空间。当再次遇到病毒入侵时,细菌能够根据存写的片段识别病毒,将病毒的DNA切断而使之失效。

C RISPR-Cas系统包含CRISPR基因座和Cas基因(CRISPR关联基因)两部分。

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1、CRISPR(/'krɪspər/)是原核生物基因组内的一段重复序列 。CRISPR全称Clustered Regularly Interspersed Short Palindromic Repeats(成簇的规律性间隔的短回文重复序列)。分布在40%的已测序细菌和90%的已测序古细菌当中。 (注:生活在深海的火山口、陆地的热泉以及盐碱湖等极端环境中,有一些独特结构的细菌,称为古细菌)

CRISPR基因序列主要由前导序列(leader)、重复序列(repeat)和间隔序列(spacer)构成 。

①前导序列 :富含AT碱基,位于CRISPR基因上游, 被认为是CRISPR序列的启动子 。

②重复序列 :长度约20–50 bp碱基且包含5–7 bp回文序列,转录产物可以形成发卡结构, 稳定RNA的整体二级结构 。

③间隔序列 : 是被细菌俘获的外源DNA序列 。这就相当于细菌免疫系统的“黑名单”,当这些外源遗传物质再次入侵时,CRISPR/Cas系统就会予以精确打击。

2、Cas基因位于CRISPR基因附近或分散于基因组其他地方,该基因编码的蛋白均可与CRISPR序列区域共同发生作用。因此,该基因被命名为CRISPR关联基因( CRISPR associated,Cas )。

Cas基因编码的Cas蛋白在防御过程中至关重要,目前已经发现了Cas1-Cas10等多种类型的Cas基因。

依据Cas蛋白在细菌免疫防御过程中参与的角色,目前将CRISPR-Cas系统分为两大类。

第一大类 :它们切割外源核酸的效应因子为多个Cas蛋白形成的复合物,包括Ⅰ型、Ⅲ型和Ⅳ型。

第二大类 :它们的作用因子是比较单一的Cas蛋白,比如Ⅱ型的Cas9蛋白和Ⅴ型的Cpf蛋白。

目前,被最为广泛应用的CRISPR系统是II型CRISPR-Cas系统,也就是CRISPR-Cas9系统。

二、CRISPR-Cas9的作用原理

对于CRISPR-Cas9的作用机理可以分为三个阶段来理解。

1、第一阶段:CRISPR 的高度可变的间隔区的获得 ( 俘获外源DNA,登记“黑名单” )

CRISPR 的高度可变的间隔区获得,其实就是指外来入侵的噬菌体或是质粒DNA 的一小段DNA 序列被整合到宿主菌的基因组,整合的位置位于CRRSPR 的5' 端的两个重复序列之间。因此,CRISPR 基因座中的间隔序列从5' 到3' 的排列也记录了外源遗传物质入侵的时间顺序。

新间隔序列的获得可能分为三步:

第1步:Cas1和Cas2编码的蛋白将扫描入侵的DNA,并识别出PAM区域,然后将临近PAM的DNA序列作为候选的原型间隔序列。

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第2步:Cas1/2蛋白复合物将原间隔序列从外源DNA中剪切下来,并在其他酶的协助下将原间隔序列插入临近CRISPR序列前导区的下游。

第3步:DNA会进行修复,将打开的双链缺口闭合。这样一来,一段新的间隔序列就被添加到了基因组的CRISPR序列之中。

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2、第二阶段:CRIPSR 基因座的表达(包括转录和转录后的成熟加工)

CRISPR序列在前导区的调控下转录产生pre-crRNA( crRNA的前体 ),同时与pre-crRNA序列互补的tracrRNA( 反式激活crRNA )也被转录出来。pre-crRNA通过碱基互补配对与tracrRNA形成双链RNA并与Cas9编码的蛋白组装成一个复合体。它将根据入侵者的类型,选取对应的“身份证号码”( 间隔序列RNA ),并在核糖核酸酶Ⅲ( RNaseⅢ )的协助下对这段“身份证”进行剪切,最终形成一段短小的crRNA( 包含单一种类的间隔序列RNA以及部分重复序列区 )。

crRNA,Cas9以及tracrRNA组成最终的复合物,为下一步剪切做好准备。

3、第三阶段:CRISPR/Cas 系统活性的发挥(靶向干扰)

crRNA,Cas9以及tracrRNA组成最终的复合物就像是一枚制导导弹,可以对入侵者的DNA进行精确的打击。这个复合物将扫描整个外源DNA序列,并识别出与crRNA互补的原间隔序列。这时,复合物将定位到PAM/原间隔序列的区域,DNA双链将被解开,形成R-Loop。crRNA将与互补链杂交,而另一条链则保持游离状态。

随后,Cas9蛋白精确的平端切割位点位于PAM上游3个核苷酸位置,形成平末端产物。Cas9蛋白的HNH结构域负责切割与crRNA互补配对的那一条DNA链,而RuvC结构域负责切割另外一条非互补DNA链。最终在Cas9的作用下DNA双链断裂(DSB),外源DNA的表达被沉默,入侵者被一举歼灭。

三、 CRISPR-Cas9基因编辑技术及应用…

tracrRNA-crRNA在被融合为单链向导RNA(sgRNA)时也可以发挥指导Cas9的作用。

CRISPR-Cas9基因编辑技术就是通过人工设计的 sgRNA(guide RNA)来识别目的基因组序列,并引导 Cas9 蛋白酶进行有效切割 DNA 双链,形成双链断裂,损伤后修复会造成基因敲除或敲入等,最终达到对基因组DNA 进行修饰的目的。

CRISPR-Cas9的广泛应用

1、基因敲除(Knock-out)

Cas9可以对靶基因组进行剪切,形成DNA的双链断裂。在通常情况下,细胞会采用高效的 非同源末端连接 方式(NHEJ)对断裂的DNA进行修复。但是,在修复过程中通常会发生碱基插入或缺失的错配现象,造成移码突变,( 移码突变 :是指DNA分子由于某位点碱基的缺失或插入,引起阅读框架变化,造成下游的一系列密码改变,使原来编码某种肽链的基因变成编码另一种完全不同的肽链序列。)使靶标基因失去功能,从而实现基因敲除。为了提高CRISPR系统的特异性,可将Cas9的一个结构域进行突变,形成只能对DNA单链进行切割造成DNA缺口的Cas9 nickase核酸酶。因此想要形成双链断裂的效果可以设计两条sgRNA序列,分别靶向DNA互补的两条链,这样两条sgRNA特异性的结合靶标序列,即可形成DNA断裂,并在修复过程中通过移码突变实现基因敲除

2、基因敲入(Knock-in)

当DNA双链断裂后,如果有DNA修复模板进入到细胞中,基因组断裂部分会依据修复模板进行 同源重组修复 (HDR),从而实现基因敲入。修复模板由需要导入的目标基因和靶序列上下游的同源性序列(同源臂)组成,同源臂的长度和位置由编辑序列的大小决定。DNA修复模板可以是线性/双链脱氧核苷酸链,也可以是双链DNA质粒。HDR修复模式在细胞中发生率较低,通常小于10%。为了增加基因敲入的成功率,目前有很多科学家致力于提高HDR效率,将编辑的细胞同步至HDR最活跃的细胞分裂时期,促进修复方式以HDR进行;或者利用化学方法抑制基因进行NHEJ,提高HDR的效率

3、基因抑制、基因激活(Repression or Activation)

Cas9的特点是能够自主结合和切割目的基因,通过点突变的方式使Cas9的两个结构域RuvC-和HNH-失去活性,形成的dCas9只能在sgRNA的介导下结合靶基因,而不具备剪切DNA的功能。因此,将dCas9结合到基因的转录起始位点,可以阻断转录的开始,从而抑制基因表达;将dCas9结合到基因的启动子区域也可以结合转录抑制/活化物,使下游靶基因转录受到抑制或激活。因此dCas9与Cas9、Cas9 nickase的不同之处在于,dCas9造成的激活或者抑制是可逆的,并不会对基因组DNA造成永久性的改变。

4、多重编辑(Multiplex Editing)

将多个sgRNA质粒转入到细胞中,可同时对多个基因进行编辑,具有基因组功能筛选作用。多重编辑的应用包括:使用双Cas9nickases提高基因敲除的准确率、大范围的基因组缺失及同时编辑不同的基因。通常情况下,一个质粒上可以构建2~7个不同的sgRNA进行多重CRISPR基因编辑。

5、功能基因组筛选

利用CRISPR-Cas9进行基因编辑可以产生大量的基因突变细胞,因此利用这些突变细胞可以确认表型的变化是否是由基因或者遗传因素导致的。基因组筛选的传统方法是shRNA技术,但是shRNA有其局限性:具有很高的脱靶效应以及无法抑制全部基因而形成假阴性的结果。CRISRP-Cas9系统的基因组筛选功能具有高特异性和不可逆性的优势,在基因组筛选中得到了广泛的应用。目前CRISPR的基因组筛选功能应用于筛选对表型有调节作用的相关基因,如对化疗药物或者毒素产生抑制的基因、影响肿瘤迁移的基因以及构建病毒筛选文库对潜在基因进行大范围筛选等。 CRISPR-Cas9基因编辑技术简介 - 知乎 ()

基本原理

CRISPR簇是一个广泛存在于细菌和古生菌基因组中的特殊DNA重复序列家族,其序列由一个前导区(Leader)、多个短而高度保守的重复序列区(Repeat)和多个间隔区(Spacer)组成。

前导区一般位于CRISPR簇上游,是富含AT长度为300~500bp的区域,被认为可能是CRISPR簇的启动子序列。重复序列区长度为21~48bp,含有回文序列,可形成发卡结构。

重复序列之间被长度为26~72bp的间隔区隔开。Spacer区域由俘获的外源DNA组成,类似免疫记忆,当含有同样序列的外源DNA入侵时,可被细菌机体识别,并进行剪切使之表达沉默,达到保护自身安全的目的。

工作原理

当细菌抵御噬菌体等外源DNA入侵时,在前导区的调控下,CRISPR被转录为长得RNA前体(Pre RISPR RNA,pre-crRNA),然后加工成一系列短的含有保守重复序列和间隔区的成熟crRNA,最终识别并结合到与其互补的外源DNA序列上发挥剪切作用。

目前发现的CRISPR/Cas系统有三种不同类型即I型、II型和III型,它们存在于大约40%已测序的真细菌和90%已测序的古细菌中。其中II型的组成较为简单,以Cas9蛋白以及向导RNA(gRNA)为核心组成,也是目前研究中最深入的类型。

CRISPR基因编辑技术,常被比作“基因剪刀”。

CRISPR(/'krɪspər/,Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats)是原核生物基因组内的一段重复序列,是生命进化历史上,细菌和病毒进行斗争产生的免疫武器。

简单说就是病毒能把自己的基因整合到细菌,利用细菌的细胞工具为自己的基因复制服务,细菌为了将病毒的外来入侵基因清除,进化出CRISPR-Cas9系统。

利用这个系统,细菌可以不动声色地把病毒基因从自己的基因组上切除,这是细菌特有的免疫系统,是古菌和细菌抵抗病毒等外源遗传物质入侵的一种获得性免疫系统。

微生物学家掌握了细菌拥有多种切除外来病毒基因的免疫功能,其中比较典型的模式是依靠一个复合物,该复合物能在一段RNA指导下,定向寻找目标DNA序列,然后将该序列进行切除。

许多细菌免疫复合物都相对复杂,其中科学家掌握了对一种蛋白Cas的操作技术,并先后对多种目标细胞DNA进行切除。

这种技术被称为CRISPR/Cas基因编辑系统,迅速成为生命科学最热门的技术。该技术具有非常精准、廉价、易于使用,并且非常强大的特点。

2018年2月,专家预测称,这种基因编辑技术将改变我们的星球,改变我们生活的社会和周围的生物。

基因编辑技术的利弊

会制造出奇形怪状的人类。

因为我们可以把我们身体当中的一些较为劣质的基因给剪裁,重新换为一些较为优质的基因,而且把这样的基因内部进行突变或者进行变异,利用其他动物的一个基因进行替换,那么我们人类就会拥有较长的生命力。

而且我们人类的一个形状也会发生一个较大的变化,例如我们有一些人会有4只眼睛一两张嘴巴或者8只手等等一些的情况。

基因组编辑技术优点:

由于基因技术在生物工程中的特殊作用,基因技术革命是继工业革命、信息革命之后对人类社会产生深远影响的一场革命。

它在基因制药、基因诊断、基因治疗等技术方面所取得的革命性成果,将极大地改变人类生命和生活的面貌。同时,基因技术所带来的商业价值无可估量。

从事此类技术研究和开发企业的发展前景无疑十分广阔。前期美国股市基因技术类股票的大幅上涨表明投资者对此类公司前途看好。我国的基因技术研究取得了不少成果,相关上市公司值得关注。

霍金曾经预言,人类很可能控制不了诱惑而使用基因编辑技术,未来将出现基因设计好的"超级人类",他们不仅可以抵抗一切疾病,而且智力超群、寿命延长。但他同时预言,那些没有能力使用该技术的人将被淘汰。

科幻巨著《三体》讲述的就是对人类绝望的叶文洁向三体人暴露了地球的坐标,引来了外星人的入侵,人们被迫开始了漫长的逃亡和抵抗。漫威的《复仇者联盟3》,灭霸正是因为对人类无能的蔑视,而产生了毁灭人类的念头,此念一生,就是一场世界浩劫的开始。

这样的小说、影视作品也曾经走入过人类的现实生活。在20世纪40年代,纳粹德国因为信奉"优质基因"而大肆虐杀被认为有"遗传缺陷"的人,短短三年,有25万人死在"优质基因者"的屠刀之下。

基因编辑技术原理

基因编辑技术指能够让人类对目标基因进行“编辑”,实现对特定DNA片段的敲除、加入等。而CRISPR/Cas9技术自问世以来,就有着其它基因编辑技术无可比拟的优势,技术不断改进后,更被认为能够在活细胞中最有效、最便捷地“编辑”任何基因。

这是运用了好梦技术做到的,有了这样的技术。所以可以运用它们的工具,医生只手操作就可以看到结果。

我之前碰到过类似的问题,总结一下就是,基因编辑的原理的确是基因突变,不是基因重组。基因编辑是比较精确的能对生物体基因组特定目标基因进行修饰(改变几个碱基之类的);转基因技术才是基因重组(将特定的外源目的基因转移到受体生物中)。

"公众对转基因担心的并不是基因技术,关键是转基因的“转”,现在通过基因测序研究已发展出基因编辑技术,可根据需要对原来的基因进行重新编辑,它可以不转任何新的基因,也能产生很好效果。中国今后将在进一步开展转基因研究的同时,积极推动基因编辑技术研究"。大妈连基因编辑都知道,真是厉害啊。既然提到这个,我就来科普一下啦。这个技术被Science期刊列为2013年十大突破中的第二位。导引RNA-Cas9系统是目前最简单有效的基因编辑方法。这个系统本身最初是受细菌抵抗噬菌体的启发。理论上你可以合成跟任何基因的DNA互补的导引RNA,这个RNA通过DNA-RNA序列互补(碱基配对),把核酸酶Cas9定位到目标基因,然后Cas9利用它的核酸酶活性把目标基因在特定的部位切断。之后,细胞自身的DNA损伤修复机制可以被用来改变目标基因Cas9切割点附近的DNA序列。这个系统可以用来选择性剔除某个基因,控制目标基因的转录活性,甚至有可能用来纠正导致遗传性疾病的突变基因。可是说到底,这个系统还是需要导入外源蛋白Cas9(最常用的是来自链球菌的Cas9)。另外,基因编辑只是对内源(原有)基因的修饰,而作物之所以需要转基因,常常是因为它们的内源基因里面没有包括编码某些有益性状的基因。如果要把内源的某个基因就地变成一个新的基因,即使技术上可以做到,带来的坏处也很可能超过好处(当然在特定条件下可能有例外),因为这个基因就会失去了原来该有的功能。当然,在有的情况下,可以利用基因编辑技术改变基因组里面某些基因的表达水平,就可以加强某些有益的性状和减弱某些有害性状。总之反转跟信教一样,是一种思维定式,基本上无解,不是技术手段可以解决的问题。

基因编辑农业未来

1、人工智能专业随着科技的进步发展,未来属于人工智能时代,各行各业和日常生活已经离不开人工智能。所以这类人才的需求量是比较大的,而且对应的薪酬待遇很高,比普通程序员的工资还要高。现在这类人才比较稀缺,很多企业招不到人,如果有条件,尽量深造,以后的发展前途更好,本科毕业后也是可以如愿找到一份好工作。2、大数据专业大数据专业是随着时代发展而兴起的专业,尤其是像百度、腾讯、阿里、网易等著名互联网企业,对大数据的搜集信息量非常大,而他们也非常愿意招聘大数据专业的毕业生。在未来10年内,这门专业同样具有发展前景,毕业之后非常吃香。3、小语种专业如今全球的联络已经非常紧密,随着我国政策的推进,与其他国家的合作越来越多,也需要一些小语种人才,比如法语、西班牙语、阿拉伯语等。所以未来10年甚至更长的时间范围里,小语种这一专业都是比较热门的,对人才的需求量比较大,同时很多工作的薪资待遇都非常丰厚。4、口腔医学专业未来医学专业的发展前景都是非常好的,口腔医学更是比较热门的一大专业,现在越来越多的人都在关注口腔健康,而且口腔医学专业是一个非常赚钱的行业,就业前景十分广阔。很多人的牙齿健康都是存在问题的,大家对口腔美容的需求也越来越多,这个的市场是非常大的,而且还在不断扩大,需求带动市场,而市场需要人才,所以这个专业的就业前景非常,就业的待遇是非常不错的。

基因在农业生产上的应用已经非常广泛,但其中的道理未必广为人知。那么所谓基因到底是什么呢?它是控制生物性状的基本单位,记录着生物生殖繁衍的遗传信息。并且通过修改基因能改变一个有机体的部分或全部特征。它的作用主要是以转基因技术和基因克隆技为核心。通过它们改良动植物的品种,从而大大提高经济效益。那么下面我们就谈谈它们是怎样为人类服务的呢?

一、转基因技术

转基因技术就是按照人们预先设计的生物蓝图,把所需要的基因从一种生物的细胞提取出来,在体外进行“外科手术”,然后把所需要的基因导入另一种生物的细胞中,从而有目的地改造生物的遗传特性,创造出符合人类需要的新品种。转基因技术能培养出多种快速生长的转基因鱼、转基因羊、产奶量高的转基因牛等,还能培育出抗旱、抗涝、抗盐碱、抗枯萎病和抗除草剂的转基因作物,还培育出抗虫作物,科学家将杀虫基因转入植物体内后,植物体内就能合成霉素蛋白,产生这种霉素蛋白基因的作物有烟草、马铃薯、番茄、棉花和水稻等,其中效益最大的是抗虫棉。

二、应用基因技术的优点

从前面可以看出,基因技术的突破,是科学家得以用传统育种专家难以想象的方式改良动植物品种,其优点是显而易见的。第一,可降低生产成本。一个品种的基因加入另一种基因,会使该品种特性发生变化,具备原品种所不具备的因子,从而增强了抗病、抗杂草或抗虫害能力。由此可减少植物农药和除草剂的用量,降低种植成本。并且动物死亡率明显降低,从而提高养殖业的经济效益。

第二,可提高动植物产量。一种动植物的基因改良后,更容易适应环境,能更有效抵御各种灾害的袭击,并使产量更高。

第三,转基因技术可以使开发动植物的时间大为缩短。利用传统的育种方法,需要七、八年时间才能培育出一个新的品种,而基因工程技术培育出一种全新的动植物品种,时间可缩短一半。因此,有专家认为,不出多少年,转基因技术将改变世界。第四,转基因技术还可根据人们的需要,赋予农作物新的特性。例如可以使农作物自己释放出杀虫剂,可以使农作物在旱地或盐碱地上生长,或者生产出营养更为丰富的食品。科学家还利用转基因技术,开发能够生产防病的疫苗和食品的农作物。

总之,基因技术虽然说是有利,也有弊,但是毕竟利大于弊,因此被广泛应用。并且科学家们还在继续深入研究它,努力更好地、更多地、更快地为人民服务。未来农业在基因方面还有很大的空间。未来可走的路还有很多。

行业主要上市公司:隆平高科(000998)、登海种业(002041)、荃银高科(300087)、丰乐种业(000713)、农发种业(600313)、神农科技(300189)、万向德农(600371)

本文核心数据:全球转基因作物种植面积、全球转基因作物种植国家、全球转基因作物应用率、全球获批转化体数量

全球转基因发展概况

1、发展历程:处于成熟发展阶段

转基因作物的商业化种植始于1996年,从历史发展看,转基因育种发展期间经历了早期探索、快速推广、成熟发展三个阶段。

2、总体情况:种植面积趋于稳定

1996-2019年转基因作物种植面积从170万公顷攀升至亿公顷,年复合增长率,2013-2019年转基因作物种植面积趋于稳定,年复合增长率。

3、性状发展趋势:复合性状逐步取代单一性状品种

从性状表现看,转基因作物经历三代发展,其中第一代聚焦抗除草剂、抗虫、抗病毒等单一性状,第二代则将多种抗性复合,第三代进一步追求品质和营养的改良。

据ISAAA数据显示,2019年,全球复合性状增长了6%,相当于8510万公顷,覆盖了全球45%的转基因作物种植面积;耐除草剂作物种植面积减少至8150万公顷,占比为43%;抗虫性状占比为12%。

各国转基因发展概况

1、种植情况:国家两极分化严重

从国家层面看,全球转基因种植国家两极分化严重。ISAAA数据显示,五大转基因种植国家的种植面积占比近9成,其中,美国种植面积为百万公顷();巴西种植面积为百万公顷();阿根廷种植面积为24百万公顷();加拿大种植面积为百万公顷();印度种植面积为百万公顷()。中国的转基因种植面积为百万公顷,占比,位列第7位。

2、应用情况:五大种植国应用率接近饱和

在转基因应用率方面,2019年,五大转基因种植国家的平均应用率已接近饱和,其中美国95%、巴西94%、阿根廷接近100%、加拿大90%、印度94%,若要进一步扩大这些国家的转基因作物面积,则需要有新的转基因作物和性状批准井商业化。

3、管理模式情况:各国管理模式差异较大

转基因对于各国种子安全具有至关重要的意义,从转基因作物的研发管理来看,各国的模式有较大差异:

细分作物发展现状

1、种植情况:大豆是主要转基因作物,玉米占比提升明显

全球四大转基因种植品种包括大豆、玉米、棉花、油菜,2019年,四大品种种植面积占全球转基因总种植面积,占比从高到低依次为大豆、玉米、棉花、油菜。

从趋势来看,2015-2019年,玉米的面积占比显著上升,挤压了大豆的种植面积,五年间,玉米面积占比上升了2个百分点,大豆下降了个百分点。

2、应用情况:大豆、棉花应用率较高

从作物种植面积看来,2019年,转基因大豆的应用率最高,达到了94%;其次是棉花,应用率为79%、玉米和油菜的应用率仍相对较小,分别为31%和27%。

3、获批数量情况:玉米转化体获批数量最多

从全球新获批转基因品种来看,玉米是转化体获批数量最多的作物。据ISAAA的数据显示,截止2019年全球(71个国家/地区)共批准了403个转化体,其中玉米获批146个,同比增长66%,占36%;其次是棉花、马铃薯、大豆和油菜,分别获批66、49、38、38个。

以上数据来源于前瞻产业研究院《中国种子行业市场需求预测与投资战略规划分析报告》

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