1. 《驻马店杨庄——中全新世淮河上游的文化遗存与环境信息》(合著),科学出版社,1998年。2.《岱海考古(一)——老虎山文化遗址发掘报告集》(独著),科学出版社,2000年。3.《岱海考古(二)——中日岱海地区联合考察报告集》(合著),科学出版社,2001年。4.《中国文明起源的人地关系简论》(合著),科学出版社,2002年。5.《岱海考古(三)——仰韶文化遗址发掘报告集》(独著),科学出版社,2003年。6.《中国北方地区新石器时代文化研究》(独著),文物出版社,2003年。7.《西北地区水资源配置生态环境建设和可持续发展战略研究》(自然历史卷·合著),科学出版社,2004年。8.《五帝时代——以华夏为核心的古史体系的考古学观察》(第一作者),学苑出版社,2006年。9.《新疆的青铜时代和早期铁器时代文化》(独著),文物出版社,2007年。10.《中国西北地区先秦时期的自然环境与文化发展》(独著),文物出版社,2008年。11.《北京先秦考古》(独著),文物出版社,2011年。12.《先秦考古研究:文化谱系与文化交流》(独著),文物出版社,2013年。13.《先秦考古研究:聚落形态、人地关系与早期中国》(独著),文物出版社,2013年。 1. 《墓葬的考古学研究——理论与方法论探讨》,《东南文化》1992年3-4期。2. 《什么是民族考古学》,《东南文化》1993年2期。3. 《大汶口墓地分析》,《中原文物》1994年2期。4. 《禹征三苗探索》,《中原文物》1995年2期。5. 《河南驻马店市杨庄遗址发掘简报》,《考古》1995年10期。6. 《中国上古时期三大集团交互关系探讨——兼论中国文明的形成》,《北京大学学报》(哲学社会科学版)1996年1期。7. 《河南驻马店市党楼遗址的发掘》,《考古》1996年5期。8. 《西山古城兴废缘由试探》,《中原文物》1996年3期。9. 《苗蛮集团来源与形成的探索》,《中原文物》1996年4期。10. 《试论豫东南地区地考古学文化与古农业形态》,《中原文物》1996年4期。11. 《王湾三期文化研究》,《考古学报》1997年1期。12. 《殷墟西区墓地分析》,《考古》1997年1期。13. 《试论豫东南地区龙山时代的考古学文化》,北京大学考古学系编:《考古学研究》(三),科学出版社,1997年6月。14. 《夏文化的起源与发展阶段》,《北京大学学报》(哲学社会科学版)1997年4期。15. 《先商文化探源》,《中原文物》1998年2期。16. 《河南驻马店杨庄遗址龙山时代环境考古》,《考古与文物》1998年2期。17. 《湖北随州市西花园早期遗存分析》,《考古》1999年3期。18. 《唐伐西夏与稷放丹朱》,《北京大学学报》(哲学社会科学版)2001年4期。19. 《斜腹杯与三苗文化》,《江汉考古》2002年1期。20. 《涿鹿之战探索》,《中原文物》2002年4期。21. 《先周文化的起源与发展阶段》,《考古与文物》2002年增刊(先秦考古)。22. 《略论中国铜石并用时代社会发展的一般趋势和不同模式》,《古代文明》第2集,2003年7月。23. 《朱开沟文化研究》,《考古学研究》(五),2003年8月。24. 《论雪山一期文化》,《华夏考古》2003年4期。25. 《论新石器时代中原文化的历史地位》,《江汉考古》2004年1期。26. 《先秦时期长城沿线陶器遗存的北界线及相关问题》,《中国历史文物》2004年2期。27. 《内蒙古朱开沟遗址有关问题的分析》,《考古》2005年3期。28. 《新疆青铜时代——早期铁器时代文化的分期和谱系》,《新疆文物》2005年3期。29. 《论早期中国文化周期性的“分”“合”现象》,《史林》2005年增刊。30. 《中国古代屈肢葬谱系疏理》,《文物》2006年1期。31. 《晋西南豫西西部庙底沟二期-龙山时代文化的分期与谱系》,《考古学报》2006年2期。32. 《距今5000年和4000年气候事件对中国北方地区文化的影响》,《环境考古研究》(第三辑),北京大学出版社,2006年,第159~163页。33. 《老虎山文化的扩张与对外影响》,《中原文物》2007年1期。34. 《半山类型的形成与东部文化的西迁》,《考古与文物》2007年3期。35. 《中国先秦洞室墓谱系初探》,《中国历史文物》2007年4期。36. 《试论北京地区的新石器时代文化》,《文物春秋》2007年5期。37. 《试论作为长城“原型”的北方早期石城带》,《华夏考古》2008年1期。38. 《仰韶文化的研究》,《中国考古学研究的世纪回顾——新石器时代考古卷》,科学出版社,2008年4月。39. 《中国西北地区先秦时期的人地关系特征》,《北京联合大学学报》(哲学社会科学版)2008年2期。40. 《大汶口文化的立鸟陶器和瓶形陶文》,《江汉考古》2008年3期。41. 《春秋战国时期长城沿线游牧民族的地下世界》,《南方文物》2008年4期。42. Different Traditions of Flexed Burials in Ancient China. Chinese Archaeology volume 8, . 《论二里头青铜文明的兴起》,《中国历史文物》2009年1期。44. 《裴李岗文化的迁徙影响与早期中国文化圈的雏形》,《中原文物》2009年2期。45. 《全新世黄土:早期中国文明的物质基础》,《中国文物报》2009年4月24日。46. 《重读<仰韶文化研究>——严文明先生仰韶文化研究的理论与实践》,《南方文物》2009年3期。47. 《试论嵩山文化圈在早期中国文化圈中的核心地位》,《中华文明与嵩山文明研究(第一辑)》,科学出版社,2009年。48. 《试论北京地区夏商周时期的文化谱系》,《华夏考古》2009年4期49. 《晚期红山文化南向影响的三个层次》,《文物研究》第十六辑,黄山书社,2009年。50. 《试论北京地区夏商周时期的文化谱系》,《华夏考古》2009年4期。51. 《良渚、陶寺与二里头——早期中国文明的演进之路》,《考古》2010年11期。52. 《初期仰韶文化研究》,《古代文明》(第8卷),文物出版社,2010年。53. 《试论跨湖桥文化的来源和对外影响——兼论新石器时代中期长江中下游地区间的文化交流》,《东南文化》2010年6期。54. 《龙邱庄文化的北上与大汶口文化的形成》,《江汉考古》2011年1期。55. 《以考古学为基础,全方位研究中国古代文明——严文明先生聚落考古和文明起源研究的理论与实践》,《南方文物》2011年1期。56. 《略论北京昌平白浮M2墓主人身份》,《中原文物》2011年4期。57. 《北京市地下文物保护现状与对策研究》,《北京联合大学学报》(哲学社会科学版)2011年4期。58. 《重建中国远古史的创举——读<中国远古时代>》,《史学理论与史学史学刊》2011年卷(总第9卷),社会科学文献出版社,2011年。59. .《庙底沟时代与“早期中国”》,《考古》2012年3期。60. 《中国新石器时代早中期文化的区系研究》,《考古学研究》(九),文物出版社,2012年。61. 《双墩文化的北上与北辛文化的形成——从济宁张山“北辛文化遗存”论起》,《江汉考古》2012年2期。62. 《5000年前的中西文化交流南道》,《社会科学战线》2012年6期。63. 《略论中国的“青铜时代革命”》,《西域研究》2012年3期。64. 《“彩陶之路”与早期中西文化交流》,《考古与文物》2013年1期。65. Han Jianye. “The Painted Pottery Road” and Early Sino-Western Cultural Exchanges, ANABSASIS-Studia Classica et Orientalia 3(2012): 25-42. 《中国古代钱币》,北京大学出版社,2007年。